Index: /MEMPHYS/HEAD/doc/MEMPHYS.html
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--- /MEMPHYS/HEAD/doc/MEMPHYS.html	(revision 275)
+++ /MEMPHYS/HEAD/doc/MEMPHYS.html	(revision 276)
@@ -1,8 +1,11 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
-<html lang="fr-fr"><head>
-
-
-
-
+<html lang="fr-fr">
+<head>
+
+
+
+
+
+  
   
   
@@ -14,14 +17,19 @@
 
 
-  
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-  
-  <title>MEMPHYS Software</title><meta content="J-E Campagne " name="author"></head>
+
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+  
+  
+  
+  <title>MEMPHYS Software</title>
+  <meta content="J-E Campagne " name="author">
+</head>
+
 <body>
 
@@ -29,4 +37,5 @@
 
 
+
 <h1 style="text-align: center; color: rgb(0, 0, 153);"><a class="mozTocH1" name="mozTocId909942"></a>Install and run MEMPHYS software&nbsp;</h1>
 
@@ -34,5 +43,7 @@
 
 
+
 <h1 style="text-align: center; color: rgb(0, 0, 153);">and the associate toolkits</h1>
+
 
 
@@ -45,17 +56,22 @@
 
 
+
 <ul id="mozToc">
 
 
 
+
 <!--mozToc h2 2 h3 3 h4 4 h5 5 h6 6--><li><a href="#mozTocId102030">Table of Contents</a>
     
     
     
+    
     <ul>
 
 
 
+
       <li><a href="#mozTocId791206">What the user have to know?</a></li>
+
 
 
@@ -65,16 +81,21 @@
         
         
+        
         <ul>
 
 
 
+
           <li><a href="#mozTocId129835">The OpenScientist toolkit</a></li>
 
 
 
+
           <li><a href="#mozTocId109209">The MEMPHYS package</a></li>
 
 
 
+
+        
         
         
@@ -84,5 +105,7 @@
 
 
+
       </li>
+
 
 
@@ -92,16 +115,21 @@
         
         
+        
         <ul>
 
 
 
+
           <li><a href="#mozTocId327975">Interactive session</a></li>
 
 
 
+
           <li><a href="#mozTocId967005">Batch mode</a></li>
 
 
 
+
+        
         
         
@@ -111,8 +139,11 @@
 
 
+
       </li>
 
 
 
+
+    
     
     
@@ -122,8 +153,10 @@
 
 
+
   </li>
 
 
 
+
 </ul>
 
@@ -131,4 +164,5 @@
 
 
+
 <h2 style="color: rgb(51, 51, 255);"><a class="mozTocH2" name="mozTocId791206"></a>What the user have to know?</h2>
 
@@ -136,4 +170,5 @@
 
 
+
 The user is supposed to know how to practice more or less: <br>
 
@@ -141,4 +176,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -146,5 +182,7 @@
 
 
-  <li>the Linux OS or the MacOSX <span style="color: rgb(255, 0, 0);">(Ceci est un changement de JEC)</span>, <span style="color: rgb(51, 204, 0);">(Nouveau changement</span></li>
+
+  <li>the Linux OS or the MacOSX <span style="color: rgb(255, 0, 0);">(Ceci est un changement de JEC et de GB)</span>, <span style="color: rgb(51, 204, 0);">(Nouveau changement</span></li>
+
 
 
@@ -156,4 +194,5 @@
 
 
+
   <li>the <a href="http://svnbook.red-bean.com/en/1.0/index.html">SVN</a> the code version repository management tool (this is an alternative to the more usual CVS tool),</li>
 
@@ -161,4 +200,5 @@
 
 
+
   <li>the <a href="http://www.cs.uregina.ca/Dept/manuals/Manuals/7Language/7_18C++/c++.htm">C++</a> language,</li>
 
@@ -166,5 +206,7 @@
 
 
+
   <li>the <a href="http://geant4.web.cern.ch/geant4/">Geant 4</a> simulation tool,&nbsp;</li>
+
 
 
@@ -178,4 +220,5 @@
 
 
+
   <li>the <a href="http://root.cern.ch/">ROOT</a> toolkit if one wants to make analysis/ploting using this package.</li>
 
