| 1 | #ifndef FITSFILE_H
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| 2 | #define FITSFILE_H
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| 3 |
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| 4 | #include "ndatablock.h"
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| 5 | #include "dvlist.h"
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| 6 | #include "FitsIO/fitsio.h"
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| 7 |
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| 8 | #define OPENFILE 0
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| 9 | #define CREATEFILE 1
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| 10 | #define LEN_KEYWORD 9
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| 11 |
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| 12 | // classes for saving/loading SOPHYA objects to/from FITS files...
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| 13 | // Guy le Meur (september 2000)
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| 16 | namespace SOPHYA {
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| 18 | struct BnTblLine;
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| 19 | class FitsFile;
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| 20 | class FitsInFile;
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| 21 | class FitsOutFile;
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| 22 |
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| 23 |
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| 24 |
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| 25 | class FitsKeyword
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| 26 | {
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| 27 |
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| 28 | public:
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|---|
| 29 |
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| 30 | FitsKeyword();
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| 31 | FitsKeyword(string comment);
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|---|
| 32 | FitsKeyword(string keyname, string value, string comment);
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|---|
| 33 | FitsKeyword(string keyname, string value, string comment, char type);
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|---|
| 34 | void writeOnFits(fitsfile* ptr);
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| 35 |
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| 36 | void Print();
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| 37 |
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| 38 | private:
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| 39 |
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| 40 | char datatype_;
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| 41 | string keyname_;
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| 42 | double dvalue_;
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| 43 | int ivalue_;
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| 44 | string svalue_;
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| 45 | string comment_;
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| 46 | };
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| 47 |
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| 48 |
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| 49 |
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| 50 | //
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| 51 | //! Class for managing Interface for SOPHYA objects to FITS Format Files (uses cfitsio lib)
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| 52 |
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| 53 | class FitsIOHandler {
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| 54 |
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| 55 |
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| 56 | public:
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| 57 |
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| 58 | virtual ~FitsIOHandler() {}
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| 59 | void Read(char flnm[],int hdunum= 0);
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| 60 | void Write(char flnm[]) ;
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|---|
| 61 | void Read(FitsInFile& ifts, int hdunum=0);
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| 62 | void Write(FitsOutFile& ofts) ;
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| 63 |
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| 64 |
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| 65 | protected:
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| 66 |
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| 67 | virtual void ReadFromFits(FitsInFile& is)=0;
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|---|
| 68 | virtual void WriteToFits(FitsOutFile& os) =0;
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|---|
| 69 |
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|---|
| 70 | friend class FitsInFile;
|
|---|
| 71 | friend class FitsOutFile;
|
|---|
| 72 | };
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| 73 |
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| 74 |
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| 75 | //! Class (virtual) for managing FITS format files
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| 76 | class FitsFile {
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| 77 |
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| 78 | public:
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| 79 |
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| 80 | enum WriteMode {append, clear, unknown};
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| 81 |
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| 82 | enum FitsExtensionType {
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| 83 | FitsExtensionType_NULL,
|
|---|
| 84 | FitsExtensionType_IMAGE,
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|---|
| 85 | FitsExtensionType_ASCII_TBL,
|
|---|
| 86 | FitsExtensionType_BINARY_TBL,
|
|---|
| 87 | FitsExtensionType_EOF,
|
|---|
| 88 | FitsExtensionType_ERROR
|
|---|
| 89 | };
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|---|
| 90 | enum FitsDataType {
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|---|
| 91 | FitsDataType_NULL,
|
|---|
| 92 | FitsDataType_double,
|
|---|
| 93 | FitsDataType_float,
|
|---|
| 94 | FitsDataType_int,
|
|---|
| 95 | FitsDataType_char,
|
|---|
| 96 | FitsDataType_ASCII,
|
|---|
| 97 | FitsDataType_long,
|
|---|
| 98 | FitsDataType_byte
|
|---|
| 99 | };
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|---|
| 100 |
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|---|
| 101 | FitsFile() { InitNull(); };
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|---|
| 102 | virtual ~FitsFile();
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|---|
| 103 | static string GetErrStatus(int status);
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|---|
| 104 | inline int statusF() const { return fits_status_;}
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|---|
| 105 | inline void firstImageOnPrimaryHeader(bool choice) {imageOnPrimary_=choice;}
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|---|
| 106 | inline int currentHeaderIndex() {return hdunum_;}
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|---|
| 107 | inline fitsfile* fitsfilePtr() {return fptr_;}
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| 108 |
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|---|
| 109 |
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|---|
| 110 | protected:
|
|---|
| 111 |
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|---|
| 112 | void ResetStatus(int& status) ;
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|---|
| 113 | static void printerror(int&) ;
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|---|
