| 1 | //----------------------------------------------------------------
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| 2 | // Projet BAORadio - (C) LAL/IRFU 2008-2010
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| 3 | // Classes de threads pour lecture fichiers fits BAORadio
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| 4 | //----------------------------------------------------------------
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| 5 |
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|---|
| 6 |
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|---|
| 7 | #include "brfitsrd.h"
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|---|
| 8 |
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|---|
| 9 | #include <stdlib.h>
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|---|
| 10 | #include <unistd.h>
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|---|
| 11 | #include <fstream>
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|---|
| 12 | #include <exception>
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|---|
| 13 |
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|---|
| 14 | #include "pexceptions.h"
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|---|
| 15 | #include "timestamp.h"
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|---|
| 16 | #include "ctimer.h"
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|---|
| 17 |
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|---|
| 18 | #include "brpaqu.h"
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|---|
| 19 |
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|---|
| 20 | #include "resusage.h" // Pour mesure temps elapsed/CPU ...
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|---|
| 21 | #include <sys/time.h> // pour gettimeofday
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|---|
| 22 |
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|---|
| 23 | using namespace SOPHYA;
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|---|
| 24 |
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|---|
| 25 | //---------------------------------------------------------------------
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|---|
| 26 | // Classe thread de lecture de Multi-fibres de fichiers FITS BAORadio
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|---|
| 27 | //---------------------------------------------------------------------
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|---|
| 28 |
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|---|
| 29 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 30 | BRMultiFitsReader::BRMultiFitsReader(RAcqMemZoneMgr& mem, vector<string>& dirs, bool rdsamefc,
|
|---|
| 31 | uint_4 imin, uint_4 imax, uint_4 istep)
|
|---|
| 32 | : memgr_(mem), dirs_(dirs), rdsamefc_(rdsamefc), imin_(imin), imax_(imax), istep_(istep)
|
|---|
| 33 | {
|
|---|
| 34 | SetPrintLevel();
|
|---|
| 35 | totnbytesrd_ = 0;
|
|---|
| 36 | totsamefc_ = 0;
|
|---|
| 37 | if (memgr_.NbFibres() > MAXANAFIB)
|
|---|
| 38 | throw BAORadioException("BRMultiFitsReader::BRMultiFitsReader/ NbFibres>MAXANAFIB ");
|
|---|
| 39 | if (dirs_.size() != memgr_.NbFibres())
