| 27 | | Si vous soumettez plusieurs jobs avec les mêmes fichiersd'entrée, une nouvelle copie de chaque fichier est créée. Exécutez le job et vérifiez que tout fonctionne.On peut utiliser n'importe quel script, cependant le shellutilisé par le script (indiqué dans la ligne "#!"") doit exister dans le "Worker Node". |
| 28 | | 1. Modifier de nouveau ''HelloWorld.jdl'' de manière à ce qu'il appelle cette fois l'exécutable ''myhostname''. Vous pouvez visualiser la source de cet exécutable, qui est un programme C : ''myhostname.c''. Vous n'avez cette fois pas besoin de définir d'argument. Il fautmodifier la ligne "InputSandbox". Exécutez le job et vérifiez que tout fonctionne. Sur quel ordinateur |
| | 27 | Si vous soumettez plusieurs jobs avec les mêmes fichiersd'entrée, une nouvelle copie de chaque fichier est créée. Exécutez le job et vérifiez que tout fonctionne.On peut utiliser n'importe quel script, cependant le shell utilisé par le script (indiqué dans la ligne "#!") doit exister dans le "Worker Node". |
| | 28 | 1. Modifier de nouveau ''HelloWorld.jdl'' de manière à ce qu'il appelle cette fois l'exécutable ''myhostname''. Vous pouvez visualiser la source de cet exécutable, qui est un programme C : ''myhostname.c''. Vous n'avez cette fois pas besoin de définir d'argument. Il fautmodifier la ligne "InputSandbox". Exécutez le job et vérifiez que tout fonctionne. Sur quel ordinateur a tourné votre job? |
| 32 | | Il y a deux clés très importantes dans les fichiers JDL :"Requirements" et "Rank". Les valeurs pour les clés Requirementset Rank sont des expressions. Votre job va tourner uniquement sur uneressource qui a une valeur "true" pour l'expression Requirements. S'il y a plusieurs ressources qui ont une valeur "true", le systèmeutilise l'expression Rank pour choisir la meilleure ressource. La ressource qui a la plus grande valeur est choisie. S'il y a plusieurs ressources avec la même valeur Rank, la ressource utilisée est choisie aléatoirement entre ces ressources de même valeur Rank.On utilise la VO "dteam" ici pour voir plus de ressources. La VO vo.u-psud.fr est autorisée uniquement sur les deux sites de la GRIF. Réinitialisez votre proxy avecla commande '''voms-proxy-init''' mais ''n'utilisez pas" l'option "--voms". |
| 33 | | 1. Plusieurs valeurs peuvent être utilisées pour définir les expressions Requirements et Rank\@. Par exemple, ajoutez l'expression ci-dessous dans le fichier ‘‘HelloWorld.jdl pour choisir tous les sites qui permettent à un job d'utiliser plus d'une heure de temps CPU\@. * ‘‘‘Requirements = (other.GlueCEPolicyMaxCPUTime > 60); ‘‘‘Pour voir la liste des ressources acceptables utilisez la commande ‘‘‘edg-job-list-match et l'option ``-vo dteam''. Combien de ressources autorisent les jobs qui utilisentplus d'une heure de temps CPU? Plus de deux heures? Plus de 10000minutes? 1. Pour choisir des sites spécifiques, on peut utiliser le nom de la ressource. Pour choisir tous les sites en France, changez la valeur de Requirements comme suit : * ‘‘‘Requirements = RegExp(".*\.fr:.*",other.GlueCEUniqueID); ‘‘‘Le premier argument est une expression régulière. Combien y a-t-il desites en France? Combien de sites en France autorisentles jobs qui utilisent plus d'une heure de temps CPUs? Modifiez laligne Requirements pour choisir une ressource. Trouvez lasyntaxe correcte pour exclure un site.Une option ``-r'' existe pour la commande ‘‘‘edg-job-submit quipermet de choisir une ressource spécifique. Cependant cette option évitetous le processus ``MatchMaking'' de Resource Broker et n'ajoute pasle fichier nécessaire (le fichier ``BrokerInfo'') pour la gestion dedonnées. La technique avec other.GlueCEUniqueID est plus flexibleet plus sûre. 1. Ajoutez les lignes suivantes pour utiliser la ressource avec le plus grand nombre des CPUs libres: * ‘‘‘Rank = other.GlueCEStateFreeCPUs; ‘‘‘Utilisez la commande ‘‘‘edg-job-list-match pour visualiser lerésultat. (L'ordre indique le Rank\@. La ressource la plus intéressante est lapremière). Si on utilise le valeur ``-other.GlueCEStateFreeCPUs'', quelleressource le Broker va t-il choisir?Que fait le RB si on utilise le valeur ``Rank = 1''?