Index: equalization_gain/trunk/HowToEaqualizeGain.txt
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/HowToEaqualizeGain.txt	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/HowToEaqualizeGain.txt	(revision 191)
@@ -0,0 +1,137 @@
+20/09/2013 How to eaqualize the gain of MAPMTs on an EC_Unit
+Written by Hiroko Miyamoto
+
+
+First of all, things are not fully automatick yet as we are still
+looking for the best way to carry it out.
+
+
+
+<STEP 1> Organize your directories (I prefer to use bash.sh
+instead of csh,tcsh):
+% mkdir YOUR_DIR/analysis
+% mkdir YOUR_DIR/analysis/src
+% mkdir YOUR_DIR/analysis/data
+% export YOUR_DIR/analysis/src srcDIR
+% export YOUR_DIR/analysis/data dataDIR
+
+make your data directory for the day. e.g.,:
+% mkdir $dataDIR/yYYmMMdDD-APC
+% cd yYYmMMdDD-APC
+
+
+<STEP 2> Modify data file obtained by LabView to fit and make
+data directories for the analysis:
+There are many ways to do this, and you can do as you wish.
+Ask Pierre to make the data file which includes DAC values
+and data for ASIC_C and ASIC_D at the beginning as he knows
+what I mean.
+
+If you want, the data obtained by LabView can be used as itself
+with modifying the parameter on my makeDataFile.sh script.
+I leave it for right now because we haven't fixed the data format
+yet, at least by the last time I was there.
+
+
+% cp -p data_s_curves_runXX.data .
+% sh $srcDIR/makeDataFile.sh data_s_curves_runXX
+
+This sh automatically makes two directories data_s_curves_runXX_C
+and data_s_curves_runXX_D for the data of ASIC_C and ASIC_D respectively.
+
+From next steps, it totally depends on which data you are taking.
+Assume you want to analyse the data of ASIC_C.
+
+
+<STEP 3> Run ROOT, search the suitable parameters for each data
+% cd data_s_curves_runXX_C
+% ln -s ../FORMER_GAIN_DATA.txt gain-org.txt
+
+Usually, the following command is not necessary as long as the data
+includes pedestal, otherwise:
+% ln -s ../$pedestal_data_directory_D/*.dat .
+
+Check the parameters in header file or directory input the parameter
+in main function as you can see in the source code.
+This totally depends on the data. You have to modify it to suitable
+parameters.
+
+% root -l
+
+Set the parameters on the top of the program depending on your analysis.
+â¢ General policy: parameters starting with "k" at the beginning is
+fixed global parameter and usually set in the header file, never change
+through the program.
+â¢ kDrawCh: channel just you want to check on display. doens't effect
+the analysis. 
+â¢ fname, fname_ped (kFname, kFnamePed): "YOUR DATA FILE" without ".data".
+See examples in the header file.
+â¢ dac_half_spe_fix: set DAC value only when you want to adjust the gain
+to particular pulse height (DAC value) instead of either average of the
+pulse height of reference pixel. Usually just leave it -1.
+â¢ fit_min, fit_max (kFitMin, kFitMax): leave them as default,
+it is not currently used for the analysis.
+â¢ fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range
+of s-curve fitting. search proper values by yourself with running root
+program a few times.
+â¢ kBoard: don't forget to change 0(C) or 1(D) depending on which ASIC
+you're analysing
+â¢ kChRef (kRefCh): a pixel whose gain remains 64 thorough the gain
+adjustment.
+â¢ checkAve: for the first run, set this parameter 1, and find a pixel
+which remains 64. In the case of parameter 1, all the gains are adjusted
+to the average pulse height.
+Once you choose the reference pixel, set the parameter 0, as well as
+set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the
+record of each PMTs.)
+
+Once you set all the parameters above, then
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+
+Repeat until you define all the parameters above.
+
+
+<STEP 4> Make the gain table
+Once you decide the parameters and modify the header file, then run
+% root -l > tmp.data
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+[].q
+
+If you have the data of ASIC_D, go to the directory of ASIC_D
+and do the same.
+
+% cd ../
+Check the paramters in $srcDIR/makeGainTable.sh and run
+You should add/remove #s depending on which data you're analysing.
+% sh makeGainTable.sh
+Or type by your hands the commands in the script file.
+
+If everything has been done properly, you should get a gain
+table with a proper format.
+I would recommend that when you make tmp.data file, to include
+the value of threshold used, and the number of iteration, e.g.,
+tmp-th180-it0.data
+And then do the iteration of the analysis with the data with
+the obtained gain table until you get reasonable uniformity.
+
+NOTE that, sometimes PMT gain or efficiency is too low to obtain
+the inflection point, in this case the program outputs the -1 for
+flag_fit. If it remains -1 after some trials, you should adjust
+by hand. Ask Philippe for detailes.
+
+
+<STEP 5> Adjust gain of EC_unit
+Once you succeed to obtain all the gain tables:
+1) check the pulse height (dac_sfit[kChRef]-dac_ped[kChRef])
+2) choose 1 of 4 PMTs in EC_unit
+3) take the ratio of pulse height between reference pixels
+4) multiply the gain table by the ratio above
+5) combine all the gain tables
+
+
+Good luck!
+
+
+
Index: equalization_gain/trunk/MySetup.sh
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/MySetup.sh	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/MySetup.sh	(revision 191)
@@ -0,0 +1,4 @@
+#!/bin/sh
+
+export srcDIR="/Users/dagoret-campagnesylvie/MacOsX/EUSO-BALLOON/GainEqualisation/analysis/src"
+export dataDIR="/Users/dagoret-campagnesylvie/MacOsX/EUSO-BALLOON/GainEqualisation/analysis/data/"
Index: equalization_gain/trunk/MySetup_camille.sh
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/MySetup_camille.sh	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/MySetup_camille.sh	(revision 191)
@@ -0,0 +1,6 @@
+#!/bin/sh
+
+export srcDIR="/Users/moretto/Documents/thesis/AIT-Septembre2013/Egalisation_gain/analysis/src"
+export dataDIR="/Users/moretto/Documents/thesis/AIT-Septembre2013/Egalisation_gain/analysis/data/"
+
+echo "Analysis environment is set up"
Index: equalization_gain/trunk/README
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/README	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/README	(revision 191)
@@ -0,0 +1,312 @@
+*************************************************************
+*
+* README file for gain equalisation
+* SDC le 25/09/2013
+*
+**********************************************************
+The Gain Equalisation files are inside the analysis directory.
+
+The analysis directory contains :
+- this Top level README
+- the MySetup.sh file
+
+
+1) configure the MySetUp file to define the proper environnement variables
+   - srcDIR : repository which contains the analysis code and the scripts files 
+   - dataDIR : contains the data
+
+2) the analysis directory further contains 3 subdirectories
+   - the src directory that contains the sources
+   - the data directory that contains the data to analyses
+   - the work directory (or any other name) that should be created for the analysis
+
+
+
+SRC directory
+===============
+
+Makefile : to check the coding is correct from C++ compiler point of view
+
+PlotScurvesAllMain.cc : The main for the compilation used from now on for the analysis
+PlotScurvesAllMain.h
+
+PlotScurvesAll-diffFit.cc : The only file that does really the gain equalisation inside the PlotScurve function
+PlotScurvesAll-diffFitConst.h : define the constant used by PlotScurve function in the file PlotScurvesAll-diffFit.cc
+PlotScurvesAll-diffFit.h
+
+
+Please do
+
+make 
+-----
+to check that PlotScurvesAll-diffFit.cc syntax is correct for the C++ compiler
+
+makeDataFile.sh : Extract the data from the EC-ASIC board read by the Test-EC-ASIC into one file of data per ASIC channel
+                  Create directories, one per ASIC.
+                  Link *.h and *.cc files locally for analysis 
+makeGainTable.sh : extract the table for the ASIC obtained by the output result of the execution of PlotScurve() inside PlotScurvesAll-diffFit.cc 
+
+PlotScurvesAll-diffFit.C ! Old file uncompiled by Hiroko (23/09/2013)
+
+
+
+
+DATA directory
+================
+/Users/dagoret-campagnesylvie/MacOsX/EUSO-BALLOON/GainEqualisation/analysis/data>ls -l 
+total 16
+20130923-APC contains S-Curves
+20130924-LAL contains S-Curves
+gain-default-ASIC_C.txt : Default ASIC Gain
+gain-default-ASIC_D.txt
+
+Procedures
+==========
+
+From Hiroko : Monday 23 09 2013
+
+First of all, things are not fully automatick yet as we are still
+looking for the best way to carry it out.
+
+
+----------------------------------------------------------------------------
+<STEP 1> Organize your directories (I prefer to use bash.sh instead of csh,tcsh):
+% mkdir YOUR_DIR/analysis
+% mkdir YOUR_DIR/analysis/src
+% mkdir YOUR_DIR/analysis/data
+% export YOUR_DIR/analysis/src srcDIR
+% export YOUR_DIR/analysis/data dataDIR
+
+make your data directory for the day. e.g.,:
+% mkdir $dataDIR/yYYmMMdDD-APC
+% cd yYYmMMdDD-APC
+----------------------------------------------------------------------------
+
+----------------------------------------------------------------------------
+<STEP 2> Modify data file obtained by LabView to fit and make
+data directories for the analysis:
+There are many ways to do this, and you can do as you wish.
+Ask Pierre to make the data file which includes DAC values
+and data for ASIC_C and ASIC_D at the beginning as he knows
+what I mean.
+
+If you want, the data obtained by LabView can be used as itself
+with modifying the parameter on my makeDataFile.sh script.
+I leave it for right now because we haven't fixed the data format
+yet, at least by the last time I was there.
+
+
+% cp -p data_s_curves_runXX.data .
+% sh $srcDIR/makeDataFile.sh data_s_curves_runXX
+
+This sh automatically makes two directories data_s_curves_runXX_C
+and data_s_curves_runXX_D for the data of ASIC_C and ASIC_D respectively.
+
+From next steps, it totally depends on which data you are taking.
+Assume you want to analyse the data of ASIC_C.
+----------------------------------------------------------------------------
+
+----------------------------------------------------------------------------
+<STEP 3> Run ROOT, search the suitable parameters for each data
+% cd data_s_curves_runXX_C
+% ln -s ../FORMER_GAIN_DATA.txt gain-org.txt
+
+Usually, the following command is not necessary as long as the data
+includes pedestal, otherwise:
+% ln -s ../$pedestal_data_directory_D/*.dat .
+
+Check the parameters in header file or directory input the parameter
+in main function as you can see in the source code.
+This totally depends on the data. You have to modify it to suitable
+parameters.
+
+% root -l
+
+Set the parameters on the top of the program depending on your analysis.
+â¢ General policy: parameters starting with "k" at the beginning is
+fixed gloval parameter and usually set in the header file, never change
+through the program.
+â¢ kDrawCh: channel just you want to check on display. doens't effect
+the analysis. 
+â¢ fname, fname_ped (kFname, kFnamePed): "YOUR DATA FILE" without ".data".
+See examples in the header file.
+â¢ dac_half_spe_fix: set DAC value only when you want to adjust the gain
+to particular pulse height (DAC value) instead of either average of the
+pulse height of reference pixel. Usually just leave it -1.
+â¢ fit_min, fit_max (kFitMin, kFitMax): leave them as default,
+it is not currently used for the analysis.
+â¢ fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range
+of s-curve fitting. search proper values by yourself with running root
+program a few times.
+â¢ kBoard: don't forget to change 0(C) or 1(D) depending on which ASIC
+you're analysing
+â¢ kChRef (kRefCh): a pixel whose gain remains 64 thorough the gain
+adjustment.
+â¢ checkAve: for the first run, set this parameter 1, and find a pixel
+which remains 64. In the case of parameter 1, all the gains are adjusted
+to the average pulse height.
+Once you choose the reference pixel, set the parameter 0, as well as
+set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the
+record of each PMTs.)
+
+Once you set all the parameters above, then
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+
+or do in another way according Sylvie's 
+from the shell (not inside root), execute directly the binary
+
+$(srcDIR)/PlotScurvesAllMain 
+
+
+Repeat until you define all the parameters above.
+----------------------------------------------------------------------------
+
+
+----------------------------------------------------------------------------
+<STEP 4> Make the gain table
+Once you decide the parameters and modify the header file, then run
+% root -l > tmp.data
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+[].q
+
+If you have the data of ASIC_D, go to the directory of ASIC_D
+and do the same.
+
+% cd ../
+Check the paramters in $srcDIR/makeGainTable.sh and run
+You should add/remove #s depending on which data you're analysing.
+% sh makeGainTable.sh
+Or type by your hands the commands in the script file.
+
+If everything has been done properly, you should get a gain
+table with a proper format.
+I would recommend that when you make tmp.data file, to include
+the value of threshold used, and the number of iteration, e.g.,
+tmp-th180-it0.data
+And then do the iteration of the analysis with the data with
+the obtained gain table until you get reasonable uniformity.
+
+NOTE that, sometimes PMT gain or efficiency is too low to obtain
+the inflection point, in this case the program outputs the -1 for
+flag_fit. If it remains -1 after some trials, you should adjust
+by hand. Ask Philippe for detailes.
+----------------------------------------------------------------------------
+
+
+----------------------------------------------------------------------------
+<STEP 5> Adjust gain of EC_unit
+Once you succeed to obtain all the gain tables:
+1) check the pulse height (dac_sfit[kChRef]-dac_ped[kChRef])
+2) choose 1 of 4 PMTs in EC_unit
+3) take the ratio of pulse height between reference pixels
+4) multiply the gain table by the ratio above
+5) combine all the gain tables
+----------------------------------------------------------------------------
+
+
+
+Good luck!
+
+
+Logbook
+=======
+
+
+up to run95, the definition of iteration:
+
+T1, T2: board1, board2
+no description: data with ASIC gain 64 everywhere,
+it0: data after the 1st adjustment,
+it1: data after the 2nd adjustment, ...