@@ -183,4 +226,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -188,5 +232,7 @@
 
 
+
 <h2 style="color: rgb(51, 51, 255);"><a class="mozTocH2" name="mozTocId474404"></a>Installation of the Plug-ins and the MEMPHYS package&nbsp;</h2>
+
 
 
@@ -203,5 +249,7 @@
 
 
+
 <h3><a class="mozTocH3" name="mozTocId129835"></a>The OpenScientist toolkit</h3>
+
 
 
@@ -216,4 +264,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -221,4 +270,5 @@
 
 
+
 <a name="OpenScientistInstall"></a>So, the user proceeds as followed (UNIX):<br>
 
@@ -226,4 +276,5 @@
 
 
+
 <ol>
 
@@ -231,4 +282,5 @@
 
 
+
   <li>download the zip file</li>
 
@@ -236,4 +288,5 @@
 
 
+
   <li>unzip on a <span style="font-style: italic;">kits</span> area (see the <a href="#CMTIandKits">Kits &amp; CMT hierarchy</a>) that may be different of his/her <span style="font-style: italic;">work</span> area</li>
 
@@ -241,4 +294,5 @@
 
 
+
   <li>cd OpenScientist/v16r0</li>
 
@@ -246,4 +300,5 @@
 
 
+
   <li>chmod &nbsp;a+x install</li>
 
@@ -251,4 +306,5 @@
 
 
+
   <li>./install</li>
 
@@ -256,5 +312,7 @@
 
 
+
 </ol>
+
 
 
@@ -268,4 +326,5 @@
 
 
+
 &nbsp;csh&gt; source &lt;path&gt;/OpenScientist/v16r0/aida-setup.csh<br>
 
@@ -273,5 +332,7 @@
 
 
+
 (&nbsp; sh&gt; . &lt;path&gt;/OpenScientist/v16r0/aida-setup.sh )<br>
+
 
 
@@ -284,4 +345,5 @@
 
 
+
   <li>UNIX&gt;&nbsp; aida-config</li>
 
@@ -289,4 +351,5 @@
 
 
+
   <li>UNIX&gt; onxlab</li>
 
@@ -294,4 +357,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -299,4 +363,5 @@
 
 
+
 The user may see the famous gaussian distribution and the associate fit....<br>
 
@@ -304,4 +369,5 @@
 
 
+
 <div style="text-align: center;"><img style="width: 858px; height: 734px;" alt="Image" src="Images/onxlab.jpg">
 
@@ -314,5 +380,7 @@
 
 
+
 <br>
+
 
 
@@ -326,4 +394,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -331,4 +400,5 @@
 
 
+
   <li>&nbsp;UNIX&gt; G4Simple_session</li>
 
@@ -336,5 +406,7 @@
 
 
+
   <li>In the Geant 4 menu, starts with "Init" and then "Run", some tracks will appear when the number of events are validated</li>
+
 
 
@@ -348,4 +420,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -353,4 +426,5 @@
 
 
+
 <div style="text-align: center;"><img style="width: 858px; height: 734px;" alt="Image" src="Images/G4Simple.jpg">
 
@@ -363,4 +437,5 @@
 
 
+
 <h3><a class="mozTocH3" name="mozTocId109209"></a>The MEMPHYS package</h3>
 
@@ -368,4 +443,5 @@
 
 
+
 To install the MEMPHYS package, one may adopt a directory hierarchy as followed (UNIX):<br>
 
@@ -373,4 +449,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -378,4 +455,5 @@
 
 
+
   <li>define at the&nbsp;login phase the <a name="CMTPROJECTPATH"></a>CMTPROJECTPATH environment variable:&nbsp;</li>
 
@@ -383,4 +461,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -388,4 +467,5 @@
 
 
+
 <table style="width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -394,4 +474,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -399,4 +480,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -404,4 +486,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">setenv CMTPROJECTPATH "&lt;common-area-path&gt;/kits:&lt;personal-area&gt;"</td>
 
@@ -409,4 +492,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -415,4 +499,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -425,4 +511,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -430,4 +517,5 @@
 