|
|---|
| 40 | throw BAORadioException("BRMultiFitsReader::BRMultiFitsReader/ NbFibres != Nb Data Directories");
|
|---|
| 41 |
|
|---|
| 42 | packsize_=memgr_.PaqSize();
|
|---|
| 43 | mid_=-2;
|
|---|
| 44 | mmbuf_=NULL;
|
|---|
| 45 | max_targ_npaq = memgr_.NbPaquets();
|
|---|
| 46 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++) mmbufib_[fib]=NULL;
|
|---|
| 47 |
|
|---|
| 48 | char flnm[1024];
|
|---|
| 49 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 50 | sprintf(flnm,"%s/signal%d.fits",dirs_[fib].c_str(),imin_);
|
|---|
| 51 | mff_[fib].Open(flnm, MF_Read);
|
|---|
| 52 | if (mff_[fib].NAxis1() != memgr_.PaqSize()) {
|
|---|
| 53 | cout << " BRMultiFitsReader::BRMultiFitsReader/ fib=" << fib << " File=" << flnm <<
|
|---|
| 54 | " NAxis1()= " << mff_[fib].NAxis1() << " <> PaqSize()=" << memgr_.PaqSize() << endl;
|
|---|
| 55 | throw BAORadioException("BRMultiFitsReader::BRMultiFitsReader/ mff.NAxis1() != memgr_.PaqSize() ");
|
|---|
| 56 | }
|
|---|
| 57 | vfilenum_.push_back(imin_);
|
|---|
| 58 | vfpos_.push_back(0);
|
|---|
| 59 | vpaq_.push_back(BRPaquet(NULL,memgr_.PaqSize()));
|
|---|
| 60 | vpchk_.push_back(BRPaqChecker(true,0));
|
|---|
| 61 | curfc_.push_back(0);
|
|---|
| 62 | totnpqrd_.push_back(0);
|
|---|
| 63 | totnpqok_.push_back(0);
|
|---|
| 64 | }
|
|---|
| 65 | }
|
|---|
| 66 |
|
|---|
| 67 |
|
|---|
| 68 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 69 | void BRMultiFitsReader::run()
|
|---|
| 70 | {
|
|---|
| 71 | setRC(1);
|
|---|
| 72 | try {
|
|---|
| 73 | TimeStamp ts;
|
|---|
| 74 | Timer tm("BRMultiFitsReader", false);
|
|---|
| 75 | cout << " BRMultiFitsReader::run() - Starting " << ts << " NbFibres()=" << memgr_.NbFibres()
|
|---|
| 76 | << " PaqSize() = " << memgr_.PaqSize() << endl;
|
|---|
| 77 | cout << " ...ReadMode: " << ((rdsamefc_)?"Paquets With SameFrameCounter":"All OK paquets")
|
|---|
| 78 | << " signalII.fits IMin=" << imin_ << " IMax=" << imax_ << " IStep=" << istep_ << endl;
|
|---|
| 79 |
|
|---|
| 80 | Byte* nextpaq=NULL;
|
|---|
| 81 | bool fgok=true;
|
|---|
| 82 | while (fgok) {
|
|---|
| 83 | if (stop_) break;
|
|---|
| 84 | if ( MoveToNextTarget() ) {
|
|---|
| 85 | cout << "BRMultiFitsReader::run()/Error-A- MoveToNextTarget() returned true ->STOP 9" << endl;
|
|---|
| 86 | setRC(7); fgok=false; break;
|
|---|
| 87 | }
|
|---|
| 88 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 89 | nextpaq=GetPaquetTarget(fib);
|
|---|
| 90 | if (nextpaq == NULL) { // Cela ne devrait pas arriver
|
|---|
| 91 | cout << "BRMultiFitsReader::run()/Error-A2- GetPaquetTarget(fib) returned NULL ->STOP 9" << endl;
|
|---|
| 92 | setRC(9); fgok=false; break;
|
|---|
| 93 | }
|
|---|
| 94 | vpaq_[fib].Set(nextpaq);
|
|---|
| 95 | }
|
|---|
| 96 | if (ReadNextAllFibers()) { fgok=false; break; }
|
|---|
| 97 | }
|
|---|
| 98 |
|
|---|
| 99 | MoveToNextTarget(); // Pour faire traiter le dernier paquet si plein
|
|---|
| 100 | MZoneManage(true); // Nettoyage final
|
|---|
| 101 | usleep(50000); // Attente de traitement du dernier paquet
|
|---|
| 102 | memgr_.Stop(); // Arret
|
|---|
| 103 |
|
|---|
| 104 | cout << " ------------------ BRMultiFitsReader::run() END ----------------- " << endl;