+it2: data after the 3rd adjustment, ...
+
+should be changed afterward:
+T1, T3: board1, board2
+it0: data with ASIC gain 64 everywhere, 
+it1: data after the 1st adjustment,
+it2: data after the 2nd adjustment, ...
+
+
+
+
+
+run60: 2 ch (44,56), 0.562
+run62: 2ch it0 (by hand)
+run63: 64ch it0 (by file, sfit)
+run64: 64ch it1 strange noise default gain
+run65: 384 ch (128ch HVon default gain)
+run66: 64 ch ASIC_D default gain
+run67: sfit it0 th180 100 events
+run68: sfit it0 th180 modified 10000 events ch62:103->92, ch60:109->95
+run69: sfit it1 th240 100 events
+run70: sfit it1 th240 10000 events
+run71: 64 ch ASIC_D default gain
+
+
+run72: ASIC_D gain 64 others 0 100 events, step 10, 
+run73: with adjust gain for ASIC_D th240 it1 100 events, step 10
+74: light off, HV ON ped step 2 ASC_C
+75: light off, HV ON ped step 1 ASC_C -> same as 76âŠ? forgot to save
+76: 10000 events                   
+
+78: T2 (board2) ASIC_C default 10000 events
+79: T2 (board2) ASIC_D default 10000 events
+
+80: T2 ASIC_C it0 100 events
+81: T2 ASIC_C it0 10000 events
+82: T2 ASIC_D it0 10000 events
+83: T1 ASIC_C it0 10000 events
+84: T2 ASIC_C it1 100 events
+85: T2 ASIC_C it1 10000 events
+86: T2 ASIC_D it1 10000 events
+87: T2 ASIC_C it1 10000 events
+
+89: T1 ASIC_C it1 100 events
+90: T1 ASIC_C it1 10000 events
+91: T1 ASIC_C it2 10000 events
+92: T1 ASIC_C it2 10000 events, lower luminosity (50%)
+93: T1 ASIC_C it3 (with using 91) 10000 events, lower luminosity (50%) 
+
+94: T1 ASIC_C it3 (with using 91) 10000 events, lower luminosity (50%),
+modified the gain of ch39,ch43,ch47 by hand
+aiming threshold at 150
+95: T1 ASIC_C it3 (with using 91) 10000 events, lower luminosity (50%),
+modified the gain of ch39,ch43,ch47 by hand
+with HV of CW corresponding to 900V
+
+
+tmp tables for each PMTs:
+Board  ASIC    dir incl. table_fin, chRef, data\w table_fin, ped, peak, PH, ratio
+T1     ASIC_C: run91, chRef 31, run 94&95, 72.5 232.5, 160, 1.27
+T1     ASIC_D: run68, chRef 31, run70,	   74.5 277.5, 203, 1
+T2(T3) ASIC_C: run87, chRef 37, run85&87,  72.5 287.5, 215, 0.94
+T2(T3) ASIC_D: run86, chRef 32, run86,	   67.5 252.5, 180, 1.13
+
+
+History
+=======
+
+------------------------------------------------------------------------------
+Up to 23/09/2013 : code developped by Hiroko
+------------------------------------------------------------------------------
+24/09/2013 : Sylvie introduces PlotScurvesAll-diffFit.cc and makes it compilable with the makefile. 
+------------------------------------------------------------------------------
+24/09/2013 : From Pierre :
+
+So you have a pptx file which is the summary of the data taken yesterday.
+The you have two types of data file:
+- s_curves_runXXX.data (where XXX is the run number) : this is the raw data with the first column being the DAC value et then you have 384 columns corresponding to the 64 channels of ASIC A, B, C, D, E and F
+- data_s_curves_runXXX.data (where XXX is the run number) : this is the data from the two used ASICs (C and D). 1st column is still the the DAC values, then 128 columns corresponding to the 64 channels of ASICs C and D
+
+I don't remember if Hiroko uses first or second type of file for her analysis.
+cheers
+pierre 
+------------------------------------------------------------------------------
+25/09/2013 : Improve a little bit PlotScurvesAll-diffFit.cc with welcome comments inside the code.
+             add the PlotScurvesAll-diffFitConst.h
+             Put Canvas name and title to understand better what is seen on screen
+------------------------------------------------------------------------------
+
+ 
Index: equalization_gain/trunk/README_camille
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/README_camille	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/README_camille	(revision 191)
@@ -0,0 +1,131 @@
+**********************************
+*** Equalization gain analysis ***
+**********************************
+
+In the /analysis directory where this README is placed, follow instruction to proceed the equalization gain algorithm from H. Miyamoto (see HowToEaqualizeGain.txt for the original README):
+
+1) Source the analysis environment with the MySetup.sh bash script after setting proper path:
+
+% source MySetup.sh
+
+2) Go in the /src directory to compile the Makefile
+
+% cd src
+% make
+
+3) Create a work directory in the top level directory /analysis:
+
+% cd ..
+% mkdir work
+% cd work
+
+4) Put in this new /work directory one or more data file created by P. Barillon with the name format data_s_curves_runXX.data with XX the number of the run. For example some files are by default in the directory /data/20130924-LAL 
+
+% cp ../data/20130924-LAL/data_s_curves_run104.data .
+% cp ../data/20130924-LAL/data_s_curves_run105.data .
+
+5) In the /work directory run the makeDataFile.sh script and put the name of the data file you want to process (without the .data extension):
+
+% ../src/makeDataFile.sh data_s_curves_runXX
+
+Two directories data_s_curves_runXX_C and data_s_curves_runXX_D have been created. In the following we work with the data_s_curves_runXX_C one. They correspond each to an ASIC. Verify that everything as well processed by looking a data_s_curves_runXX_C/data_s_curves_runXX-chYY.dat file (with YY the number of the channel of a PMT/ASIC). Values for the different DAC should not be equal to 0. 
+
+6) If you want to attribute a gain table different than the default one (64 per default for 64 channels in the data_s_curves_run104_C/gain-org.txt), link this gain-org.txt with the choosen table put in the work directory (respect the original format of the gain-org.txt i.e. 64 channels at the good place): 
+
+% cp PATH_YOUR_GAIN_TABLE/YOUR_GAIN_TABLE.txt .
+% cd data_s_curves_runXX_C
+% rm gain-org.txt
+% ln -s ../YOUR_GAIN_TABLE.txt gain-org.txt
+
+7) (Hiroko's README)
+
+Usually, the following command is not necessary as long as the data
+includes pedestal, otherwise:
+% ln -s ../$pedestal_data_directory_D/*.dat .
+
+Check the parameters in header file or directory input the parameter
+in main function as you can see in the source code.
+This totally depends on the data. You have to modify it to suitable
+parameters.
+
+% root -l
+
+Set the parameters on the top of the program depending on your analysis.
+â¢ General policy: parameters starting with "k" at the beginning is
+fixed global parameter and usually set in the header file, never change
+through the program.
+â¢ kDrawCh: channel just you want to check on display. doens't effect
+the analysis. 
+â¢ fname, fname_ped (kFname, kFnamePed): "YOUR DATA FILE" without ".data".
+See examples in the header file.
+â¢ dac_half_spe_fix: set DAC value only when you want to adjust the gain
+to particular pulse height (DAC value) instead of either average of the
+pulse height of reference pixel. Usually just leave it -1.
+â¢ fit_min, fit_max (kFitMin, kFitMax): leave them as default,
+it is not currently used for the analysis.
+â¢ fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range
+of s-curve fitting. search proper values by yourself with running root
+program a few times.
+â¢ kBoard: don't forget to change 0(C) or 1(D) depending on which ASIC
+you're analysing
+â¢ kChRef (kRefCh): a pixel whose gain remains 64 thorough the gain
+adjustment.
+
+/!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\
+â¢ checkAve: for the first run, set this parameter 1, and find a pixel
+which remains 64. In the case of parameter 1, all the gains are adjusted
+to the average pulse height.
+Once you choose the reference pixel, set the parameter 0, as well as
+set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the
+record of each PMTs.)
+/!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\
+
+Once you set all the parameters above, then
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+
+8) Repeat until you define all the parameters above. The parameters you could have to tune are:
+
+â¢ fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range
+of s-curve fitting. Search proper values by yourself with running root
+program a few times.
+
+/!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\
+Looking at the Hist_diff you can see on some histograms that no maximum has been found despite you tuned previous parameters as you can. To correct this, you can implement by hardcoding in the PlotScurvesAll-diffFit.cc at line ~393 the parameter fit_min_scurve for the corresponding channel. But remember that ASIC C starts at channel 128 and D at 192.   
+/!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\ /!\
+
+
+Once you choose the reference pixel, set the parameter checkAve = 0, as well as
+set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the
+record of each PMTs.)
+
+/?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\
+But how should we choose this pixel whose gain will remain 64?
+/?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\ /?\
+
+Quit root: 
+
+% .q
+
+9) Now we chose the header parameters we can make the new gain table. Run:
+
+% root -l > tmp.data
+[].L PlotScurvesAll-diffFit.C
+[]PlotScurve()
+[].q
+
+Do the same instructions for an other ASIC (D one for example).
+
+Go back in the previous folder to run the makeGainTable.sh bash script. But first, modify parameters of it as name of file and created .txt. You also have to make modification depending on whether you use type C or D ASICs :
+
+% cd ../
+% open ../src/makeGainTable.sh
+
+After modification has been done run in the work directory: 
+
+% ../src/makeGainTable.sh
+
+
+
+
+
Index: equalization_gain/trunk/src/Makefile
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/Makefile	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/Makefile	(revision 191)
@@ -0,0 +1,66 @@
+# ***********************************************************
+# Makefile for EUSO-BALLOON for S-curve fitting
+#
+# Sylvie Dagoret-Campagne
+#
+# 24 09 2013
+# ***********************************************************
+
+# Compiler flags
+CXX = clang++
+CXXFLAGSROOT := $(shell echo "`root-config --cflags`")
+CXXFLAGS =
+CXXFLAGS += -Wall -O2 -fPIC
+CXXFLAGS += $(CXXFLAGSROOT)
+
+COMPILE = $(CXX) $(CXXFLAGS) -c
+
+FF = g77
+FFLAGS = -Wall -O2 -c
+
+LDFLAGSROOT = $(shell echo "`root-config --libs`")
+LDFLAGS =
+LDFLAGS += -Wall -O2
+
+LD = $(CXX)
+
+SHFLAGS := -dynamiclib -twolevel_namespace -undefined dynamic_lookup -dynamic -single_module
+#SHFLAGS := -bundle
+
+# Programs, object files
+PROGRAMS = PlotScurvesAllMain libPlotScurvesAll-diffFit.so
+OBJS = PlotScurvesAllMain.o PlotScurvesAll-diffFit.o
+LIBS = libPlotScurvesAll-diffFit.so
+
+DEPS = $(OBJS:.o=.d)
+
+all: $(PROGRAMS)
+
+# Program dependencies
+PlotScurvesAllMain: $(OBJS)
+	$(LD) $(LDFLAGS) $^ $(LDFLAGSROOT)  -o $@
+
+libPlotScurvesAll-diffFit.so : PlotScurvesAll-diffFit.o
+	$(LD) $(SHFLAGS) -o $@ $^
+
+
+
+# ***********************************************************
+# Generic part
+
+clean:
+	rm -f $(DEPS) $(PROGRAMS) $(OBJS) $(LIBS)
+
+include $(DEPS)
+
+%.d : %.cc
+	set -e; $(CXX) -MM $(CXXFLAGS) $< \
+	| sed 's/\($*\)\.o[ :]*/\1.o $@ : /g' > $@; \
+	[ -s $@ ] || rm -f $@
+
+%.o : %.cc
+	$(COMPILE) $< -o $@
+
+%.o : %.f
+	$(FF) $(FFLAGS) $< -o $@
+
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.C
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.C	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.C	(revision 191)
@@ -0,0 +1,577 @@
+#include <fstream>
+#include <iostream>
+#include "TH1D.h"
+#include "TH2D.h"
+#include "TCanvas.h"
+#include "TF1.h"
+#include "TPad.h"
+#include "TGraphErrors.h"
+#include "TGraph.h"
+#include "TLine.h"
+#include "PlotScurvesAll-diffFitConst.h"
+
+// for format of EC_ASIC Scurves_all_ASIC data
+// ASIC A,B,C,.... : i=0,1,2,... ch 0,1,...,63 : j=0,1,...,63
+// % cat scurves_PC_inj_run5.lvm |awk '{i=2;j=37;print($1,$(i*64+j+1+1))}'
+//   > scurves_PC_inj_run5-C-ch37.data
+// => % cd $datadir
+// => % sh $srcdir/makeDataFile.sh with assigining proper fname
+// PlotScurvesAll-diffFit-v6.6.C: dac_sfit[ch]=-1; in the case of fitting failure.
+
+
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh=31,
+		TString  fname=kFname,
+		TString  fname_ped=kFnamePed, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix = -1,
+		TString  fname_gain="gain-org.txt",
+		Int_t    fit_min=kFitMin,
+		Int_t    fit_max=kFitMax,
+		Int_t    fit_min_scurve=kFitMinS,
+		Int_t    fit_max_scurve=kFitMaxS,
+		Bool_t   kBoard=1, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef=kRefCh,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve=0 //0:use ref pix, 1:check average
+		){
+                //NOTE   
+		//Double_t dac_half_spe_fix = 177; //for EC_ASICb N101(asic N158). 