 
+
   <li><a name="CMTIandKits"></a>create if not already done the <span style="color: rgb(255, 0, 0);">&lt;common-area-path&gt;/kits</span> area for the OpenScientist toolkit as described <a href="#OpenScientistInstall">above</a>, but also the ROOT toolkit, CMT tool ...</li>
 
@@ -435,5 +523,8 @@
 
 
-  <li>create the <span style="color: rgb(255, 0, 0);">&lt;common-area-path&gt;/CMTI/ <span style="color: rgb(0, 0, 0);">area</span></span>:&nbsp;<ul>
+
+  <li>create the <span style="color: rgb(255, 0, 0);">&lt;common-area-path&gt;/CMTI/ <span style="color: rgb(0, 0, 0);">area</span></span>:&nbsp;
+    <ul>
+
 
 
@@ -445,9 +536,13 @@
 
 
-  
-  
-  
-  
-  </ul></li>
+
+  
+  
+  
+  
+  
+    </ul>
+  </li>
+
 
 
@@ -468,4 +563,5 @@
 
 
+
 <table style="background-color: rgb(192, 192, 192); width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -474,4 +570,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -479,4 +576,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -484,4 +582,5 @@
 
 
+
       <td>project CMTI</td>
 
@@ -489,4 +588,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -495,4 +595,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -505,4 +607,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -510,4 +613,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -519,4 +624,5 @@
 
 
+
     <li><a name="to_install_the_OpenScientist-CMT_"></a>to install the OpenScientist-CMT&nbsp; Interfaces for OpenScientist toolkit and the ROOT toolkit</li>
 
@@ -524,4 +630,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -533,4 +641,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -542,4 +652,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -551,4 +663,5 @@
 
 
+
       <li>download the Interfaces here (<span style="color: rgb(255, 0, 0); font-weight: bold;">TBD</span>)&nbsp;</li>
 
@@ -556,4 +669,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -565,4 +680,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -574,4 +691,5 @@
 
 
+
       <li>edit the <span style="color: rgb(255, 0, 0);">OpenScientist/v16r0/cmt/requirement</span> file and change the OSC_home macro according to the local implementation as example</li>
 
@@ -579,4 +697,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -588,4 +708,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -597,4 +719,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -602,4 +725,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -607,4 +731,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -612,4 +737,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -617,4 +743,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(192, 192, 192);">#macro OSC_home "/usr/local/OpenScientist/v16r0"<br>
 
@@ -622,4 +749,5 @@
 
 
+
 macro OSC_home "/home/campagne/kits/OpenScientist/v16r0/"</td>
 
@@ -627,4 +755,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -632,4 +761,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -642,4 +773,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -647,4 +779,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -656,4 +790,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -665,4 +801,5 @@
 
 
+
       <li>edit in the same spirit, edit the <span style="color: rgb(255, 0, 0);">ROOT/&lt;version&gt;/cmt/requiement</span> file to change the ROOT_native_version and the ROOT_home macros, as for instance</li>
 
@@ -670,4 +807,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -679,4 +818,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -688,4 +829,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -693,4 +835,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -698,4 +841,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -703,4 +847,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -708,4 +853,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(192, 192, 192);">#macro ROOT_native_version "v5-13-04b"<br>
 
@@ -713,4 +859,5 @@
 
 
+
 macro ROOT_native_version "4.03.02"<br>
 
@@ -718,4 +865,5 @@
 
 
+
       <br>
 
@@ -723,4 +871,5 @@
 
 
+
 macro ROOT_home "/home/campagne/kits/root-${ROOT_native_version}" </td>
 
@@ -728,4 +877,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -733,4 +883,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -743,4 +895,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -748,5 +901,8 @@
 
 
-  <li>create a <span style="color: rgb(255, 0, 0);">&lt;personal-area&gt;/OSArea</span> area :<ul>
+
+  <li>create a <span style="color: rgb(255, 0, 0);">&lt;personal-area&gt;/OSArea</span> area :
+    <ul>
+
 
 
@@ -758,9 +914,13 @@
 
 
-  
-  
-  
-  
-  </ul></li>
+
+  
+  
+  
+  
+  
+    </ul>
+  </li>
+
 
 
@@ -781,4 +941,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -786,4 +947,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -791,4 +953,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -796,4 +959,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(192, 192, 192);">project OSArea<br>
 