|
|---|
| 105 | ts.SetNow();
|
|---|
| 106 | tm.SplitQ();
|
|---|
| 107 | cout << " END reading : " << ts ;
|
|---|
| 108 | if (rdsamefc_) cout << " NSameFC=" << totsamefc_ << endl;
|
|---|
| 109 | else cout << endl;
|
|---|
| 110 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 111 | int perc=0;
|
|---|
| 112 | if (totnpqrd_[fib]>0) perc=100*totsamefc_/totnpqrd_[fib];
|
|---|
| 113 | cout << " Fiber" << fib << " TotNPaqRd=" << totnpqrd_[fib] << " TotNPaqOK=" << totnpqok_[fib]
|
|---|
| 114 | << " FracSameFC=" << perc << " %" << endl;
|
|---|
| 115 | }
|
|---|
| 116 | cout << " TotalDiskRead= " << totnbytesrd_/(1024*1024) << " MBytes Disk-Read rate= "
|
|---|
| 117 | << (double)(totnbytesrd_)/1024./tm.PartialElapsedTimems() << " MB/s" << endl;
|
|---|
| 118 | cout << " BRMultiFitsReader::run()/Timing: \n";
|
|---|
| 119 | tm.Print();
|
|---|
| 120 | cout << " ---------------------------------------------------------- " << endl;
|
|---|
| 121 |
|
|---|
| 122 | } // Fin du bloc try
|
|---|
| 123 | catch (std::exception& exc) {
|
|---|
| 124 | cout << " BRMultiFitsReader::run()/catched execption msg= " << exc.what() << endl;
|
|---|
| 125 | setRC(3);
|
|---|
| 126 | return;
|
|---|
| 127 | }
|
|---|
| 128 | catch(...) {
|
|---|
| 129 | cout << " BRMultiFitsReader::run()/catched unknown ... exception " << endl;
|
|---|
| 130 | setRC(4);
|
|---|
| 131 | return;
|
|---|
| 132 | }
|
|---|
| 133 | setRC(0);
|
|---|
| 134 | return;
|
|---|
| 135 | }
|
|---|
| 136 |
|
|---|
| 137 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 138 | bool BRMultiFitsReader::ReadNextAllFibers()
|
|---|
| 139 | {
|
|---|
| 140 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 141 | if (ReadNext(fib)) return true; // probleme
|
|---|
| 142 | }
|
|---|
| 143 | if (!rdsamefc_ || (memgr_.NbFibres()<2)) {
|
|---|
| 144 | totsamefc_++; return false; // c'est OK
|
|---|
| 145 | }
|
|---|
| 146 | uint_8 cfc=curfc_[0];
|
|---|
| 147 | bool fgsamefc=true;
|
|---|
| 148 | for(size_t fib=1; fib<memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 149 | if (curfc_[fib]!=cfc) {
|
|---|
| 150 | fgsamefc=false;
|
|---|
| 151 | if (curfc_[fib] > cfc) cfc=curfc_[fib];
|
|---|
| 152 | }
|
|---|
| 153 | }
|
|---|
| 154 | if (fgsamefc) {
|
|---|
| 155 | totsamefc_++; return false; // c'est OK , same framecounter
|
|---|
| 156 | }
|
|---|
| 157 | else { // else !fgsame
|
|---|
| 158 | for(uint_4 fib=0; fib<memgr_.NbFibres(); fib++) {
|
|---|
| 159 | while (curfc_[fib]<cfc) {
|
|---|
| 160 | if (ReadNext(fib)) return true; // probleme
|
|---|
| 161 | }
|
|---|
| 162 | }
|
|---|
| 163 | } // fin de else !fgsame
|
|---|
| 164 | totsamefc_++;
|
|---|
| 165 | return false; // c'est OK
|
|---|
| 166 | }
|
|---|
| 167 |
|
|---|
| 168 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 169 | bool BRMultiFitsReader::ReadNext(int fib)
|
|---|
| 170 | {
|
|---|
| 171 | if (!mff_[fib].IsOpen()) return true;
|
|---|
| 172 | bool fggood=false;
|
|---|
| 173 | while(!fggood) {
|
|---|
| 174 | if (vfpos_[fib] >= mff_[fib].NAxis2()) {
|
|---|
| 175 | mff_[fib].Close();
|
|---|
| 176 | vfilenum_[fib]++;
|
|---|
| 177 | if (vfilenum_[fib]>imax_) return true;