+		//check DAC value corresponds to voltage to 160fC input 
+		//(depends on DAC linearity)
+		//Double_t dac_half_spe_fix = -1 //set gain to DAC average (default)
+
+  /******************* Readout data file *********************/
+  
+  /*********************** SIGNAL RUN ********************/
+  TString *input             = new TString[kNch];
+  TString *input_ped         = new TString[kNch];
+  Int_t    ch;
+  Float_t  dac_half_sum      = 0;
+  Float_t  dac_ped_sum       = 0;
+  Float_t  dac_spe_sum       = 0;
+  Float_t  dac_sfit_sum      = 0;
+  Float_t  diff_sum          = 0;
+  Float_t  mean_sum          = 0;
+  Float_t  maxBinSum         = 0;
+  Double_t dac_half[kNch];
+  Double_t dac_ped[kNch];
+  Double_t dac_spe[kNch];
+  Double_t dac_sfit[kNch];
+  Double_t mean_diff[kNch];
+  Double_t gain_org[kNch];
+  Double_t sfit_chiS[kNch];
+  Double_t flag_fit[kNch];
+
+  TCanvas *c1                = new TCanvas("c1","c1",200,20,1100,600);
+  c1->Divide(11,6);
+  TCanvas *c2                = new TCanvas("c2","c2",300,50,1100,600);
+  c2->Divide(11,6);
+  TCanvas *c5                = new TCanvas("c5","c5",400,70,1100,600);
+  c5->Divide(11,6);
+  TCanvas *c3                = new TCanvas("c3","c3",500,100,1200,300);
+  c3->Divide(4,1);
+  /*TCanvas *c6                = new TCanvas("c6","c6",450,150,1000,500);
+  c6->Divide(4,2);
+  TCanvas *c7                = new TCanvas("c7","c7",470,200,1000,500);
+  c7->Divide(4,2);*/
+  TCanvas *c4                = new TCanvas("c4","c4",900,400,300,300);
+
+  TString  name_hist[kNch];
+  TString  name_hist_ped[kNch];
+  TString  name_hist_diff[kNch];
+  TString  name_hist_diff_fit[kNch];
+  TString  name_fit_diff[kNch];
+  TH1D    *hist_scurve       = new TH1D[kNch];
+  TH1D    *hist_scurve_ped   = new TH1D[kNch];
+  TH1D    *hist_diff         = new TH1D[kNch];
+  TH1D    *hist_diff_fit     = new TH1D[kNch];
+  TF1     *fit_sdiff         = new TF1[kNch];
+
+  TString input_gain(fname_gain);
+  ifstream in_gain(input_gain.Data());
+  if(!in_gain.good()){
+    cerr << "File " << input_gain << " open failed!" << endl;
+    return;
+  }
+  
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    dac_half[ch]=0;
+    dac_ped[ch]=0;
+    dac_spe[ch]=0;
+    dac_sfit[ch]=0;
+    gain_org[ch]=0;
+    mean_diff[ch]=0;
+    sfit_chiS[ch]=0;
+    flag_fit[ch]=0;
+    name_hist[ch]           ="hist";
+    name_hist[ch]          +=ch;
+    name_hist_ped[ch]       ="hist_ped";
+    name_hist_ped[ch]      +=ch;
+    name_hist_diff[ch]      ="hist_diff";
+    name_hist_diff[ch]     +=ch;
+    name_hist_diff_fit[ch]  ="hist_diff_fit";
+    name_hist_diff_fit[ch] +=ch;
+    name_fit_diff[ch]       ="fit_diff";
+    name_fit_diff[ch]      +=ch;
+  }
+  
+  Double_t da;
+  Int_t count=0;
+  ch=0;
+  while(in_gain >> da){
+    if(!kBoard && (count>=128 && count<192)){
+      gain_org[ch]=da;
+      cerr << "!kBoard, count, gain_org[" << ch << "] "
+	   << !kBoard << " " << count << " " << gain_org[ch] << endl;
+      ch++;
+    }
+    if(kBoard && (count>=192 && count<256)){
+      gain_org[ch]=da;
+      cerr << "kBoard, count, gain_org[" << ch << "] "
+	   << kBoard << " " << count << " " << gain_org[ch] << endl;
+      ch++;
+    }
+    count++;
+  }      
+  in_gain.close();
+  in_gain.clear();
+  
+
+  Int_t trigger=0, trigger_fit=0, trigger_mean=0, trigger_sfit=0;
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    input[ch] += fname;
+    input[ch] += "-ch";
+    input[ch] += ch;
+    input[ch] += ".dat";
+    ifstream in(input[ch].Data());
+    if(!in.good()){
+      cerr << "File " << input[ch] << " open failed!" << endl;
+      return;
+    }
+
+    input_ped[ch] += fname_ped;
+    input_ped[ch] += "-ch";
+    input_ped[ch] += ch;
+    input_ped[ch] += ".dat";
+    ifstream in_ped(input_ped[ch].Data());
+    if(!in_ped.good()){
+      cerr << "File " << input_ped[ch] << " open failed!" << endl;
+      return;
+    }    
+
+
+    
+    //10DAC~10mV
+
+    Double_t da, dat, dac_min, dac_max, step_dac;
+    count = 0;
+    while (in >> da >> dat ){
+      if(count==0) dac_min  = da;
+      if(count==1) step_dac = da - dac_min;
+      dac_max=da;
+      count++;
+    }      
+    in.close();
+    in.clear();
+
+    /*    
+    if(ch==43 || ch==47){//for T1 ASIC_C
+      cerr << "CHECK " << ch << " " << fit_min_scurve << endl;
+      Int_t fit_min_scurve=140;
+    } else {
+      Int_t fit_min_scurve=kFitMinS;
+    }
+    */
+
+    if(kXmin<dac_min)kXmin=dac_min;
+    const Int_t kNdata    = count;
+    count = (fit_max_scurve-fit_min_scurve)/step_dac;
+    const Int_t kNdataFit = count;
+    if(ch==0){
+      cerr << "kNdata, dac_min, dac_max, step_dac: " 
+	   << kNdata << " " << dac_min << " " << dac_max << " " 
+	   << step_dac << endl;
+    }
+    
+    Double_t dac_min_ped, dac_max_ped, step_dac_ped;
+    count = 0;
+    while (in_ped >> da >> dat ){
+      if(count==0) dac_min_ped  = da;
+      if(count==1) step_dac_ped = da - dac_min_ped;
+      dac_max_ped=da;
+      count++;
+    }      
+    in_ped.close();
+    in_ped.clear();
+    
+
+    const Int_t kNdataPed = count;
+    if(ch==0){
+      cerr << "kNdataPed, dac_min_ped, dac_max_ped, step_dac_ped: " 
+	   << kNdataPed << " " << dac_min_ped << " " << dac_max_ped 
+	   << " " << step_dac_ped << endl;
+    }
+    
+    hist_scurve[ch]      = TH1D(name_hist[ch],name_hist[ch],kNdata-1,
+				dac_min,dac_max);
+    hist_scurve_ped[ch]  = TH1D(name_hist_ped[ch],name_hist_ped[ch],
+				kNdataPed-1,dac_min_ped,dac_max_ped);
+    hist_diff[ch]        = TH1D(name_hist_diff[ch],name_hist_diff[ch],
+				kNdata-2,dac_min,dac_max);
+    hist_diff_fit[ch]    = TH1D(name_hist_diff_fit[ch],name_hist_diff_fit[ch],
+				kNdataFit,fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+
+    in.open(input[ch].Data());
+    Double_t       data[kNdata], dac[kNdata], dac_fit[kNdataFit], data_fit[kNdataFit];
+    while (in >> da >> dat ){
+      hist_scurve[ch].Fill(da,dat);
+    }
+    in.close();
+    in.clear();
+
+    in_ped.open(input_ped[ch].Data());
+    while (in_ped >> da >> dat ){
+      hist_scurve_ped[ch].Fill(da,dat);
+    }
+    in_ped.close();
+    in_ped.clear();
+
+    //dac_ped[ch]  = hist_scurve_ped[ch].GetMaximumBin()+dac_min_ped; //absolute value
+    dac_ped[ch]  = hist_scurve_ped[ch].GetBinCenter(hist_scurve_ped[ch].GetMaximumBin()); //absolute value
+    dac_ped_sum += dac_ped[ch]; //absolute value
+    //cerr << "dac_ped[" << ch << "] dac_ped_sum " << dac_ped[ch] 
+    //<< " " << dac_ped_sum << endl;
+    
+
+    hist_scurve[ch].Smooth(3);
+    Int_t binx=0;
+    //hist_scurve[ch].GetBinWithContent(kHalfMax,binx,kXmin-dac_min+1,
+    //                                  dac_max-dac_min+1,kHalfMax/2.);
+    hist_scurve[ch].GetBinWithContent(kHalfMax,binx,kXmin-dac_min+1,
+				      dac_max-dac_min+1,2000);
+    dac_half[ch] = hist_scurve[ch].GetBinCenter(binx); //absolute value
+    if(dac_half[ch]<kXmin)dac_half[ch]=-1;
+    
+    Int_t i=0;
+    for(i=0;i<kNdata;i++){
+      dac[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i+1);
+      data[i] = hist_scurve[ch].GetBinContent(i+1);
+    }
+   
+    /*** derive diff ***/
+    Double_t diff[kNdata-1], dac_diff[kNdata-1];
+    Int_t trigger_diff=0;
+    for(i=0;i<kNdata-1;i++){
+      diff[i]     = (data[i]-data[i+1])/step_dac;
+      dac_diff[i] = dac[i]+step_dac/2;
+      hist_diff[ch].Fill(dac_diff[i],diff[i]);
+      if(dac_diff[i]>=fit_min){
+	diff_sum += diff[i]*dac_diff[i];
+	//cerr << "diff[" << i << "], dac_diff[" << i << "] "
+	//<< diff[i] << " " << dac_diff[i] << endl;
+	trigger_diff+=diff[i];
+      }
+    }
+    //mean_diff[ch] = diff_sum/trigger_diff;
+    hist_diff[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min,fit_max);
+    mean_diff[ch] = hist_diff[ch].GetMean();
+    //cerr << "trigger_diff, mean_diff[" << ch << "] " 
+    //<< trigger_diff << " " << mean_diff[ch] << endl;
+    
+   
+    /******************* GRAPHICS *****************/
+    c1->cd(ch+1);    
+    /*** fit scurves  ***/
+    cerr << "ch " << ch;
+    //if(ch==43 || ch==47){
+    if(ch==170){
+      TF1 *fit_pol      = new TF1("fit_pol","pol4",150,fit_max_scurve);
+      hist_scurve[ch].Fit(fit_pol,"","",150,fit_max_scurve);
+    }else{
+      TF1 *fit_pol      = new TF1("fit_pol","pol4",fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+      hist_scurve[ch].Fit(fit_pol,"","",fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+    }
+    Double_t fit_par_pol4[5];
+    fit_pol->GetParameters(fit_par_pol4);
+    sfit_chiS[ch] =  fit_pol->GetChisquare();
+    TF1 *func               = hist_scurve[ch].GetFunction("fit_pol");
+    Double_t data_diff_fit;
+    for(i=0;i<kNdataFit;i++){
+      //if(ch==43 || ch==47){
+      if(ch==170){
+	dac_fit[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+150-dac_min;
+	data_fit[i] = func->Eval(hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+150-dac_min);
+      }else{
+	dac_fit[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+fit_min_scurve-dac_min;
+	data_fit[i] = func->Eval(hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+fit_min_scurve-dac_min);
+	//cerr << "dac_fit[" << i << "], data_fit[" << i << "] "
+	//<< dac_fit[i] << " " << data_fit[i] << endl;
+      }
+    }
+    Double_t dac_diff_fit;
+    for(i=0;i<kNdataFit-1;i++){
+      data_diff_fit = (data_fit[i]-data_fit[i+1])/step_dac;
+      hist_diff_fit[ch].Fill(dac_fit[i],data_diff_fit);
+    }
+
+    TLine *lhalf_max   = new TLine(dac[0],kHalfMax,dac[kNdata-1],kHalfMax);
+    TLine *ldac_half   = new TLine(dac_half[ch],0,dac_half[ch],
+				   (Double_t)kDrawMax);
+    hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+    hist_scurve[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(kDrawDacMin,kDrawDacMax);
+    hist_scurve[ch].Draw();
+    lhalf_max->Draw("same");  
+    ldac_half->Draw("same");
+    if(dac_half[ch]>0){
+      dac_half_sum += dac_half[ch]-dac_ped[ch]; //relative absolute value
+      trigger++;
+    }
+
+    /*** Differential plot from scurve fitting function  ***/
+    c5->cd(ch+1);
+    hist_diff_fit[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min_scurve,fit_max_scurve-2*step_dac);
+    Double_t dac_sfit_max=hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+    //if(dac_sfit_max<=fit_min_scurve+4*step_dac){
+    if(dac_sfit_max<=fit_min_scurve+2*step_dac){
+      hist_diff_fit[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min_scurve+kFitSadj,fit_max_scurve-2*step_dac);
+      dac_sfit[ch]  =  hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+      //if(dac_sfit[ch]<=fit_min_scurve+kFitSadj+4*step_dac)dac_sfit[ch]=-1;
+      if(dac_sfit[ch]<fit_min_scurve+kFitSadj+step_dac){
+	dac_sfit[ch]=-1;
+	//dac_sfit[ch]=dac_half[ch];
+	flag_fit[ch] = -1;
+	cerr << "flag_fit[" << ch << "] " << flag_fit[ch]  << endl;
+      }
+    }else {
+      dac_sfit[ch]  =  hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+    }
+
+    if(dac_sfit[ch]>fit_min_scurve+5){
+      dac_sfit_sum += dac_sfit[ch]-dac_ped[ch];
+      trigger_sfit++;
+    }else{
+      //dac_sfit[ch] = fit_min_scurve+10;
+      dac_sfit[ch] = -1;
+    }
+    //cerr << "dac_sfit[" << ch << "] " << dac_sfit[ch] << endl;
+    TLine *ldac_sfit      = new TLine(dac_sfit[ch],0,dac_sfit[ch],kDrawMaxFit);
+    TLine *ldac_sfit_copy = new TLine(dac_sfit[ch],0,dac_sfit[ch],kDrawMax);
+    ldac_sfit->SetLineColor(kMagenta);
+    ldac_sfit_copy->SetLineColor(kMagenta);
+    hist_diff_fit[ch].SetMaximum(kDrawMaxFit);
+    hist_diff_fit[ch].SetMinimum(0);
+    hist_diff_fit[ch].Draw();
+    ldac_sfit->Draw("same");
+    
+    /**** differential plot ****/
+    c2->cd(ch+1);
+    //hist_diff[ch].Rebin(8);
+    hist_diff[ch].Rebin(3);
+    fit_sdiff     = new TF1("fit_sdiff","gaus",dac_min,dac_max);
+    //fit_sdiff->SetLineWidth(1);
+    //if(ch==8 || ch==18 || ch==44 || ch==56)
+    mean_sum += mean_diff[ch]-dac_ped[ch];
+    trigger_mean++;
+
+    Double_t fit_par[3];
+    //hist_diff[ch].Fit(fit_sdiff,"RQ0","",fit_min,fit_max);
+    hist_diff[ch].Fit(fit_sdiff,"","",fit_min,fit_max);
+    hist_diff[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(kDrawDacMin,kDrawDacMax);
+    hist_diff[ch].SetMinimum(0);
+    hist_diff[ch].SetMaximum(kDrawMaxDiff);
+    //hist_diff[ch].Rebin();
+    hist_diff[ch].Draw();
+    fit_sdiff->GetParameters(fit_par);
+    dac_spe[ch] = fit_par[1];
+    if(dac_spe[ch]>fit_min){
+      dac_spe_sum += dac_spe[ch]-dac_ped[ch];
+      //cerr << "dac_spe[" << ch << "] " << dac_spe[ch] << endl;
+      trigger_fit++;
+    }else{
+      dac_spe[ch] = fit_min+10;
+    }