@@ -801,4 +965,5 @@
 
 
+
       <br>
 
@@ -806,4 +971,5 @@
 
 
+
 use OpenScientist v16r0<br>
 
@@ -811,4 +977,5 @@
 
 
+
 use CMTI</td>
 
@@ -816,4 +983,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -821,4 +989,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -831,4 +1001,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -836,4 +1007,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -845,5 +1018,8 @@
 
 
-    <li>download the MEMPHYS package using&nbsp;<ul>
+
+    <li>download the MEMPHYS package using&nbsp;
+      <ul>
+
 
 
@@ -855,5 +1031,8 @@
 
 
-      <li>either the SVN software:<ul>
+
+      <li>either the SVN software:
+          <ul>
+
 
 
@@ -865,40 +1044,48 @@
 
 
-      
-      
-      
-      
-      </ul></li>
-
-
-
-
-      
-      
-      
-      
-      
-
-
-
-
-    
-    
-    
-    
-    </ul></li>
-
-
-
-
-    
-    
-    
-    
-    
-
-
-
-
+
+      
+      
+      
+      
+      
+          </ul>
+        </li>
+
+
+
+
+
+      
+      
+      
+      
+      
+
+
+
+
+    
+    
+    
+    
+    
+      </ul>
+    </li>
+
+
+
+
+
+    
+    
+    
+    
+    
+
+
+
+
+  
   
   
@@ -910,4 +1097,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -915,4 +1103,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -920,4 +1109,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -925,4 +1115,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -930,4 +1121,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(192, 192, 192);">setenv SVNURL "https://svn.lal.in2p3.fr/Opera/Glob"</td>
 
@@ -935,4 +1127,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -940,4 +1133,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -950,4 +1145,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -955,4 +1151,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -964,4 +1162,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -973,4 +1173,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -978,4 +1180,5 @@
       
       <ul>
+
 
 
@@ -989,4 +1192,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -998,4 +1203,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1007,4 +1214,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1016,4 +1225,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -1021,4 +1231,5 @@
 
 
+
 <table style="width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1027,4 +1238,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1032,4 +1244,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1037,4 +1250,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">svn co ${SVNURL}/MEMPHYS/HEAD MEMPHYS/&lt;new-version&gt;</td>
 
@@ -1042,4 +1256,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1048,4 +1263,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1058,5 +1275,7 @@
 
 
+
 <br>
+
 
 
@@ -1079,4 +1298,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -1084,4 +1304,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1093,4 +1315,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1102,4 +1326,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1111,4 +1337,5 @@
 
 
+
         <li>execute the CMT setup:</li>
 
@@ -1116,4 +1343,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1125,4 +1354,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1134,4 +1365,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1143,4 +1376,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -1148,4 +1382,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1153,4 +1388,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1158,4 +1394,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1163,4 +1400,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">source &lt;common-area-path&gt;/kits/CMT/&lt;version&gt;/mgr/setup.csh</td>
 
@@ -1168,4 +1406,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1173,4 +1412,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1183,4 +1424,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -1188,4 +1430,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1197,4 +1441,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1206,4 +1452,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1215,4 +1463,5 @@
 
 
+
         <li>&nbsp;Then, one needs to reconfigure the MEMPHYS environment using the CMT ad hoc command</li>
 
@@ -1220,4 +1469,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1229,4 +1480,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1238,4 +1491,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1247,4 +1502,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -1252,4 +1508,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1257,4 +1514,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1262,4 +1520,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1267,4 +1526,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">UNIX&gt; cd MEMPHYS/&lt;version&gt;/cmt<br>
 
@@ -1272,4 +1532,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; cmt config<br>
 
@@ -1277,4 +1538,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; source setup.csh</td>
 
@@ -1282,4 +1544,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1287,4 +1550,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1297,5 +1562,7 @@
 
 
+
 <br>
+
 
 
@@ -1309,4 +1576,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1314,4 +1582,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1319,4 +1588,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1324,4 +1594,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">UNIX&gt; cd MEMPHYS/&lt;version&gt;/cmt&gt;<br>
 