|
|---|
| 178 | char flnm[1024];
|
|---|
| 179 | sprintf(flnm,"%s/signal%d.fits",dirs_[fib].c_str(),vfilenum_[fib]++);
|
|---|
| 180 | if (prtlev_ > 0)
|
|---|
| 181 | cout << " BRMultiFitsReader::ReadNext() opening" << flnm << endl;
|
|---|
| 182 | mff_[fib].Open(flnm, MF_Read);
|
|---|
| 183 | if (mff_[fib].NAxis1() != packsize_) {
|
|---|
| 184 | cout << " BRMultiFitsReader::ReadNext(fib=" << fib << " File=" << flnm <<
|
|---|
| 185 | " NAxis1()= " << mff_[fib].NAxis1() << " <> PaqSize()=" << packsize_ << endl;
|
|---|
| 186 | throw BAORadioException("BRMultiFitsReader::ReadNext()/ mff.NAxis1() != memgr_.PaqSize() ");
|
|---|
| 187 | }
|
|---|
| 188 | vfpos_[fib]=0;
|
|---|
| 189 | }
|
|---|
| 190 | mff_[fib].ReadB(vpaq_[fib].Begin(), packsize_, vfpos_[fib]*packsize_);
|
|---|
| 191 | vfpos_[fib]++;
|
|---|
| 192 | totnbytesrd_+=packsize_;
|
|---|
| 193 | totnpqrd_[fib]++;
|
|---|
| 194 | fggood = vpchk_[fib].Check(vpaq_[fib],curfc_[fib]);
|
|---|
| 195 | }
|
|---|
| 196 | totnpqok_[fib]++;
|
|---|
| 197 | return false;
|
|---|
| 198 | }
|
|---|
| 199 |
|
|---|
| 200 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 201 | bool BRMultiFitsReader::MZoneManage(bool fgclean) // Retourne true si probleme
|
|---|
| 202 | {
|
|---|
| 203 | /* Pour debug
|
|---|
| 204 | cout << " BRMultiFitsReader::MZoneManage() mid_=" << mid_ << " arg_npaq_= " << targ_npaq_
|
|---|
| 205 | << " max_targ_npaq=" << max_targ_npaq << endl;
|
|---|
| 206 | */
|
|---|
| 207 | if (mid_ >= 0) {
|
|---|
| 208 | if (fgclean) memgr_.FreeMemZone(mid_, MemZS_Free);
|
|---|
| 209 | memgr_.FreeMemZone(mid_, MemZS_Filled);
|
|---|
| 210 | }
|
|---|
| 211 | mmbuf_ = NULL; targ_npaq_ = 0; mid_ = -2;
|
|---|
| 212 | for (int fib=0;fib<(int)memgr_.NbFibres() ;fib++) mmbufib_[fib]=NULL;
|
|---|
| 213 | if (fgclean) return false;
|
|---|
| 214 | mid_ = memgr_.FindMemZoneId(MemZA_Fill);
|
|---|
| 215 | mmbuf_ = memgr_.GetMemZone(mid_);
|
|---|
| 216 | if (mmbuf_==NULL) return true;
|
|---|
| 217 | for(size_t fib=0; fib<(size_t)memgr_.NbFibres(); fib++)
|
|---|
| 218 | mmbufib_[fib]=memgr_.GetMemZone(mid_,fib);
|
|---|
| 219 | return false;
|
|---|
| 220 | }
|
|---|
| 221 |
|
|---|
| 222 | //-------------------------------------------------------
|
|---|
| 223 | // Classe thread de lecture de fichiers fits BAORadio
|
|---|
| 224 | //-------------------------------------------------------
|
|---|
| 225 |
|
|---|
| 226 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 227 | BRFitsReader::BRFitsReader(RAcqMemZoneMgr& mem, vector<string>& infiles, bool fgnotrl)
|
|---|
| 228 | : memgr(mem), infiles_(infiles), fgnotrl_(fgnotrl)
|
|---|
| 229 | {
|
|---|
| 230 | }
|
|---|
| 231 |
|
|---|
| 232 | /* --Methode-- */
|
|---|
| 233 | void BRFitsReader::run()
|
|---|
| 234 | {
|
|---|
| 235 | setRC(1);
|
|---|
| 236 |
|
|---|
| 237 | try {
|
|---|
| 238 | TimeStamp ts;
|
|---|
| 239 | Timer tm("BRFitsReader", false);
|
|---|
| 240 | BRPaqChecker pcheck(!fgnotrl_); // Verification/comptage des paquets
|
|---|
| 241 |
|
|---|
| 242 | size_t totnbytesrd = 0;
|
|---|
| 243 | cout << " BRFitsReader::run() - Starting " << ts << " NbFiles=" << infiles_.size()
|
|---|