+    //cerr << "dac_spe[" << ch << "] " << dac_spe[ch] << endl;
+    TLine *ldac_spe    = new TLine(dac_spe[ch],0,dac_spe[ch],
+				 (Double_t)kDrawMaxDiff);
+    ldac_spe->SetLineColor(kRed);
+    TLine *lmean_diff  = new TLine(mean_diff[ch],0,mean_diff[ch],
+				   (Double_t)kDrawMaxDiff);
+    lmean_diff->SetLineColor(kCyan);
+    TLine *lfit_min    = new TLine(fit_min,0,fit_min,kDrawMaxDiff);
+    lfit_min->SetLineColor(kGray);
+
+    ldac_spe->Draw();
+    lmean_diff->Draw("same");
+    lfit_min->Draw("same");
+    
+    c3->cd(1);
+    if(ch==0){
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      hist_scurve[ch].Draw();
+    }else{
+    /*if(ch==8 || ch==18 || ch==44 || ch==56)*/
+      hist_scurve[ch].Draw("same");
+    }
+    if(ch==kDrawCh){
+      c3->cd(2);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      hist_scurve[kDrawCh].Draw();
+      lhalf_max->Draw("same");  
+      ldac_half->Draw("same");
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+      c3->cd(3);
+      hist_diff[kDrawCh].Draw();      
+      ldac_spe->Draw();
+      lmean_diff->Draw("same");
+      lfit_min->Draw("same");
+      c3->cd(4);
+      hist_diff_fit[kDrawCh].Draw();
+       ldac_sfit->Draw("same");
+      }
+    /*
+    if(ch<32){
+      c6->cd(ch/4+1);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      if(ch%4==0){
+	hist_scurve[ch].Draw();
+      }else{
+      	hist_scurve[ch].Draw("same");
+      }
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+    }else{
+      c7->cd(ch/4-7);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      if(ch%4==0){
+	hist_scurve[ch].Draw();
+      }else{
+      	hist_scurve[ch].Draw("same");
+      }
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+      }
+    */
+    
+    c4->cd();
+    if(ch==0){
+      hist_scurve_ped[ch].SetMaximum(kDrawMaxPed);
+      hist_scurve_ped[ch].Draw("l");
+    }else{
+      hist_scurve_ped[ch].Draw("lsame");
+    }
+    
+  }
+  
+  if(!checkAve){
+    Float_t dac_ped_ave   = dac_ped[kChRef]; //absolute value
+    Float_t dac_half_ave  = dac_half[kChRef];
+    Float_t dac_spe_ave   = dac_spe[kChRef];
+    Float_t dac_sfit_ave  = dac_sfit[kChRef];
+    //Float_t dac_sfit_ave  = 252.5; //dac_sfit of ch31 of ASIC_C with the 180 for lower gain pixels
+    Float_t mean_diff_ave = mean_diff[kChRef];
+  }else{
+    Float_t dac_ped_ave  = dac_ped_sum/(Float_t)kNch; //absolute value
+    Float_t dac_half_ave = dac_half_sum/(Float_t)trigger+dac_ped_ave;
+    Float_t dac_spe_ave  = dac_spe_sum/(Float_t)trigger_fit+dac_ped_ave;
+    Float_t mean_diff_ave = mean_sum/(Float_t)trigger_mean+dac_ped_ave; 
+    Float_t dac_sfit_ave = dac_sfit_sum/(Float_t)trigger_sfit+dac_ped_ave; 
+  }
+  //trigger_mean=4;
+  if(dac_half_spe_fix!=-1) {
+    Double_t dac_half_spe = dac_half_spe_fix;
+  } else {
+    //Double_t dac_half_spe = dac_half_ave;
+    Double_t dac_half_spe = dac_spe_ave;
+  }
+
+  TLine *ldac_ped_ave   = new TLine(dac_ped_ave,0,dac_ped_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_ped_ave_copy = new TLine(dac_ped_ave,0,dac_ped_ave,
+				   (Double_t)kDrawMaxDiff);
+  TLine *ldac_half_ave  = new TLine(dac_half_ave,0,dac_half_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_half_spe  = new TLine(dac_half_spe,0,dac_half_spe,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *lmean_diff_ave = new TLine(mean_diff_ave,0,mean_diff_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_sfit_ave  = new TLine(dac_sfit_ave,0,dac_sfit_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  ldac_ped_ave->SetLineColor(kOrange);
+  ldac_half_ave->SetLineColor(kRed);
+  lmean_diff_ave->SetLineColor(kCyan);
+  //ldac_half_spe->SetLineColor(kGreen);
+  ldac_sfit_ave->SetLineColor(kMagenta);  
+
+  c3->cd(1);
+  ldac_ped_ave->Draw("same");
+  ldac_half_ave->Draw("same");
+  lhalf_max->Draw("same");
+  ldac_half_spe->Draw("same");
+  lmean_diff_ave->Draw("same");
+  ldac_sfit_ave->Draw("same");
+
+  c3->cd(3);
+  ldac_ped_ave_copy->SetLineColor(kOrange);
+  ldac_ped_ave_copy->Draw("same");
+
+  Int_t    gain_asic_diff, gain_asic_dacHalf, gain_asic_diff_mean, gain_asic_sfit;
+  cerr << "title  ch  g_asic_dacHalf  g_asic_diff  g_asic_diff_mean  g_asic_sfit  dac_half[ch]  dac_ped[ch]  dac_spe[ch]  dac_half_ave dac_half_spe dac_ped_ave  dac_sfit_ave" 
+       << endl;
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    /*
+    if(ch==8 || ch==44 || ch==56 || ch==18){
+      gain_asic_diff_mean=(Int_t)((mean_diff_ave-dac_ped_ave)/
+				  (mean_diff[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+    }else{
+      gain_asic_diff_mean=0;
+    }
+    */
+    if(dac_half[ch]<0){
+      gain_asic_dacHalf   = 0;
+      gain_asic_diff      = 0;
+      gain_asic_diff_mean = 0;
+      gain_asic_sfit      = 0;
+    }else{
+      gain_asic_dacHalf  =(Int_t)((dac_half_ave-dac_ped_ave)/
+				(dac_half[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_diff     =(Int_t)((dac_half_spe-dac_ped_ave)/
+			     (dac_spe[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_diff_mean=(Int_t)((mean_diff_ave-dac_ped_ave)/
+				  (mean_diff[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_sfit     =(Int_t)((dac_sfit_ave-dac_ped_ave)/
+			     (dac_sfit[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      //cerr << ch << " " << gain_org[ch] << endl;
+    }
+    cout << "OUT_TABLE    "
+	 << ch << "    "
+	 << gain_asic_dacHalf   << "    "
+	 << gain_asic_diff      << "    "
+	 << gain_asic_diff_mean << "    "
+	 << gain_asic_sfit      << "    "
+	 << dac_half[ch]        << "    "
+	 << dac_ped[ch]         << "    "
+	 << (Int_t)dac_spe[ch]  << "    "
+	 << dac_half_ave        << "    "
+	 << dac_half_spe        << "    "
+	 << dac_ped_ave         << "    "
+	 << dac_sfit_ave        << "    "
+	 << sfit_chiS[ch]       << "    "
+         << ch                  << "    "
+	 << flag_fit[ch]       
+	 << endl;
+  }
+  /*
+    for(ch=kNch-1;ch>=0;ch--){
+    cout << "OUT_TABLE_INV    "
+    << (Int_t)(dac_half_ave/(dac_half[ch]-dac_ped)*64)
+      << endl;
+      }
+  */
+  
+  
+}
+
+
+
+
+
+ 
+
+
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.cc
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.cc	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.cc	(revision 191)
@@ -0,0 +1,835 @@
+#include <fstream>
+#include <iostream>
+#include "TROOT.h"
+#include "TString.h"
+#include "TH1D.h"
+#include "TH2D.h"
+#include "TCanvas.h"
+#include "TF1.h"
+#include "TPad.h"
+#include "TGraphErrors.h"
+#include "TGraph.h"
+#include "TLine.h"
+#include "TROOT.h"
+#include "TString.h"
+#include <TStyle.h>
+
+#include "PlotScurvesAll-diffFitConst.h"
+#include "PlotScurvesAll-diffFit.h"
+
+
+
+// for format of EC_ASIC Scurves_all_ASIC data
+// ASIC A,B,C,.... : i=0,1,2,... ch 0,1,...,63 : j=0,1,...,63
+// % cat scurves_PC_inj_run5.lvm |awk '{i=2;j=37;print($1,$(i*64+j+1+1))}'
+//   > scurves_PC_inj_run5-C-ch37.data
+// => % cd $datadir
+// => % sh $srcdir/makeDataFile.sh with assigining proper fname
+// PlotScurvesAll-diffFit-v6.6.C: dac_sfit[ch]=-1; in the case of fitting failure.
+
+using namespace std;
+Int_t          kXmin       = 110;
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+void Help()
+{
+
+  cout << "This is the Help of the PlotScurveAll-diffFit" <<endl;
+  cout << " Version 1.0 frol September 24 2013 " <<endl;
+  cout << " Main author Hiroko Miyamoto " << endl;
+  cout << " ==> Please in ROOT interpreter, issue the command .L PlotScurvesAll-diffFit.cc " <<endl;
+  cout << " ==> Then play with PlotScurve() function " << endl;
+  cout << " ==> If you need more information, please type Menu()" << endl;
+   
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+void Menu()
+{
+ cout << "This is the Detailed menu information for running the PlotScurveAll-diffFit" <<endl;
+
+ cout << " void PlotScurve( " << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    kDrawCh=31, " << endl;
+ cout << " \t " <<  " TString  fname=kFname, " << endl;
+ cout << " \t " <<  " TString  fname_ped=kFnamePed, //ASIC_D ped_file " << endl;
+ cout << " \t " <<  " Double_t dac_half_spe_fix = -1," << endl;
+ cout << " \t " <<  " TString  fname_gain=\"gain-org.txt\"," << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    fit_min=kFitMin," << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    fit_max=kFitMax," << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    fit_min_scurve=kFitMinS," << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    fit_max_scurve=kFitMaxS," << endl;
+ cout << " \t " <<  " Bool_t   kBoard=1, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D " << endl;
+ cout << " \t " <<  " Int_t    kChRef=kRefCh,//ASIC_C " << endl;
+ cout << " \t " <<  " Bool_t   checkAve=0 //0:use ref pix, 1:check average " << endl;
+ cout << " ) " << endl;		
+ cout << "Set the parameters on the top of the program depending on your analysis:  " << endl;
+ cout << "General policy: parameters starting with a \"k\" at the beginning is fixed gloval parameter and usually set in the header file, never change through the program. " << endl;
+ cout << " : " << endl;
+ cout << " - kDrawCh: channel just you want to check on display. doens't effect the analysis. " << endl;
+ 
+ cout << " - fname, fname_ped (kFname, kFnamePed): \"YOUR DATA FILE\" without .data"  << endl;
+ cout << " See examples in the header file. " << endl;
+ cout << " - dac_half_spe_fix: set DAC value only when you want to adjust the gain to particular pulse height (DAC value) instead of either average of the pulse height of reference pixel. Usually just leave it -1. " << endl;
+ cout << " - fit_min, fit_max (kFitMin, kFitMax): leave them as default, it is not currently used for the analysis."  << endl;
+ cout << " - fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range of s-curve fitting. search proper values by yourself with running root program a few times."  << endl;
+ cout << " - kBoard: don't forget to change 0(C) or 1(D) depending on which ASIC you're analysing "  << endl;
+ cout << " - kChRef (kRefCh): a pixel whose gain remains 64 thorough the gain adjustment. " << endl;
+ cout << " - checkAve: for the first run, set this parameter 1, and find a pixel which remains 64. In the case of parameter 1, all the gains are adjusted to the average pulse height. " << endl;
+   cout <<  " Once you choose the reference pixel, set the parameter 0, as well as set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the record of each PMTs.) " << endl;
+
+   cout << " Actual configuration " << endl;
+   cout << " \t " <<  "TString kFname = " << kFname << endl;
+   cout << " \t " <<  "TString  kFnamePed = " << kFnamePed  << endl;
+   cout << " \t " <<  "Int_t kFitMin = " << kFitMin << endl; 
+   cout << " \t " <<  "Int_t kFitMax = " << kFitMax << endl;
+
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+//-------------------------------------------------------------------
+void InitRoot()
+{
+
+  gStyle->SetTitleFillColor(kWhite);
+  gStyle->SetTitleColor(kBlue,"xyz");
+  gStyle->SetTitleSize(0.03,"xyz");
+  gStyle->SetLabelSize(0.03,"xyz");
+  gStyle->SetLabelColor(kBlue,"xyz");
+  gStyle->SetAxisColor(kMagenta);
+  gStyle->SetPalette(1,0);
+  gStyle->SetOptFit(101);
+  gStyle->SetOptStat(0);
+  
+  //  gStyle->SetOptStat("emr");
+  gStyle->SetOptStat("");
+}
+//-------------------------------------------------------------------
+
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+/*
+
+The declaration of this function is now put inside the h file with the default values to be used
+
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh=31,
+		TString  fname=kFname,
+		TString  fname_ped=kFnamePed, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix = -1,
+		TString  fname_gain="gain-org.txt",
+		Int_t    fit_min=kFitMin,
+		Int_t    fit_max=kFitMax,
+		Int_t    fit_min_scurve=kFitMinS,
+		Int_t    fit_max_scurve=kFitMaxS,
+		Bool_t   kBoard=1, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef=kRefCh,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve=0 //0:use ref pix, 1:check average
+		)
+*/
+
+// Definition of the function  PlotScurve
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh,
+		TString  fname,
+		TString  fname_ped, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix,
+		TString  fname_gain,
+		Int_t    fit_min,
+		Int_t    fit_max,
+		Int_t    fit_min_scurve,
+		Int_t    fit_max_scurve,
+		Bool_t   kBoard, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve //0:use ref pix, 1:check average
+		)
+
+
+{
+                //NOTE   
+		//Double_t dac_half_spe_fix = 177; //for EC_ASICb N101(asic N158). 