=== L'environnent d'exécution sur le Worker NodeChaque utilisateur de la grille est mappé dans un compte local pourchaque site. Maintenant l'accès aux ressources locales est contrôlépar les droits de ce compte.Réinitialisez votre proxy avec l'option ``--voms vo.u-psud.fr ''. 1. Visualisez le contenu du fichier JDL ‘‘whoami.jdl.Lancez le job et récupérez l'output. Visualisez le fichier ‘‘std.out. Sur quel compte êtes-vous mappé? 1. Visualisez le contenu du script ‘‘envvar.jdl. Soumettez un job qui lance ce script dans la grille. Regardez la liste des variables. Combien de variables concernent la grille? 1. Ecrivez un job qui liste les versions des logiciels disponibles dans le ``Worker Node''. On peut utiliser la commande ‘‘‘rpm pour le faire.=== Soumission d'une job MPIBeaucoup de disciplines utilisent des jobs parallèles. MPI (Message PassingInterface) est un protocole qui permet la communication entres les tâchesparallèles. Les jobs MPIs sont supportés dans la grille. La grille supporte deuxinstallations différentes du MPI : LAM, et OpenMPI\@. Le support de MPICH etMPICH2 seront bientôt disponibles.Le logiciel ‘‘‘mpi-start\ développé par le projet européen int.eu.gridfacilite l'utilisation du MPI dans la grille. L'utilisateur peut définir : 1. Un script à exécuter avant le binaire MPI (par exemple pour compiler le programme), 1. Le programme lui-même, et 1. Un script à exécuter après le binaire MPI (par exemple pour enregistrerles résultats dans un SE).Le fichier ‘‘mpi-hooks.sh définit les scripts à exécuter avant et aprèsle binaire MPI\@. Le fichier JDL définit les paramètres comme des nombres de CPUpour le job. 1. Lancez un job avec ‘‘mpi-start-lam.jdl. Regardez la sortie du job. S'il a fonctionné correctement, on pourra lire des lignes telles que: * ‘‘‘Hello world! from processor 3 out of 8 ‘‘‘ 1. Changez le nombre de CPUs utilisé par le job. Vérifiez que le job marchetoujours. Fonctionne t-il aussi si vous spécifiez 1000 CPU ?La grille supporte les jobs MPI sur un seul site. MPI avec esclaves surplusieurs sites n'est pas supporté. Le support du MPI évolue très rapidementdans la grille en ce moment. Ceci va se stabiliser dans quelques mois. |
| | 32 | Il y a deux clés très importantes dans les fichiers JDL :"Requirements" et "Rank". Les valeurs pour les clés Requirementset Rank sont des expressions. Votre job va tourner uniquement sur uneressource qui a une valeur "true" pour l'expression Requirements. S'il y a plusieurs ressources qui ont une valeur "true", le système utilise l'expression Rank pour choisir la meilleure ressource. La ressource qui a la plus grande valeur est choisie. S'il y a plusieurs ressources avec la même valeur Rank, la ressource utilisée est choisie aléatoirement entre ces ressources de même valeur Rank. On utilise la VO "dteam" ici pour voir plus de ressources. La VO vo.u-psud.fr est autorisée uniquement sur les deux sites de la GRIF. Réinitialisez votre proxy avecla commande '''voms-proxy-init''' mais ''n'utilisez pas'' l'option "--voms". |
| | 33 | 1. Plusieurs valeurs peuvent être utilisées pour définir les expressions Requirements et Rank. Par exemple, ajoutez l'expression ci-dessous dans le fichier ''HelloWorld.jdl'' pour choisir tous les sites qui permettent à un job d'utiliser plus d'une heure de temps CPU. |
| | 34 | * ‘‘‘Requirements = (other.GlueCEPolicyMaxCPUTime > 60); ‘‘‘ Pour voir la liste des ressources acceptables utilisez la commande '''edg-job-list-match''' et l'option "-vo dteam". Combien de ressources autorisent les jobs qui utilisentplus d'une heure de temps CPU? Plus de deux heures? Plus de 10000minutes? |