@@ -1329,4 +1600,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; cmt show path<br>
 
@@ -1334,4 +1606,5 @@
 
 
+
 # Add path /home/campagne/projets/OSArea from initialization<br>
 
@@ -1339,4 +1612,5 @@
 
 
+
 # Add path /home/campagne/kits/OpenScientist/v16r0 from ProjectPath<br>
 
@@ -1344,4 +1618,5 @@
 
 
+
 # Add path /home/campagne/CMTI from ProjectPath<br>
 
@@ -1349,4 +1624,5 @@
 
 
+
 # Add path /home/campagne/CMTI from ProjectPath</td>
 
@@ -1354,4 +1630,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1359,4 +1636,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1369,4 +1648,5 @@
 
 
+
 Here it is shown that the <a href="#CMTPROJECTPATH">CMTPROJECTPATH</a> is well defined and that the different <a href="#cmtproject.cmt-1">project.cmt files</a> are correctly configurated. Then uses,<br>
 
@@ -1374,4 +1654,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1379,4 +1660,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1384,4 +1666,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1389,4 +1672,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">UNIX&gt; cmt show uses<br>
 
@@ -1394,4 +1678,5 @@
 
 
+
 # use OpenScientist v16r0 Interfaces<br>
 
@@ -1399,4 +1684,5 @@
 
 
+
 # use ROOT v1r* Interfaces (native_version=4.03.02)<br>
 
@@ -1404,4 +1690,5 @@
 
 
+
 #<br>
 
@@ -1409,4 +1696,5 @@
 
 
+
 # Selection :<br>
 
@@ -1414,4 +1702,5 @@
 
 
+
 use CMT v1r18p20051108 (/home/campagne/kits)<br>
 
@@ -1419,4 +1708,5 @@
 
 
+
 use ROOT v1r51000p0 Interfaces (/home/campagne/CMTI/)<br>
 
@@ -1424,4 +1714,5 @@
 
 
+
 use OpenScientist v16r0 Interfaces (/home/campagne/CMTI/)</td>
 
@@ -1429,4 +1720,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1434,4 +1726,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1444,4 +1738,5 @@
 
 
+
 to see if the<a href="#to_install_the_OpenScientist-CMT_"> OpenScientist and ROOT Interface packages</a> are found (this does not mean yet that the Interfaces are correctly tuned...)<br>
 
@@ -1449,4 +1744,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -1454,4 +1750,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1463,4 +1761,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1472,4 +1772,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1481,4 +1783,5 @@
 
 
+
         <li>If the above cross-checks are successfuly passed, then one can proceed to the compilation and the link: &nbsp;</li>
 
@@ -1486,4 +1789,6 @@
 
 
+
+      
       
       
@@ -1495,4 +1800,6 @@
 
 
+
+    
     
     
@@ -1504,4 +1811,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1513,4 +1822,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -1518,4 +1828,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1523,4 +1834,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1528,4 +1840,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1533,4 +1846,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">UNIX&gt; cd MEMPHYS/&lt;verson&gt;/cmt<br>
 
@@ -1538,4 +1852,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; gmake</td>
 
@@ -1543,4 +1858,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1548,4 +1864,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1558,4 +1876,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1563,4 +1882,5 @@
 
 
+
 If the all the process of compilationand link is ok, then one should see the following lines:<br>
 
@@ -1568,4 +1888,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1573,4 +1894,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1578,4 +1900,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1583,4 +1906,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1588,4 +1912,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">[...]<br>
 
@@ -1593,4 +1918,5 @@
 
 
+
 ------&gt; MEMPHYS_session ok<br>
 
@@ -1598,4 +1924,5 @@
 
 
+
 ------&gt; (constituents.make) MEMPHYS_session done<br>
 
@@ -1603,4 +1930,5 @@
 
 
+
 &nbsp;all ok.</td>
 
@@ -1608,4 +1936,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1613,4 +1942,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1623,5 +1954,7 @@
 
 
+
 <br>
+
 
 
@@ -1635,4 +1968,5 @@
 
 
+
 <h2 style="color: rgb(51, 51, 255);"><a class="mozTocH2" name="mozTocId3450"></a>Simple runs</h2>
 