+		//check DAC value corresponds to voltage to 160fC input 
+		//(depends on DAC linearity)
+		//Double_t dac_half_spe_fix = -1 //set gain to DAC average (default)
+
+  /******************* Readout data file *********************/
+  
+  /*********************** SIGNAL RUN ********************/
+  TString *input             = new TString[kNch];
+  TString *input_ped         = new TString[kNch];
+  Int_t    ch;
+  Float_t  dac_half_sum      = 0;
+  Float_t  dac_ped_sum       = 0;
+  Float_t  dac_spe_sum       = 0;
+  Float_t  dac_sfit_sum      = 0;
+  Float_t  diff_sum          = 0;
+  Float_t  mean_sum          = 0;
+  Float_t  maxBinSum         = 0;
+  Double_t dac_half[kNch];
+  Double_t dac_ped[kNch];
+  Double_t dac_spe[kNch];
+  Double_t dac_sfit[kNch];
+  Double_t mean_diff[kNch];
+  Double_t gain_org[kNch];
+  Double_t sfit_chiS[kNch];
+  Double_t flag_fit[kNch];
+
+
+  InitRoot();
+
+  TCanvas *c1                = new TCanvas(kCanvasName1,kCanvasTitle1,200,20,1100,600); //smoothed S-curves
+  c1->Divide(11,6);
+  TCanvas *c2                = new TCanvas(kCanvasName2,kCanvasTitle2,300,50,1100,600); //differentiated histograms of smoothed s-curves
+  c2->Divide(11,6);
+  TCanvas *c5                = new TCanvas(kCanvasName5,kCanvasTitle5,400,70,1100,600);
+  c5->Divide(11,6);
+  TCanvas *c3                = new TCanvas(kCanvasName3,kCanvasTitle3,500,100,1200,300);
+  c3->Divide(4,1);
+  /*TCanvas *c6                = new TCanvas("c6","c6",450,150,1000,500);
+  c6->Divide(4,2);
+  TCanvas *c7                = new TCanvas("c7","c7",470,200,1000,500);
+  c7->Divide(4,2);*/
+  TCanvas *c4                = new TCanvas(kCanvasName4,kCanvasTitle4,900,400,300,300);
+
+  TString  name_hist[kNch];
+  TString  name_hist_ped[kNch];
+  TString  name_hist_diff[kNch];
+  TString  name_hist_diff_fit[kNch];
+  TString  name_fit_diff[kNch];
+  TH1D    *hist_scurve       = new TH1D[kNch]; // smoothed S-curves
+  TH1D    *hist_scurve_ped   = new TH1D[kNch]; // S-curves for pedestal runs
+  TH1D    *hist_diff         = new TH1D[kNch]; // differentiated histograms of smoothed s-curves
+  TH1D    *hist_diff_fit     = new TH1D[kNch]; // differentiated histograms of fitted s-curves
+  TF1     *fit_sdiff         = new TF1[kNch];  // function fitted on differentiated histograms of fitted s-curves
+
+
+  // Open the ASIC Gain file
+  //-------------------------
+
+  TString input_gain(fname_gain);
+  ifstream in_gain(input_gain.Data());
+  if(!in_gain.good()){
+    cerr << "File " << input_gain << " open failed!" << endl;
+    return;
+  }
+  
+  ofstream out(kFnameOut.Data()); 
+
+  // first loop on channels
+  //----------------------
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    dac_half[ch]=0;
+    dac_ped[ch]=0;
+    dac_spe[ch]=0;
+    dac_sfit[ch]=0;
+    gain_org[ch]=0;
+    mean_diff[ch]=0;
+    sfit_chiS[ch]=0;
+    flag_fit[ch]=0;
+    name_hist[ch]           ="hist";
+    name_hist[ch]          +=ch;
+    name_hist_ped[ch]       ="hist_ped";
+    name_hist_ped[ch]      +=ch;
+    name_hist_diff[ch]      ="hist_diff";
+    name_hist_diff[ch]     +=ch;
+    name_hist_diff_fit[ch]  ="hist_diff_fit";
+    name_hist_diff_fit[ch] +=ch;
+    name_fit_diff[ch]       ="fit_diff";
+    name_fit_diff[ch]      +=ch;
+  }
+  
+
+  // read gain
+  Double_t da;
+  Int_t count=0;
+  ch=0;
+  while(in_gain >> da){
+    if(!kBoard && (count>=128 && count<192)){
+      gain_org[ch]=da;
+      cerr << "!kBoard, count, gain_org[" << ch << "] "
+	   << !kBoard << " " << count << " " << gain_org[ch] << endl;
+      ch++;
+    }
+    if(kBoard && (count>=192 && count<256)){
+      gain_org[ch]=da;
+      cerr << "kBoard, count, gain_org[" << ch << "] "
+	   << kBoard << " " << count << " " << gain_org[ch] << endl;
+      ch++;
+    }
+    count++;
+  }// end if first loop on all channels      
+  in_gain.close();
+  in_gain.clear();
+ 
+
+ 
+  // Open the S-Curve files for each channel and test if the file can be open
+
+  Int_t trigger=0, trigger_fit=0, trigger_mean=0, trigger_sfit=0;
+  // Big loop on all the channels : second loop
+  //--------------------------------------------
+  // build the input data file name for each channel fname-chXX.dat
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    input[ch] += fname;
+    input[ch] += "-ch";
+    input[ch] += ch;
+    input[ch] += ".dat";
+    ifstream in(input[ch].Data());
+    if(!in.good()){
+      cerr << "File " << input[ch] << " open failed!" << endl;
+      return;
+    }
+
+    // build the input data file name for each channel fname_ped-chXX.dat
+    input_ped[ch] += fname_ped;
+    input_ped[ch] += "-ch";
+    input_ped[ch] += ch;
+    input_ped[ch] += ".dat";
+    ifstream in_ped(input_ped[ch].Data());
+    if(!in_ped.good()){
+      cerr << "File " << input_ped[ch] << " open failed!" << endl;
+      return;
+    }    
+
+
+    
+    //10DAC~10mV
+    // determine the DAC range in dac_min, dac_max, step_dac from file input_ped
+    // and count the number of events
+    Double_t da, dat, dac_min, dac_max, step_dac;
+    count = 0;
+    while (in >> da >> dat ){
+      if(count==0) dac_min  = da;
+      if(count==1) step_dac = da - dac_min;
+      dac_max=da;
+      count++;
+    }      
+    in.close();
+    in.clear();
+
+    /*    
+    if(ch==43 || ch==47){//for T1 ASIC_C
+      cerr << "CHECK " << ch << " " << fit_min_scurve << endl;
+      Int_t fit_min_scurve=140;
+    } else {
+      Int_t fit_min_scurve=kFitMinS;
+    }
+    */
+
+    // correct the scale for DAC range
+    if(kXmin<dac_min)kXmin=dac_min;
+    const Int_t kNdata    = count;
+    count = (fit_max_scurve-fit_min_scurve)/step_dac;
+    const Int_t kNdataFit = count;
+    if(ch==0){
+      cerr << "kNdata, dac_min, dac_max, step_dac: " 
+	   << kNdata << " " << dac_min << " " << dac_max << " " 
+	   << step_dac << endl;
+    }
+    
+    Double_t dac_min_ped, dac_max_ped, step_dac_ped;
+    count = 0;
+    while (in_ped >> da >> dat ){
+      if(count==0) dac_min_ped  = da;
+      if(count==1) step_dac_ped = da - dac_min_ped;
+      dac_max_ped=da;
+      count++;
+    }
+      
+    in_ped.close();
+    in_ped.clear();
+    
+
+    const Int_t kNdataPed = count;
+    if(ch==0){
+      cerr << "kNdataPed, dac_min_ped, dac_max_ped, step_dac_ped: " 
+	   << kNdataPed << " " << dac_min_ped << " " << dac_max_ped 
+	   << " " << step_dac_ped << endl;
+    }
+    
+    // book histograms
+
+    hist_scurve[ch]      = TH1D(name_hist[ch],name_hist[ch],kNdata-1,
+				dac_min,dac_max);
+    hist_scurve_ped[ch]  = TH1D(name_hist_ped[ch],name_hist_ped[ch],
+				kNdataPed-1,dac_min_ped,dac_max_ped);
+    hist_diff[ch]        = TH1D(name_hist_diff[ch],name_hist_diff[ch],
+				kNdata-2,dac_min,dac_max);
+    hist_diff_fit[ch]    = TH1D(name_hist_diff_fit[ch],name_hist_diff_fit[ch],
+				kNdataFit,fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+
+    // read the data for that channel for normal data
+    in.open(input[ch].Data());
+    Double_t       data[kNdata], dac[kNdata], dac_fit[kNdataFit], data_fit[kNdataFit];
+    while (in >> da >> dat ){
+      hist_scurve[ch].Fill(da,dat); // fill the histograms of the s-curve
+    }
+    in.close();
+    in.clear();
+
+    // read the data for pedestal data
+    in_ped.open(input_ped[ch].Data());
+    while (in_ped >> da >> dat ){
+      hist_scurve_ped[ch].Fill(da,dat); // fill the histogram for pedestal data
+    }
+    in_ped.close();
+    in_ped.clear();
+
+    //dac_ped[ch]  = hist_scurve_ped[ch].GetMaximumBin()+dac_min_ped; //absolute value
+    dac_ped[ch]  = hist_scurve_ped[ch].GetBinCenter(hist_scurve_ped[ch].GetMaximumBin()); //absolute value
+    dac_ped_sum += dac_ped[ch]; //absolute value
+    //cerr << "dac_ped[" << ch << "] dac_ped_sum " << dac_ped[ch] 
+    //<< " " << dac_ped_sum << endl;
+    
+
+    hist_scurve[ch].Smooth(3); // Smooth the S curve
+    Int_t binx=0;
+    //hist_scurve[ch].GetBinWithContent(kHalfMax,binx,kXmin-dac_min+1,
+    //                                  dac_max-dac_min+1,kHalfMax/2.);
+
+    // ??????
+    hist_scurve[ch].GetBinWithContent(kHalfMax,binx,kXmin-dac_min+1,
+				      dac_max-dac_min+1,2000);
+    dac_half[ch] = hist_scurve[ch].GetBinCenter(binx); //absolute value
+    if(dac_half[ch]<kXmin)dac_half[ch]=-1;
+    
+    // put the histograms of the smoothed S-Curves into two arrays (dac, data)
+    //-------------------------------------------------------------------------
+    Int_t i=0;
+    for(i=0;i<kNdata;i++){
+      dac[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i+1);
+      data[i] = hist_scurve[ch].GetBinContent(i+1);
+    }
+   
+    /*** compute derive diff on S-Curve ***/
+    Double_t diff[kNdata-1], dac_diff[kNdata-1];
+    Int_t trigger_diff=0;
+    for(i=0;i<kNdata-1;i++){
+      diff[i]     = (data[i]-data[i+1])/step_dac;
+      dac_diff[i] = dac[i]+step_dac/2;
+      hist_diff[ch].Fill(dac_diff[i],diff[i]); // fills differentiated histograms of smoothed s-curves which is the single photoelectron spectrum
+      if(dac_diff[i]>=fit_min){
+	diff_sum += diff[i]*dac_diff[i];
+	//cerr << "diff[" << i << "], dac_diff[" << i << "] "
+	//<< diff[i] << " " << dac_diff[i] << endl;
+	trigger_diff+=diff[i];
+      }
+    }
+    //mean_diff[ch] = diff_sum/trigger_diff;
+    hist_diff[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min,fit_max);
+    mean_diff[ch] = hist_diff[ch].GetMean();
+    //cerr << "trigger_diff, mean_diff[" << ch << "] " 
+    //<< trigger_diff << " " << mean_diff[ch] << endl;
+    
+   
+    /******************* GRAPHICS *****************/
+
+
+    // Now start the analysis which consist in finding the peak in the differentiated spectrum
+    c1->cd(ch+1);    
+    /*** fit scurves  ***/
+    cerr << "ch " << ch;
+
+    //    SDC 24/09/2013 :: Need to declare outside this variable in a compiled program
+    TF1 *fit_pol ;
+
+
+    // Fit a polynomial curve in a given range on the s-curve directly. This is a kind of DEBUG procedure.