| 244 | << " memgr.PaqSize() = " << memgr.PaqSize() << endl;
|
|---|
| 245 |
|
|---|
| 246 | uint_4 nfileok = 0;
|
|---|
| 247 | uint_8 nbytesrd = 0;
|
|---|
| 248 | /* Variables pour la logique des zones memoire et numeros de paquets dans la zone memoire */
|
|---|
| 249 | int mid = -2;
|
|---|
| 250 | Byte* buff = NULL;
|
|---|
| 251 | int kmp = 0;
|
|---|
| 252 | int kmpmax=memgr.NbPaquets();
|
|---|
| 253 |
|
|---|
| 254 | int paqsz = 0;
|
|---|
| 255 | for(int ifile=0; ifile<infiles_.size(); ifile++) {
|
|---|
| 256 | string ffname = infiles_[ifile];
|
|---|
| 257 | // -------------- Lecture de bytes
|
|---|
| 258 | cout << "BRFitsReader::run() [" << ifile <<"]Ouverture/lecture fichier " << ffname << endl;
|
|---|
| 259 | MiniFITSFile mff(ffname, MF_Read);
|
|---|
| 260 | cout << "... Type=" << mff.DataTypeToString() << " NAxis1=" << mff.NAxis1()
|
|---|
| 261 | << " NAxis2=" << mff.NAxis2() << endl;
|
|---|
| 262 | if (mff.DataType() != MF_Byte) {
|
|---|
| 263 | cout << "BRFitsReader::run() PB : DataType!=MF_Byte --> skipping " << endl;
|
|---|
| 264 | continue;
|
|---|
| 265 | }
|
|---|
| 266 | // Les fichier FITS contiennent l'entet (24 bytes), mais pas le trailer (16 bytes) si fgnotrl=true
|
|---|
| 267 | int incpaqsz=0;
|
|---|
| 268 | if (fgnotrl_) {
|
|---|
| 269 | incpaqsz=16;
|
|---|
| 270 | if (ifile==0) cout << " Warning : FITS files without frame trailers ..." << endl;
|
|---|
| 271 | }
|
|---|
| 272 | if (paqsz == 0) { // premier passage, on fixe la taille de paquet et on verifie compatibilite avec memgr
|
|---|
| 273 | paqsz = mff.NAxis1()+incpaqsz;
|
|---|
| 274 | if (paqsz != memgr.PaqSize()) {
|
|---|
| 275 | cout << "BRFitsReader::run() mff.NAxis1() incompatible with memgr.PaqSize() -> exception " << endl;
|
|---|
| 276 | throw SzMismatchError(" fits file size incompatible with memgr.PaqSize()");
|
|---|
| 277 | }
|
|---|
| 278 | }
|
|---|
| 279 | else {
|
|---|
| 280 | if (paqsz != mff.NAxis1()+incpaqsz) {
|
|---|
| 281 | cout << " PB : paqsz=" << paqsz << " != mff.NAxis1()+" << incpaqsz << " --> skipping " << endl;
|
|---|
| 282 | continue;
|
|---|
| 283 | }
|
|---|
| 284 | }
|
|---|
| 285 | if (mid < 0) {
|
|---|
| 286 | mid = memgr.FindMemZoneId(MemZA_Fill);
|
|---|
| 287 | buff = memgr.GetMemZone(mid);
|
|---|
| 288 | if (buff == NULL) {
|
|---|
| 289 | cout << " BRFitsReader::run()/ERROR memgr.GetMemZone(" << mid << ") -> NULL" << endl;
|
|---|
| 290 | setRC(2);
|
|---|
| 291 | return;
|
|---|
| 292 | }
|
|---|
| 293 | kmp=0;
|
|---|
| 294 | }
|
|---|
| 295 | size_t sx = mff.NAxis1();
|
|---|
| 296 | size_t sy = mff.NAxis2();
|
|---|
| 297 | int nprt=0;
|
|---|
| 298 | for(int j=0; j<sy; j++) {
|
|---|
| 299 | mff.ReadB(buff+kmp*paqsz, sx, j*sx);
|
|---|
| 300 | BRPaquet paq(NULL, buff+kmp*paqsz, paqsz);
|
|---|
| 301 | bool pqok = pcheck.Check(paq); // Verification du paquet / FrameCounter
|
|---|
| 302 | if (!pqok && (nprt < 10)) {
|
|---|
| 303 | cout << "--BUG-- i=" << ifile << " mid=" << mid << " j=" << j << " kmp=" << kmp
|
|---|
| 304 | << " paqsz=" << paqsz << endl;
|
|---|
| 305 | nprt++;
|
|---|
| 306 | paq.Print();
|
|---|
| 307 | }
|
|---|
| 308 | kmp++;
|
|---|
| 309 | if (kmp >= kmpmax) { // Zone memoire rempli !