@@ -1640,4 +1974,5 @@
 
 
+
 Usually the user starts an UNIX session and want to run MEMPHYS. The two things to do are:<br>
 
@@ -1645,4 +1980,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1650,4 +1986,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1655,4 +1992,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1660,4 +1998,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1665,4 +2004,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">1) be sure to define the <a href="#CMTPROJECTPATH">CMTPROJECTPATH</a> variable (at login or by sourcing a meta-setup)<br>
 
@@ -1670,4 +2010,5 @@
 
 
+
 2) execute the MEMPHYS setup (no more necessary to run "cmt config"):<br>
 
@@ -1675,4 +2016,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; cd &lt;personal-area&gt;/OSArea/MEMPHYS/&lt;versioin&gt;/cmt<br>
 
@@ -1680,4 +2022,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; source setup.csh</td>
 
@@ -1685,4 +2028,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1690,4 +2034,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1700,4 +2046,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1705,4 +2052,5 @@
 
 
+
 The directory hierarchy of the MEMPHYS package is the following:<br>
 
@@ -1710,4 +2058,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1715,4 +2064,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; background-color: rgb(255, 255, 102); width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1720,4 +2070,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1725,4 +2076,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1730,4 +2082,5 @@
 
 
+
       <td>source</td>
 
@@ -1735,4 +2088,5 @@
 
 
+
       <td>source Core directory</td>
 
@@ -1740,4 +2094,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1745,4 +2100,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1750,4 +2106,5 @@
 
 
+
       <td>application</td>
 
@@ -1755,4 +2112,5 @@
 
 
+
       <td>source files where the <span style="font-style: italic;">main</span> steering routine is defined</td>
 
@@ -1760,4 +2118,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1765,4 +2124,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1770,4 +2130,5 @@
 
 
+
       <td>MEMPHYS</td>
 
@@ -1775,4 +2136,5 @@
 
 
+
       <td>include files of the Core</td>
 
@@ -1780,4 +2142,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1785,4 +2148,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1790,4 +2154,5 @@
 
 
+
       <td>cmt</td>
 
@@ -1795,4 +2160,5 @@
 
 
+
       <td>directory where the CMT management files are located (requirements, setup/cleanup)</td>
 
@@ -1800,4 +2166,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1805,4 +2172,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1810,4 +2178,5 @@
 
 
+
       <td>data</td>
 
@@ -1815,4 +2184,5 @@
 
 
+
       <td>event file directory. NUANCE style is used to code the primary vertex particles</td>
 
@@ -1820,4 +2190,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1825,4 +2196,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1830,5 +2202,7 @@
 
 
+
       <td>run</td>
+
 
 
@@ -1843,4 +2217,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1848,4 +2223,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1853,4 +2229,5 @@
 
 
+
       <td>scripts</td>
 
@@ -1858,4 +2235,5 @@
 
 
+
       <td>Geant4 and OpenScientist scripts</td>
 
@@ -1863,4 +2241,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1868,4 +2247,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1878,4 +2259,5 @@
 
 
+
 <br>
 
@@ -1883,4 +2265,5 @@
 
 
+
 <h3><a class="mozTocH3" name="mozTocId327975"></a>Interactive session</h3>
 
@@ -1888,4 +2271,5 @@
 
 
+
 In an interactive session the tuple generation is desable and one starts as followed:<br>
 
@@ -1893,4 +2277,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -1898,4 +2283,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -1903,4 +2289,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -1908,4 +2295,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(192, 192, 192);">UNIX&gt; cd $MEMPHYSROOT/run<br>
 
@@ -1913,4 +2301,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; ../$CMTCONFIG/MEMPHYS_session.exe</td>
 
@@ -1918,4 +2307,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -1923,4 +2313,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -1933,5 +2325,7 @@
 
 
+
 &nbsp;<br>
+
 
 
@@ -1946,7 +2340,10 @@
 
 
+
 <img style="width: 858px; height: 734px;" alt="image" src="Images/numuEvent.jpg"> <br>
 