+
+    //if(ch==43 || ch==47){ // SDC: 25/09/2013 Why a special channel : the fit pol4 is performed for another DAC range
+ /*   if(ch==170){
+      fit_pol      = new TF1("fit_pol","pol4",150,fit_max_scurve);
+      hist_scurve[ch].Fit(fit_pol,"","",150,fit_max_scurve);
+    }else{ */
+      fit_pol      = new TF1("fit_pol","pol4",fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+      hist_scurve[ch].Fit(fit_pol,"","",fit_min_scurve,fit_max_scurve);
+   // }
+
+    
+
+    Double_t fit_par_pol4[5]; // container for fit parameter results
+    fit_pol->GetParameters(fit_par_pol4);
+    sfit_chiS[ch] =  fit_pol->GetChisquare(); // chi squared
+    TF1 *func               = hist_scurve[ch].GetFunction("fit_pol");
+    Double_t data_diff_fit;
+    for(i=0;i<kNdataFit;i++){
+      //if(ch==43 || ch==47){
+      if(ch==170){
+	dac_fit[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+150-dac_min;
+	data_fit[i] = func->Eval(hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+150-dac_min); // get the value of the fitted function 
+      }else{
+	dac_fit[i]  = hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+fit_min_scurve-dac_min;
+	data_fit[i] = func->Eval(hist_scurve[ch].GetBinCenter(i)+fit_min_scurve-dac_min); // get the value of the fitted function
+	//cerr << "dac_fit[" << i << "], data_fit[" << i << "] "
+	//<< dac_fit[i] << " " << data_fit[i] << endl;
+      }
+    }
+
+    // derive the fitted function on the S-curve to obtain the SPE
+    Double_t dac_diff_fit;
+    for(i=0;i<kNdataFit-1;i++){
+      data_diff_fit = (data_fit[i]-data_fit[i+1])/step_dac;
+      hist_diff_fit[ch].Fill(dac_fit[i],data_diff_fit); // Fill differentiated fitted S-curve
+    }
+
+    TLine *lhalf_max   = new TLine(dac[0],kHalfMax,dac[kNdata-1],kHalfMax);
+    TLine *ldac_half   = new TLine(dac_half[ch],0,dac_half[ch],
+				   (Double_t)kDrawMax);
+    hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+    hist_scurve[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(kDrawDacMin,kDrawDacMax);
+    hist_scurve[ch].Draw();
+    lhalf_max->Draw("same");  
+    ldac_half->Draw("same");
+    if(dac_half[ch]>0){
+      dac_half_sum += dac_half[ch]-dac_ped[ch]; //relative absolute value
+      trigger++;
+    }
+
+    /*** Differential plot from scurve fitting function  ***/
+    c5->cd(ch+1);
+    hist_diff_fit[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min_scurve,fit_max_scurve-2*step_dac);
+    Double_t dac_sfit_max=hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+    //if(dac_sfit_max<=fit_min_scurve+4*step_dac){
+    if(dac_sfit_max<=fit_min_scurve+2*step_dac){
+      hist_diff_fit[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(fit_min_scurve+kFitSadj,fit_max_scurve-2*step_dac);
+      dac_sfit[ch]  =  hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+      //if(dac_sfit[ch]<=fit_min_scurve+kFitSadj+4*step_dac)dac_sfit[ch]=-1;
+      if(dac_sfit[ch]<fit_min_scurve+kFitSadj+step_dac){
+	dac_sfit[ch]=-1;
+	//dac_sfit[ch]=dac_half[ch];
+	flag_fit[ch] = -1;
+	cerr << "flag_fit[" << ch << "] " << flag_fit[ch]  << endl;
+      }
+    }else {
+      dac_sfit[ch]  =  hist_diff_fit[ch].GetBinCenter(hist_diff_fit[ch].GetMaximumBin());
+    }
+
+    if(dac_sfit[ch]>fit_min_scurve+5){
+      dac_sfit_sum += dac_sfit[ch]-dac_ped[ch];
+      trigger_sfit++;
+    }else{
+      //dac_sfit[ch] = fit_min_scurve+10;
+      dac_sfit[ch] = -1;
+    }
+    //cerr << "dac_sfit[" << ch << "] " << dac_sfit[ch] << endl;
+    TLine *ldac_sfit      = new TLine(dac_sfit[ch],0,dac_sfit[ch],kDrawMaxFit);
+    TLine *ldac_sfit_copy = new TLine(dac_sfit[ch],0,dac_sfit[ch],kDrawMax);
+    ldac_sfit->SetLineColor(kMagenta);
+    ldac_sfit_copy->SetLineColor(kMagenta);
+    hist_diff_fit[ch].SetMaximum(kDrawMaxFit);
+    hist_diff_fit[ch].SetMinimum(0);
+    hist_diff_fit[ch].Draw();
+    ldac_sfit->Draw("same");
+    
+    /**** differential plot ****/
+    c2->cd(ch+1);
+    //hist_diff[ch].Rebin(8);
+    hist_diff[ch].Rebin(3);
+    fit_sdiff     = new TF1("fit_sdiff","gaus",dac_min,dac_max);
+    //fit_sdiff->SetLineWidth(1);
+    //if(ch==8 || ch==18 || ch==44 || ch==56)
+    mean_sum += mean_diff[ch]-dac_ped[ch];
+    trigger_mean++;
+
+    // fit the derivated polynom fit 
+    Double_t fit_par[3];
+    //hist_diff[ch].Fit(fit_sdiff,"RQ0","",fit_min,fit_max);
+    hist_diff[ch].Fit(fit_sdiff,"","",fit_min,fit_max);
+    hist_diff[ch].GetXaxis()->SetRangeUser(kDrawDacMin,kDrawDacMax);
+    hist_diff[ch].SetMinimum(0);
+    hist_diff[ch].SetMaximum(kDrawMaxDiff);
+    //hist_diff[ch].Rebin();
+    hist_diff[ch].Draw();
+    fit_sdiff->GetParameters(fit_par); // get the parameters for this fit
+    dac_spe[ch] = fit_par[1];
+    if(dac_spe[ch]>fit_min){
+      dac_spe_sum += dac_spe[ch]-dac_ped[ch];
+      //cerr << "dac_spe[" << ch << "] " << dac_spe[ch] << endl;
+      trigger_fit++;
+    }else{
+      dac_spe[ch] = fit_min+10;
+    }
+    //cerr << "dac_spe[" << ch << "] " << dac_spe[ch] << endl;
+    TLine *ldac_spe    = new TLine(dac_spe[ch],0,dac_spe[ch],
+				 (Double_t)kDrawMaxDiff);
+    ldac_spe->SetLineColor(kRed);
+    TLine *lmean_diff  = new TLine(mean_diff[ch],0,mean_diff[ch],
+				   (Double_t)kDrawMaxDiff);
+    lmean_diff->SetLineColor(kCyan);
+    TLine *lfit_min    = new TLine(fit_min,0,fit_min,kDrawMaxDiff);
+    lfit_min->SetLineColor(kGray);
+
+    ldac_spe->Draw();
+    lmean_diff->Draw("same");
+    lfit_min->Draw("same");
+    
+    c3->cd(1);
+    if(ch==0){
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      hist_scurve[ch].Draw();
+    }else{
+    /*if(ch==8 || ch==18 || ch==44 || ch==56)*/
+      hist_scurve[ch].Draw("same");
+    }
+    if(ch==kDrawCh){
+      c3->cd(2);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      hist_scurve[kDrawCh].Draw();
+      lhalf_max->Draw("same");  
+      ldac_half->Draw("same");
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+      c3->cd(3);
+      hist_diff[kDrawCh].Draw();      
+      ldac_spe->Draw();
+      lmean_diff->Draw("same");
+      lfit_min->Draw("same");
+      c3->cd(4);
+      hist_diff_fit[kDrawCh].Draw();
+       ldac_sfit->Draw("same");
+      }
+    /*
+    if(ch<32){
+      c6->cd(ch/4+1);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      if(ch%4==0){
+	hist_scurve[ch].Draw();
+      }else{
+      	hist_scurve[ch].Draw("same");
+      }
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+    }else{
+      c7->cd(ch/4-7);
+      hist_scurve[ch].SetMaximum(kDrawMax);
+      if(ch%4==0){
+	hist_scurve[ch].Draw();
+      }else{
+      	hist_scurve[ch].Draw("same");
+      }
+      ldac_sfit_copy->Draw("same");
+      }
+    */
+    
+    c4->cd();
+    if(ch==0){
+      hist_scurve_ped[ch].SetMaximum(kDrawMaxPed);
+      hist_scurve_ped[ch].Draw("l");
+    }else{
+      hist_scurve_ped[ch].Draw("lsame");
+    }
+    
+  }// end of second loop on all the channels
+
+  // SDC 24/09/2013 :: In a compiled program, I have to declare the following variables outside the parenthesis
+
+  Float_t dac_ped_ave  ; //absolute value
+  Float_t dac_half_ave  ;
+  Float_t dac_spe_ave   ;
+  Float_t dac_sfit_ave;
+  Float_t mean_diff_ave = 252.5; //dac_sfit of ch31 of ASIC_C with the 180 for lower gain pixels
+  
+  if(!checkAve){
+    dac_ped_ave   = dac_ped[kChRef]; //absolute value
+    dac_half_ave  = dac_half[kChRef];
+    dac_spe_ave   = dac_spe[kChRef];
+    dac_sfit_ave  = dac_sfit[kChRef];
+    //Float_t dac_sfit_ave  = 252.5; //dac_sfit of ch31 of ASIC_C with the 180 for lower gain pixels
+    mean_diff_ave = mean_diff[kChRef];
+  }else{
+    dac_ped_ave  = dac_ped_sum/(Float_t)kNch; //absolute value
+    dac_half_ave = dac_half_sum/(Float_t)trigger+dac_ped_ave;
+    dac_spe_ave  = dac_spe_sum/(Float_t)trigger_fit+dac_ped_ave;
+    mean_diff_ave = mean_sum/(Float_t)trigger_mean+dac_ped_ave; 
+    dac_sfit_ave = dac_sfit_sum/(Float_t)trigger_sfit+dac_ped_ave; 
+  }
+
+
+// SDC 24/09/2013 :: In a compiled program, I have to declare the following variables outside the parenthesis
+
+  Double_t dac_half_spe;
+
+  //trigger_mean=4;
+  if(dac_half_spe_fix!=-1) {
+    dac_half_spe = dac_half_spe_fix;
+  } else {
+    //Double_t dac_half_spe = dac_half_ave;
+    dac_half_spe = dac_spe_ave;
+  }
+
+  TLine *ldac_ped_ave   = new TLine(dac_ped_ave,0,dac_ped_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_ped_ave_copy = new TLine(dac_ped_ave,0,dac_ped_ave,
+				   (Double_t)kDrawMaxDiff);
+  TLine *ldac_half_ave  = new TLine(dac_half_ave,0,dac_half_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_half_spe  = new TLine(dac_half_spe,0,dac_half_spe,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *lmean_diff_ave = new TLine(mean_diff_ave,0,mean_diff_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  TLine *ldac_sfit_ave  = new TLine(dac_sfit_ave,0,dac_sfit_ave,
+				   (Double_t)kDrawMax);
+  ldac_ped_ave->SetLineColor(kOrange);
+  ldac_half_ave->SetLineColor(kRed);
+  lmean_diff_ave->SetLineColor(kCyan);
+  //ldac_half_spe->SetLineColor(kGreen);
+  ldac_sfit_ave->SetLineColor(kMagenta);  
+
+  c3->cd(1);
+  ldac_ped_ave->Draw("same");
+  ldac_half_ave->Draw("same");
+  // lhalf_max->Draw("same");  SDC (24/09/2013) :: Not declared
+  ldac_half_spe->Draw("same");
+  lmean_diff_ave->Draw("same");
+  ldac_sfit_ave->Draw("same");
+
+  c3->cd(3);
+  ldac_ped_ave_copy->SetLineColor(kOrange);
+  ldac_ped_ave_copy->Draw("same");
+
+  Int_t    gain_asic_diff, gain_asic_dacHalf, gain_asic_diff_mean, gain_asic_sfit;
+  out << "title  ch  g_asic_dacHalf  g_asic_diff  g_asic_diff_mean  g_asic_sfit  dac_half[ch]  dac_ped[ch]  dac_spe[ch]  dac_half_ave dac_half_spe dac_ped_ave  dac_sfit_ave" 
+       << endl;
+
+
+  // loop 3 on all channels to make final computations on the gain 
+  for(ch=0;ch<kNch;ch++){
+    /*
+    if(ch==8 || ch==44 || ch==56 || ch==18){
+      gain_asic_diff_mean=(Int_t)((mean_diff_ave-dac_ped_ave)/
+				  (mean_diff[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+    }else{
+      gain_asic_diff_mean=0;
+    }
+    */
+    if(dac_half[ch]<0){
+      gain_asic_dacHalf   = 0;
+      gain_asic_diff      = 0;
+      gain_asic_diff_mean = 0;
+      gain_asic_sfit      = 0;
+    }else{
+      gain_asic_dacHalf  =(Int_t)((dac_half_ave-dac_ped_ave)/