| | 35 | 1. Pour choisir des sites spécifiques, on peut utiliser le nom de la ressource. Pour choisir tous les sites en France, changez la valeur de Requirements comme suit : |
| | 36 | * ‘‘‘Requirements = RegExp(".*\.fr:.*",other.GlueCEUniqueID); ‘‘‘ Le premier argument est une expression régulière. Combien y a-t-il de sites en France? Combien de sites en France autorisent les jobs qui utilisent plus d'une heure de temps CPUs? Modifiez la ligne Requirements pour choisir une ressource. Trouvez la syntaxe correcte pour exclure un site. Une option "-r" existe pour la commande '''edg-job-submit''' qui permet de choisir une ressource spécifique. Cependant cette option évite tous le processus "MatchMaking" de Resource Broker et n'ajoute pasle fichier nécessaire (le fichier "BrokerInfo") pour la gestion dedonnées. La technique avec other.GlueCEUniqueID est plus flexibleet plus sûre. |
| | 37 | 1. Ajoutez les lignes suivantes pour utiliser la ressource avec le plus grand nombre des CPUs libres: |
| | 38 | * ‘‘‘Rank = other.GlueCEStateFreeCPUs; ‘‘‘ Utilisez la commande '''edg-job-list-match''' pour visualiser lerésultat. (L'ordre indique le Rank. La ressource la plus intéressante est la première). Si on utilise la valeur "-other.GlueCEStateFreeCPUs", quelle ressource le Broker va t-il choisir? Que fait le RB si on utilise le valeur "Rank = 1"? |
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| | 40 | === L'environnent d'exécution sur le Worker Node === |
| | 41 | Chaque utilisateur de la grille est mappé dans un compte local pourchaque site. Maintenant l'accès aux ressources locales est contrôlé par les droits de ce compte. Réinitialisez votre proxy avec l'option "--voms vo.u-psud.fr". |
| | 42 | 1. Visualisez le contenu du fichier JDL ''whoami.jdl.'' Lancez le job et récupérez l'output. Visualisez le fichier ''std.out''. Sur quel compte êtes-vous mappé? |
| | 43 | 1. Visualisez le contenu du script ''envvar.jdl''. Soumettez un job qui lance ce script dans la grille. Regardez la liste des variables. Combien de variables concernent la grille? |
| | 44 | 1. Ecrivez un job qui liste les versions des logiciels disponibles dans le "Worker Node". On peut utiliser la commande '''rpm''' pour le faire. |
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| | 46 | === Soumission d'un job MPI === |
| | 47 | Beaucoup de disciplines utilisent des jobs parallèles. MPI (Message PassingInterface) est un protocole qui permet la communication entre les tâches parallèles. Les jobs MPIs sont supportés dans la grille. La grille supporte deux installations différentes du MPI : LAM, et OpenMPI. Le support de MPICH et MPICH2 seront bientôt disponibles. Le logiciel '''mpi-start''' développé par le projet européen int.eu.gridfacilite l'utilisation du MPI dans la grille. L'utilisateur peut définir : |
| | 48 | 1. Un script à exécuter avant le binaire MPI (par exemple pour compiler le programme), |
| | 49 | 1. Le programme lui-même, et |
| | 50 | 1. Un script à exécuter après le binaire MPI (par exemple pour enregistrer les résultats dans un SE). |
| | 51 | Le fichier ''mpi-hooks.sh'' définit les scripts à exécuter avant et aprèsle binaire MPI. Le fichier JDL définit les paramètres comme des nombres de CPUpour le job. |
| | 52 | 1. Lancez un job avec ''mpi-start-lam.jdl.'' Regardez la sortie du job. S'il a fonctionné correctement, on pourra lire des lignes telles que: |
| | 53 | * ‘‘‘Hello world! from processor 3 out of 8 ‘‘‘ |
| | 54 | 1. Changez le nombre de CPUs utilisé par le job. Vérifiez que le job marche toujours. Fonctionne t-il aussi si vous spécifiez 1000 CPU? |
| | 55 | La grille supporte les jobs MPI sur un seul site. MPI avec esclaves surplusieurs sites n'est pas supporté. Le support du MPI évolue très rapidementdans la grille en ce moment. Ceci va se stabiliser dans quelques mois. |