|
|---|
| 310 | memgr.FreeMemZone(mid, MemZS_Filled);
|
|---|
| 311 | mid = -2;
|
|---|
| 312 | if (j<sy) {
|
|---|
| 313 | mid = memgr.FindMemZoneId(MemZA_Fill);
|
|---|
| 314 | buff = memgr.GetMemZone(mid);
|
|---|
| 315 | if (buff == NULL) {
|
|---|
| 316 | cout << " BRFitsReader::run()/ERROR memgr.GetMemZone(" << mid << ") -> NULL" << endl;
|
|---|
| 317 | setRC(2);
|
|---|
| 318 | return;
|
|---|
| 319 | }
|
|---|
| 320 | kmp=0;
|
|---|
| 321 | }
|
|---|
| 322 | }
|
|---|
| 323 | }
|
|---|
| 324 | nfileok++;
|
|---|
| 325 | size_t nbytesrd = sx*sy;
|
|---|
| 326 | totnbytesrd += nbytesrd;
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| 327 | } // Fin de la boucle sur les fichiers
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| 328 | // Gestion d'une zone partiellement remplie
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| 329 | if (mid>=0) {
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| 330 | for(int k=kmp;k<kmpmax;k++) {
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| 331 | Byte* bp=buff+k*paqsz;
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|---|
| 332 | for(int l=0;l<paqsz;l++) bp[l]=0;
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|---|
| 333 | }
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| 334 | memgr.FreeMemZone(mid, MemZS_Filled);
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| 335 | }
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| 336 |
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| 337 | // sprintf(fname,"%s/.log",path_.c_str());
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| 338 | // ofstream filog(fname);
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|---|
| 339 | // filog << " DataProc::run() - starting log file " << ts << endl;
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|---|
| 340 | // filog << " NbFiles=" << nfiles_ << " NBloc/File=" << nblocperfile_ << " NMaxMemZones=" << nmax_ << endl;
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| 341 |
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|---|
| 342 |
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|---|
| 343 |
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| 344 | cout << " ------------------ BRFitsReader::run() END ----------------- " << endl;
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| 345 | ts.SetNow();
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| 346 | tm.SplitQ();
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|---|
| 347 | cout << " END reading " << ts << " NFileOK=" << nfileok << endl;
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|---|
| 348 | cout << " TotalDiskRead= " << totnbytesrd/(1024*1024) << " MBytes Disk-Read rate= "
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|---|
| 349 | << (double)(totnbytesrd)/1024./tm.PartialElapsedTimems() << " MB/s" << endl;
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|---|
| 350 | pcheck.Print(cout);
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|---|
| 351 | cout << " BRFitsReader::run()/Timing: \n";
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| 352 | tm.Print();
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|---|
| 353 | cout << " ---------------------------------------------------------- " << endl;
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| 354 |
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| 355 | } // Fin du bloc try
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| 356 | catch (MiniFITSException& exc) {
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| 357 | cout << " BRFitsReader::run()/catched MiniFITSException " << exc.Msg() << endl;
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| 358 | setRC(3);
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|---|
| 359 | return;
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|---|
| 360 | }
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|---|
| 361 | catch(...) {
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|---|
| 362 | cout << " BRFitsReader::run()/catched unknown ... exception " << endl;
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|---|
| 363 | setRC(4);
|
|---|
| 364 | return;
|
|---|
| 365 | }
|
|---|
| 366 | setRC(0);
|
|---|
| 367 | return;
|
|---|
| 368 | }
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