+				(dac_half[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_diff     =(Int_t)((dac_half_spe-dac_ped_ave)/
+			     (dac_spe[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_diff_mean=(Int_t)((mean_diff_ave-dac_ped_ave)/
+				  (mean_diff[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      gain_asic_sfit     =(Int_t)((dac_sfit_ave-dac_ped_ave)/
+			     (dac_sfit[ch]-dac_ped[ch])*gain_org[ch]);
+      //cerr << ch << " " << gain_org[ch] << endl;
+    }
+
+    
+
+    out << "OUT_TABLE    "
+	 << ch << "    "
+	 << gain_asic_dacHalf   << "    "
+	 << gain_asic_diff      << "    "
+	 << gain_asic_diff_mean << "    "
+	 << gain_asic_sfit      << "    "
+	 << dac_half[ch]        << "    "
+	 << dac_ped[ch]         << "    "
+	 << (Int_t)dac_spe[ch]  << "    "
+	 << dac_half_ave        << "    "
+	 << dac_half_spe        << "    "
+	 << dac_ped_ave         << "    "
+	 << dac_sfit_ave        << "    "
+	 << sfit_chiS[ch]       << "    "
+         << ch                  << "    "
+	 << flag_fit[ch]       
+	 << endl;
+  }
+
+
+
+  /*
+    for(ch=kNch-1;ch>=0;ch--){
+    cout << "OUT_TABLE_INV    "
+    << (Int_t)(dac_half_ave/(dac_half[ch]-dac_ped)*64)
+      << endl;
+      }
+  */
+  
+  
+}
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+// Analysis Constructor
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+Analysis::Analysis():ch(0),dac_half_sum(0),dac_spe_sum(0),dac_sfit_sum(0),diff_sum(0),mean_sum(0),maxBinSum(0) 
+{
+ 
+   
+
+ /*********************** SIGNAL RUN ********************/
+  input             = new TString[kNch];
+  input_ped         = new TString[kNch];
+
+  // Init sums
+  dac_half_sum      = 0;
+  dac_ped_sum       = 0;
+  dac_spe_sum       = 0;
+  dac_sfit_sum      = 0;
+  diff_sum          = 0;
+  mean_sum          = 0;
+  maxBinSum         = 0;
+
+
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+// Analysis destructor
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+Analysis::~Analysis()
+{
+ 
+  if(input!=0) delete input;
+  if(input_ped!=0) delete input_ped;
+
+
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+
+//-------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
+// Main public function of Analysis
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+void Analysis::PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh=31,
+		TString  fname=kFname,
+		TString  fname_ped=kFnamePed, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix = -1,
+		TString  fname_gain="gain-org.txt",
+		Int_t    fit_min=kFitMin,
+		Int_t    fit_max=kFitMax,
+		Int_t    fit_min_scurve=kFitMinS,
+		Int_t    fit_max_scurve=kFitMaxS,
+		Bool_t   kBoard=0, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef=kRefCh,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve=0 //0:use ref pix, 1:check average
+		)
+{
+
+  if(input!=0) delete input;
+  if(input_ped!=0) delete input_ped;
+
+  // recreate the name 
+  input             = new TString[kNch];
+  input_ped         = new TString[kNch];
+
+  // Init sums
+  dac_half_sum      = 0;
+  dac_ped_sum       = 0;
+  dac_spe_sum       = 0;
+  dac_sfit_sum      = 0;
+  diff_sum          = 0;
+  mean_sum          = 0;
+  maxBinSum         = 0;
+
+
+  
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.d
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.d	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.d	(revision 191)
@@ -0,0 +1,62 @@
+PlotScurvesAll-diffFit.o PlotScurvesAll-diffFit.d : PlotScurvesAll-diffFit.cc \
+  /Applications/root/include/TROOT.h \
+  /Applications/root/include/TDirectory.h \
+  /Applications/root/include/TNamed.h \
+  /Applications/root/include/TObject.h \
+  /Applications/root/include/Rtypes.h \
+  /Applications/root/include/RConfig.h \
+  /Applications/root/include/RVersion.h \
+  /Applications/root/include/DllImport.h \
+  /Applications/root/include/Rtypeinfo.h \
+  /Applications/root/include/snprintf.h \
+  /Applications/root/include/strlcpy.h \
+  /Applications/root/include/TGenericClassInfo.h \
+  /Applications/root/include/TSchemaHelper.h \
+  /Applications/root/include/TStorage.h \
+  /Applications/root/include/TVersionCheck.h \
+  /Applications/root/include/Riosfwd.h \
+  /Applications/root/include/TBuffer.h \
+  /Applications/root/include/TString.h \
+  /Applications/root/include/TMathBase.h \
+  /Applications/root/include/TList.h \
+  /Applications/root/include/TSeqCollection.h \
+  /Applications/root/include/TCollection.h \
+  /Applications/root/include/TIterator.h \
+  /Applications/root/include/TDatime.h \
+  /Applications/root/include/TUUID.h /Applications/root/include/TH1D.h \
+  /Applications/root/include/TH1.h /Applications/root/include/TAxis.h \
+  /Applications/root/include/TAttAxis.h \
+  /Applications/root/include/TArrayD.h \
+  /Applications/root/include/TArray.h \
+  /Applications/root/include/TAttLine.h \
+  /Applications/root/include/TAttFill.h \
+  /Applications/root/include/TAttMarker.h \
+  /Applications/root/include/TArrayC.h \
+  /Applications/root/include/TArrayS.h \
+  /Applications/root/include/TArrayI.h \
+  /Applications/root/include/TArrayF.h \
+  /Applications/root/include/Foption.h \
+  /Applications/root/include/TVectorFfwd.h \
+  /Applications/root/include/TVectorDfwd.h \
+  /Applications/root/include/TFitResultPtr.h \
+  /Applications/root/include/TH2D.h /Applications/root/include/TH2.h \
+  /Applications/root/include/TMatrixFBasefwd.h \
+  /Applications/root/include/TMatrixDBasefwd.h \
+  /Applications/root/include/TCanvas.h /Applications/root/include/TPad.h \
+  /Applications/root/include/TVirtualPad.h \
+  /Applications/root/include/TAttPad.h \
+  /Applications/root/include/TVirtualX.h \
+  /Applications/root/include/TAttText.h \
+  /Applications/root/include/GuiTypes.h \
+  /Applications/root/include/Buttons.h \
+  /Applications/root/include/TQObject.h \
+  /Applications/root/include/TAttCanvas.h \
+  /Applications/root/include/TCanvasImp.h \
+  /Applications/root/include/TF1.h /Applications/root/include/TFormula.h \
+  /Applications/root/include/TBits.h \
+  /Applications/root/include/TObjArray.h \
+  /Applications/root/include/Math/ParamFunctor.h \
+  /Applications/root/include/TGraphErrors.h \
+  /Applications/root/include/TGraph.h /Applications/root/include/TLine.h \
+  /Applications/root/include/TStyle.h PlotScurvesAll-diffFitConst.h \
+  PlotScurvesAll-diffFit.h
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.h
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.h	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFit.h	(revision 191)
@@ -0,0 +1,88 @@
+//
+//
+// Definition of classes
+//
+#ifndef _PLOTSCURVESALLDIFFFIT_H_
+#define _PLOTSCURVESALLDIFFFIT_H_
+
+#include "PlotScurvesAll-diffFitConst.h"
+
+
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh=31,
+		TString  fname=kFname,
+		TString  fname_ped=kFnamePed, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix = -1,
+		TString  fname_gain="gain-org.txt",
+		Int_t    fit_min=kFitMin,
+		Int_t    fit_max=kFitMax,
+		Int_t    fit_min_scurve=kFitMinS,
+		Int_t    fit_max_scurve=kFitMaxS,
+		Bool_t   kBoard=0, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef=kRefCh,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve=0 //0:use ref pix, 1:check average
+		);
+
+
+//-------------------------------------------------------------
+// Same work presented inside the analysis class
+//
+//
+//-------------------------------------------------------------
+
+class Analysis
+{
+ public:
+
+  Analysis(); // construtor to clean variables, and create object on the heap
+
+  ~Analysis(); // destructor to clean object form the heap 
+
+  // Main analysis function to be called from outside
+
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh,
+		TString  fname,
+		TString  fname_ped, //ASIC_D ped_file
+		Double_t dac_half_spe_fix,
+		TString  fname_gain,
+		Int_t    fit_min,
+		Int_t    fit_max,
+		Int_t    fit_min_scurve,
+		Int_t    fit_max_scurve,
+		Bool_t   kBoard, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve //0:use ref pix, 1:check average
+		);
+
+
+
+
+private:
+
+// common variables to the analysis
+     TString *input;
+     TString *input_ped;
+     Int_t    ch;
+     Float_t  dac_half_sum;  
+     Float_t  dac_ped_sum;   
+     Float_t  dac_spe_sum;    
+     Float_t  dac_sfit_sum;     
+     Float_t  diff_sum;      
+     Float_t  mean_sum;       
+     Float_t  maxBinSum;
+
+// output of the PlotScurve Analysis
+     Double_t dac_half[kNch];
+     Double_t dac_ped[kNch];
+     Double_t dac_spe[kNch];
+     Double_t dac_sfit[kNch];
+     Double_t mean_diff[kNch];
+     Double_t gain_org[kNch];
+     Double_t sfit_chiS[kNch];
+     Double_t flag_fit[kNch];
+
+};
+
+#endif
+
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFitConst.h
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFitConst.h	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAll-diffFitConst.h	(revision 191)
@@ -0,0 +1,141 @@
+
+#ifndef _PLOTSCURVESALLDIFFFITCONST_H_
+#define _PLOTSCURVESALLDIFFFITCONST_H_
+/*
+â¢ kDrawCh: channel just you want to check on display. doens't effect
+the analysis. 
+
+â¢ fname, fname_ped (kFname, kFnamePed): "YOUR DATA FILE" without ".data".
+See examples in the header file.
+
+â¢ dac_half_spe_fix: set DAC value only when you want to adjust the gain
+to particular pulse height (DAC value) instead of either average of the
+pulse height of reference pixel. Usually just leave it -1.
+
+â¢ fit_min, fit_max (kFitMin, kFitMax): leave them as default,
+it is not currently used for the analysis.
+
+â¢ fit_min_scurve, fit_max_scurve (kFitMinS, kFitMaxS): define the range
+of s-curve fitting. search proper values by yourself with running root
+program a few times.
+
+â¢ kBoard: don't forget to change 0(C) or 1(D) depending on which ASIC
+you're analysing
+
+â¢ kChRef (kRefCh): a pixel whose gain remains 64 thorough the gain
+adjustment.
+
+â¢ checkAve: for the first run, set this parameter 1, and find a pixel
+which remains 64. In the case of parameter 1, all the gains are adjusted
+to the average pulse height.
+
+Once you choose the reference pixel, set the parameter 0, as well as
+set kRefCh the pixel number. (better to keep in the header file for the
+record of each PMTs.)