+
 <br>
+
 
 One can visualize the "Hits" using the MEMPHYS menu, although it is
@@ -1954,6 +2351,8 @@
 ("Hand mode" see right icons).<br>
 
+
 <br>
 
+
 <img style="width: 858px; height: 734px;" alt="Image" src="Images/numuEventHit.jpg"><br>
 
@@ -1961,5 +2360,7 @@
 
 
+
 <br>
+
 
 
@@ -1973,5 +2374,7 @@
 
 
+
 <h3><a class="mozTocH3" name="mozTocId967005"></a>Batch mode</h3>
+
 
 
@@ -1986,4 +2389,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -1991,4 +2395,5 @@
 
 
+
   <li>&nbsp;either using &nbsp;compilated AIDA code (<span style="font-style: italic; color: rgb(255, 0, 0);">MEMPHYS_analysis_aida_ROOT.exe</span>, <span style="font-style: italic; color: rgb(255, 0, 0);">MEMPHYS_analysis_ROOT.exe</span>) generated by compiling as:&nbsp;</li>
 
@@ -1996,4 +2401,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -2001,4 +2407,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -2006,4 +2413,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -2011,4 +2419,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -2016,4 +2425,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(204, 204, 204);">UNIX&gt; you are in the <span style="font-style: italic;">run</span> directory<br>
 
@@ -2021,4 +2431,5 @@
 
 
+
 UNIX&gt; (cd ../cmt ; gmake ROOT)</td>
 
@@ -2026,4 +2437,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -2031,4 +2443,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -2041,4 +2455,5 @@
 
 
+
 &nbsp;&nbsp; <br>
 
@@ -2046,4 +2461,5 @@
 
 
+
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; The difference between the two applications are XXX &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
 
@@ -2051,4 +2467,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -2056,4 +2473,5 @@
 
 
+
   <li>either using interactive OnX session ()</li>
 
@@ -2061,4 +2479,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -2066,4 +2485,5 @@
 
 
+
 <ul>
 
@@ -2071,4 +2491,5 @@
 
 
+
   <li>or&nbsp;using the ROOT toolkit using the <span style="font-style: italic; color: rgb(255, 0, 0);">MEMPHYS_xxx.C</span> macros</li>
 
@@ -2076,4 +2497,5 @@
 
 
+
 </ul>
 
@@ -2081,4 +2503,5 @@
 
 
+
 The structure of the tuple for the moment is the following:<br>
 
@@ -2086,4 +2509,5 @@
 
 
+
 <table style="text-align: left; width: 100%;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2">
 
@@ -2091,4 +2515,5 @@
 
 
+
   <tbody>
 
@@ -2096,4 +2521,5 @@
 
 
+
     <tr>
 
@@ -2101,4 +2527,5 @@
 
 
+
       <td style="background-color: rgb(102, 255, 153);">&nbsp; std::string column = "int eventId, inputEvtId, interMode, vtxVol, "; <br>
 
@@ -2106,4 +2533,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "ITuple vtxPos = { double x, y, z }, ";<br>
 
@@ -2111,4 +2539,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "int nPart, leptonIndex, protonIndex, ";<br>
 
@@ -2116,5 +2545,7 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "ITuple track = { int pId, parent, float timeStart, ";<br>
+
 
 
@@ -2128,4 +2559,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column
 +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
@@ -2135,4 +2567,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column
 +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
@@ -2142,4 +2575,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column
 +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
@@ -2149,4 +2583,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column
 +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
@@ -2156,4 +2591,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column
 +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
@@ -2163,4 +2599,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column +=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "}, ";<br>
 
@@ -2168,4 +2605,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "int nHits, ITuple hit = { int tubeId, int totalPE, ITuple pe = { float time} }, ";<br>
 
@@ -2173,4 +2611,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "int nDigits, double sumPE, ";<br>
 
@@ -2178,4 +2617,5 @@
 
 
+
 &nbsp; column += "ITuple digit = { int tubeId, double pe, time }";</td>
 
@@ -2183,4 +2623,5 @@
 
 
+
     </tr>
 
@@ -2188,4 +2629,6 @@
 
 
+
+  
   
   
@@ -2209,3 +2652,5 @@
 
 
-</body></html>
+
+</body>
+</html>