+*/
+
+
+/*** signal file ***/
+//TString  kFname="data_s_curves_run37-38";//ASIC_D it0 org
+//TString  kFname="data_s_curves_run66";//ASIC_D for it0
+//TString  kFname="data_s_curves_run68";//ASIC_D for it1
+//TString  kFname="data_s_curves_run70";//ASIC_D for it1
+//TString  kFname="data_s_curves_run76";//ASIC_C it0
+//TString  kFname="data_s_curves_run78";//T2 ASIC_C it0
+//TString  kFname="data_s_curves_run79";//T2 ASIC_D it0
+//TString  kFname="data_s_curves_run81";//T2 ASIC_C it1
+//TString  kFname="data_s_curves_run82";//T2 ASIC_D it1
+//TString  kFname="data_s_curves_run83";//T1 ASIC_C it1
+//TString  kFname="data_s_curves_run90";//T1 ASIC_C it2
+//TString  kFname="data_s_curves_run91";//T1 ASIC_C it3
+//TString  kFname="data_s_curves_run92";//T1 ASIC_C it3 lower luminosity
+//TString  kFname="data_s_curves_run93";//T1 ASIC_C it4
+//TString  kFname="data_s_curves_run94";//T1 ASIC_C it3
+//const TString  kFname="data_s_curves_run100";//T1 ASIC_C it3
+const TString  kFname="data_s_curves_run104";//T1 ASIC_C it0
+
+/*** pedestal file ***/
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run24"; //T1 ASIC_D ped_file 
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run74"; //T1 ASIC_C ped_file
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run68"; //T1 ASIC_D 
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run78"; //T2 ASIC_C ped_file
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run79"; //T2 ASIC_D ped_file
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run81";//T2 ASIC_C it1
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run82";//T2 ASIC_D it1
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run83";//T1 ASIC_C it1
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run90";//T1 ASIC_C it2
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run91";//T1 ASIC_C it3
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run92";//T1 ASIC_C it3 lower luminosity
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run93";//T1 ASIC_C it4
+//TString  kFnamePed="data_s_curves_run94";//T1 ASIC_C it3
+//const TString  kFnamePed="data_s_curves_run100";//T1 ASIC_C it3
+const TString  kFnamePed="data_s_curves_run104";//T1 ASIC_C it0
+
+// Output file
+const TString kFnameOut="output.dat";
+
+//Int_t kFitMin = 160; //T1 ASIC_D it0, default
+//Int_t kFitMin = 180; //T1 ASIC_D it1
+//Int_t kFitMin = 170; //T1 ASIC_C it0
+//Int_t kFitMin = 200; //T2 ASIC_C it0, T1 ASIC_C it2
+//Int_t kFitMin = 150; //T2 ASIC_D it0
+//Int_t kFitMin = 120; //T2 ASIC_D it0
+const Int_t kFitMin = 220; //T1 ASIC_C it2
+const Int_t kFitMax = 400;
+
+//Int_t kFitMinS = 180; //T1 ASIC_D it0, default, T1 ASIC_C it1
+const Int_t kFitMinS = 240; //T1 ASIC_D it1, T2 ASIC_C it1
+//Int_t kFitMinS = 120; //T1 ASIC_C it0 for low gain
+//Int_t kFitMinS = 150; //T1 ASIC_C it0 for high gain
+//Int_t kFitMinS = 220; //T2 ASIC_C it0, default
+//Int_t kFitMinS = 200; //T2 ASIC_D it1
+//Int_t kFitMinS = 130; //T2 ASIC_D it0
+const Int_t kFitMaxS = 380; //default
+//Int_t kFitMaxS = 340; //T1 ASIC_C low gain
+//Int_t kFitMaxS = 300; //T1 ASIC_C low gain 2
+const Int_t kFitSadj = 80;
+//Int_t kFitSadj = 0;
+
+const Int_t kRefCh   = 47; //T1 ASIC_D, T1 ASIC_C
+//Int_t kRefCh   = 32; //(T1 ASIC_C), T2 ASIC_D
+//Int_t kRefCh   = 37; //T2 ASIC_C
+
+
+/***************** Basic parameters **************/
+  const Int_t    kNasic       = 6;
+  const Int_t    kNch         = 64;
+  //Int_t          kHalfMax    = 11000;  //50% efficiency on scurve
+  //Int_t          kHalfMax    = 650;  //for run50
+  //Int_t          kHalfMax     = 7000;  //for run66
+  const Int_t          kHalfMax     = 6000;  //for run78
+// Int_t          kXmin       = 110; SDC : Cannot put it here because it is a variable, not a real constant
+
+
+
+
+/**************** Graphics parameters ***************/
+  const Int_t          kDrawDacMin  = 50;     //FSU Scurve
+//Int_t          kDrawDacMin  = 100;     //FSU Scurve
+  const Int_t          kDrawDacMax  = 550;   //FSU Scurve
+  const Int_t          kDrawMin     = 50;
+  const Int_t          kDrawMaxPed  = 40000; //for ped
+  const Int_t          kDrawMax     = 20000;
+  const Int_t          kDrawMaxDiff = 500;
+//Int_t          kDrawMaxFit = 200;
+  const Int_t          kDrawMaxFit = 140;
+
+
+
+const TString kCanvasName1="SCurvesFit";
+const TString kCanvasName2="DiffSCurvesFit";
+const TString kCanvasName3="SCurvFitOneChan";
+const TString kCanvasName4="SCurvesFitped";
+const TString kCanvasName5="SCurvesFitDiffFit";
+
+const TString kCanvasTitle1="S-Curves and Fit";
+const TString kCanvasTitle2="Differientiated S-Curves and Fit";
+const TString kCanvasTitle3="S-Curves and Fit and Differientiated S-Curves and Fit for one channel";
+const TString kCanvasTitle4="S-Curves and Fit for pedestal";
+const TString kCanvasTitle5="Derivative of fitted S-Curve";
+
+#endif
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.cc
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.cc	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.cc	(revision 191)
@@ -0,0 +1,30 @@
+#include <TRint.h>
+
+#include "TSystem.h"
+#include "TROOT.h"
+#include <TRint.h>
+#include <TString.h>
+
+
+
+#include "PlotScurvesAllMain.h"
+#include "PlotScurvesAll-diffFit.h"
+
+
+  
+extern void InitGui();//initializer for GUI needed for interactive interface
+
+int main(int argc,char** argv)
+{
+    
+   TRint *theApp=new TRint("ROOT-PlotScurvesAll",&argc,argv);
+    
+   Help();
+   
+   PlotScurve();
+
+   //Analysis* pa = new Analysis;
+   //pa->Print();
+
+    theApp->Run();
+}
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.d
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.d	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.d	(revision 191)
@@ -0,0 +1,54 @@
+PlotScurvesAllMain.o PlotScurvesAllMain.d : PlotScurvesAllMain.cc \
+  /Applications/root/include/TRint.h \
+  /Applications/root/include/TApplication.h \
+  /Applications/root/include/TObject.h \
+  /Applications/root/include/Rtypes.h \
+  /Applications/root/include/RConfig.h \
+  /Applications/root/include/RVersion.h \
+  /Applications/root/include/DllImport.h \
+  /Applications/root/include/Rtypeinfo.h \
+  /Applications/root/include/snprintf.h \
+  /Applications/root/include/strlcpy.h \
+  /Applications/root/include/TGenericClassInfo.h \
+  /Applications/root/include/TSchemaHelper.h \
+  /Applications/root/include/TStorage.h \
+  /Applications/root/include/TVersionCheck.h \
+  /Applications/root/include/Riosfwd.h \
+  /Applications/root/include/TBuffer.h \
+  /Applications/root/include/TQObject.h \
+  /Applications/root/include/TString.h \
+  /Applications/root/include/TMathBase.h \
+  /Applications/root/include/TApplicationImp.h \
+  /Applications/root/include/TSystem.h \
+  /Applications/root/include/TNamed.h \
+  /Applications/root/include/TInetAddress.h \
+  /Applications/root/include/TTimer.h \
+  /Applications/root/include/TSysEvtHandler.h \
+  /Applications/root/include/TTime.h /Applications/root/include/TROOT.h \
+  /Applications/root/include/TDirectory.h \
+  /Applications/root/include/TList.h \
+  /Applications/root/include/TSeqCollection.h \
+  /Applications/root/include/TCollection.h \
+  /Applications/root/include/TIterator.h \
+  /Applications/root/include/TDatime.h \
+  /Applications/root/include/TUUID.h PlotScurvesAllMain.h \
+  /Applications/root/include/TFile.h \
+  /Applications/root/include/TDirectoryFile.h \
+  /Applications/root/include/TMap.h \
+  /Applications/root/include/THashTable.h \
+  /Applications/root/include/TUrl.h /Applications/root/include/TTree.h \
+  /Applications/root/include/TBranch.h \
+  /Applications/root/include/TObjArray.h \
+  /Applications/root/include/TAttFill.h \
+  /Applications/root/include/TDataType.h \
+  /Applications/root/include/TDictionary.h \
+  /Applications/root/include/Property.h \
+  /Applications/root/include/TAttLine.h \
+  /Applications/root/include/TAttMarker.h \
+  /Applications/root/include/TArrayD.h \
+  /Applications/root/include/TArray.h \
+  /Applications/root/include/TArrayI.h \
+  /Applications/root/include/TClass.h \
+  /Applications/root/include/TObjString.h \
+  /Applications/root/include/TVirtualTreePlayer.h \
+  PlotScurvesAll-diffFit.h PlotScurvesAll-diffFitConst.h
Index: equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.h
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.h	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/PlotScurvesAllMain.h	(revision 191)
@@ -0,0 +1,29 @@
+#include "TFile.h"
+#include <TRint.h>
+#include "TTree.h"
+#include "TROOT.h"
+#include <TString.h>
+
+
+// declaration of function and classes to be used in the main
+
+void PlotScurve(
+		Int_t    kDrawCh,
+		TString  fname,
+		TString  fname_ped,
+		Double_t dac_half_spe_fix,
+		TString  fname_gain,
+		Int_t    fit_min,
+		Int_t    fit_max,
+		Int_t    fit_min_scurve,
+		Int_t    fit_max_scurve,
+		Bool_t   kBoard, //0:ASIC_C, 1:ASIC_D
+		Int_t    kChRef,//ASIC_C
+		Bool_t   checkAve//0:use ref pix, 1:check average
+		);
+
+ 
+void Help(); 
+void Menu();
+class Analysis;
+
Index: equalization_gain/trunk/src/makeDataFile.sh
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/makeDataFile.sh	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/makeDataFile.sh	(revision 191)
@@ -0,0 +1,32 @@
+#!/bin/sh 
+#export fname=data_s_curves_run100
+export fname=$@
+mkdir ${fname}_C
+mkdir ${fname}_D
+
+for j in `seq 0 63`
+do
+#cat ${fname}.lvm |awk -v arg=${j} '{print($1,$(2*64+arg+1+1))}' > ${fname}_C/${fname}-ch$j.dat
+cat ${fname}.data |awk -v arg=${j} '{print($1,$(arg+1+1))}' > ${fname}_C/${fname}-ch$j.dat
+done
+
+for j in `seq 0 63`
+do
+#cat ${fname}.lvm |awk -v arg=${j} '{print($1,$(3*64+arg+1+1))}' > ${fname}_D/${fname}-ch$j.dat
+cat ${fname}.data |awk -v arg=${j} '{print($1,$(64+arg+1+1))}' > ${fname}_D/${fname}-ch$j.dat
+done
+
+cd ${fname}_C
+#ln -s ../../../../src/PlotScurvesAll.C .
+#ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll.C .
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFit.cc PlotScurvesAll-diffFit.C
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFit.h .
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFitConst.h .
+ln -s $dataDIR/gain-default-ASIC_C.txt gain-org.txt
+cd ../${fname}_D
+#ln -s ../../../../src/PlotScurvesAll.C .
+#ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll.C .
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFit.cc PlotScurvesAll-diffFit.C
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFit.h .
+ln -s $srcDIR/PlotScurvesAll-diffFitConst.h .
+ln -s $dataDIR/gain-default-ASIC_D.txt gain-org.txt
Index: equalization_gain/trunk/src/makeGainTable.sh
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/src/makeGainTable.sh	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/src/makeGainTable.sh	(revision 191)
@@ -0,0 +1,45 @@
+#!/bin/bash
+##export fname=scurves_PC_inj_run16
+#export fname=data_s_curves_run50
+#export fname=data_s_curves_run75
+#export fname=data_s_curves_run78
+#export fname=data_s_curves_run79
+#export fname=data_s_curves_run81
+#export fname=data_s_curves_run82
+#export fname=data_s_curves_run83
+#export fname=data_s_curves_run90
+export fname=data_s_curves_run91
+#export fname=$@ #standard input
+#export fname_o=gain-900V_$fname.txt
+#export fname_o=gain-1000V-diffFit_$fname-ASIC_C-th150.txt
+#export fname_o=gain-1000V-halfMax11000_$fname.txt
+#export fname_o=gain-1000V-mean_$fname.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-ASIC_D-th170-it0.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-ASIC_C-th120_th180-it0.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T2_ASIC_C-th220-it0.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T2_ASIC_D-th130-it0.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T2_ASIC_C-th240-it1.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T2_ASIC_D-th200-it1.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T1_ASIC_C-th170-it1.txt
+#export fname_o=gain-1000V-sfit-T1_ASIC_C-th180_th150-ch17-it3.txt
+export fname_o=gain-1000V-sfit-T1_ASIC_C-th200-it3.txt
+
+
+for j in `seq 0 127`; do echo "0"; done > ${fname_o} #ASIC_C only/and ASIC_D
+#for j in `seq 0 191`; do echo "0"; done > ${fname_o} #only ASIC_D
+
+cd ${fname}_C
+grep OUT_TABLE tmp-v6-th200-it3.data > tmp-v6-th200-it3.dat
+#cat tmp2.dat |awk '{print($3)}' >> ../${fname_o} #dacHalf
+#cat tmp2.dat |awk '{print($4)}' >> ../${fname_o} #differential
+cat tmp-v6-th200-it3.dat |awk '{print($6)}' >> ../${fname_o} #scurve_fit
+cd ../
+#cd ${fname}_D
+#grep OUT_TABLE tmp-v6-th200-it1.data > tmp-v6-th200-it1.dat
+#cat tmp2.dat |awk '{print($3)}' >> ../${fname_o} #dacHalf
+#cat tmp2.dat |awk '{print($5)}' >> ../${fname_o} #differential
+#cat tmp-v6-th200-it1.dat |awk '{print($6)}' >> ../${fname_o} #scurve_fit
+#cd ../
+
+#for j in `seq 0 127`; do echo "0"; done >> ./${fname_o} #ASIC_D only/and ASIC_C
+for j in `seq 0 191`; do echo "0"; done >> ./${fname_o} #only ASIC_C
Index: equalization_gain/trunk/work/data_s_curves_run104.data
===================================================================
--- equalization_gain/trunk/work/data_s_curves_run104.data	(revision 191)
+++ equalization_gain/trunk/work/data_s_curves_run104.data	(revision 191)
@@ -0,0 +1,91 @@
+50.000	16404.000	28871.000	19210.000	33449.000	14495.000	30826.000	14683.000	28418.000	22041.000	27720.000	22255.000	27595.000	26912.000	25014.000	35053.000	28874.000	20983.000	28685.000	19633.000	28863.000	20486.000	23773.000	21436.000	26827.000	20600.000	23327.000	18323.000	26383.000	22009.000	22890.000	31121.000	33313.000	35533.000	42989.000	56086.000	38879.000	29192.000	32071.000	22454.000	29255.000	21651.000	32085.000	22244.000	32724.000	27882.000	45866.000	18622.000	33679.000	46761.000	30031.000	21174.000	20217.000	18154.000	30505.000	19991.000	22474.000	23423.000	27846.000	16394.000	26891.000	24698.000	25638.000	13678.000	20064.000	25772.000	16421.000	37687.000	20584.000	25236.000	23264.000	28456.000	30074.000	16535.000	22714.000	23969.000	22042.000	18081.000	25324.000	21749.000	24591.000	31940.000	65430.000	26785.000	52557.000	26629.000	37576.000	28067.000	35367.000	24373.000	29915.000	30807.000	31679.000	28332.000	39334.000	31347.000	28495.000	31716.000	38501.000	27568.000	26527.000	28172.000	35244.000	51907.000	31298.000	35452.000	40999.000	25683.000	26362.000	22696.000	36179.000	23515.000	42589.000	28491.000	22126.000	29258.000	25178.000	18696.000	24516.000	24996.000	34586.000	59110.000	26553.000	42099.000	34872.000	65981.000	30435.000	65142.000	17436.000
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