| 114 | static void printerror(int&,char* texte) ;
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|---|
| 115 | inline void InitNull() {fptr_ = NULL; hdutype_= FitsExtensionType_NULL; hdunum_ = 0;
|
|---|
| 116 | fits_status_ = 0; imageOnPrimary_ = true;}
|
|---|
| 117 | fitsfile *fptr_; /**< pointer to the FITS file, defined in fitsio.h */
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|---|
| 118 | FitsExtensionType hdutype_; /**< image or bintable ? */
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|---|
| 119 | int hdunum_; /**< index of header to be read/written */
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|---|
| 120 | int fits_status_; /**< last status returned by fitsio library. updated only by several methods */
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|---|
| 121 | bool imageOnPrimary_;
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| 122 |
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|---|
| 123 | };
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|---|
| 124 |
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|---|
| 125 | //! Class for saving SOPHYA objects on FITS Format Files (uses cfitsio lib)
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| 126 |
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| 127 | class FitsInFile : public FitsFile {
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| 128 |
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| 129 | public:
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| 130 | FitsInFile();
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|---|
| 131 | FitsInFile(string const & flnm);
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|---|
| 132 | FitsInFile(const char * flnm);
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|---|
| 133 | ~FitsInFile() { ; };
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|---|
| 134 |
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|---|
| 135 | static int NbBlocks(char flnm[]);
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| 136 | int NbBlocks();
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| 137 | static void GetBlockType(char flnm[], int hdunum, FitsExtensionType& typeOfExtension, int& naxis, vector<int>& naxisn, FitsDataType& dataType, DVList& dvl );
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|---|
| 138 |
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|---|
| 139 | void ReadHeader(int hdunum);
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| 140 | bool hasKeyword(int hdunum, string keyw);
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|---|
| 141 | string getStringKeyword(int hdunum, string keyname,int& retStatus);
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|---|
| 142 |
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|---|
| 143 | /*! \return a reference on a DVList containing the keywords from FITS file */
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|---|
| 144 | inline const DVList& DVListFromFits() const { return dvl_;}
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|---|
| 145 |
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|---|
| 146 | DVList DVListFromPrimaryHeader() const;
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|---|
| 147 | void moveToFollowingHeader();
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| 148 |
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| 149 |
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| 150 |
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| 151 |
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| 152 | //////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 153 | /////// methods for managing extensions ////////////////
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| 154 | //////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 155 |
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|---|
| 156 |
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|---|
| 157 | /////////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 158 | // methods for managing FITS IMAGE extension
|
|---|
| 159 | ///////////////////////////////////////////////////
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| 160 |
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|---|
| 161 |
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|---|
| 162 |
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|---|
| 163 | /*! \return true if the current header corresponds to a FITS image extension */
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|---|
| 164 | inline bool IsFitsImage() const { return (hdutype_ == FitsExtensionType_IMAGE);}
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| 165 |
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|---|
| 166 |
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|---|
| 167 |
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|---|
| 168 | /*! \return number of dimensions of an image extension : NAXIS parameter (in FITS notations) */
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|---|
| 169 | inline int nbDimOfImage() const {return naxis_;}
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|---|
| 170 |
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|---|
| 171 | /*! \return a reference on a vector containing sizes of the NAXIS dimensions : NAXIS1, NAXIS2, NAXIS3 etc. */
|
|---|
| 172 | inline const vector<int>& dimOfImageAxes() const { return naxisn_;}
|
|---|
| 173 |
|
|---|
| 174 |
|
|---|
| 175 | /*! \return total number of data in the current IMAGE extension */
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|---|
| 176 | inline int nbOfImageData() const { return nbData_; }
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|---|
| 177 |
|
|---|
| 178 | /*! \return data type of the current IMAGE extension */
|
|---|
| 179 | inline FitsFile::FitsDataType ImageType() const {return imageDataType_;}
|
|---|
| 180 |
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|---|
| 181 |
|
|---|
| 182 | //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 183 | // methods for managing FITS BINARY TABLE or ASCII TABLE extension
|
|---|
| 184 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 185 |
|
|---|
| 186 |
|
|---|
| 187 |
|
|---|
| 188 |
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|---|
| 189 | /*! \return true if the current header corresponds to a FITS ASCII or BINTABLE extension */
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|---|
| 190 | inline bool IsFitsTable() const {return (hdutype_ == FitsExtensionType_ASCII_TBL || hdutype_ == FitsExtensionType_BINARY_TBL);}
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|---|
| 191 |
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|---|
| 192 |
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|---|
| 193 |
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|---|
| 194 |
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|---|
| 195 | static void GetBinTabParameters(fitsfile* fileptr, int& nbcols, int& nrows,
|
|---|
| 196 | vector<int>& repeat,
|
|---|
| 197 | vector<string>& noms,
|
|---|
| 198 | vector<FitsDataType>& types,
|
|---|
| 199 | vector<int>& taille_des_chaines);
|
|---|
| 200 | FitsDataType ColTypeFromFits(int nocol) const;
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|---|
| 201 | string ColNameFromFits(int nocol) const;
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|---|
| 202 | int ColStringLengthFromFits(int nocol) const;
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|---|
| 203 | void GetBinTabLine(int NoLine, double* ddata, float* fdata, int* idata, char
|
|---|
| 204 | ** cdata) ;
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|---|
| 205 | void GetBinTabLine(long NoLine, BnTblLine& ligne) ;
|
|---|
| 206 | void GetBinTabLine(int NoLine, float* fdata) ;
|
|---|
| 207 | void GetBinTabFCol(r_8* valeurs, int nentries, int NoCol) const;
|
|---|
| 208 | void GetBinTabFCol(r_4* valeurs, int nentries, int NoCol) const;
|
|---|
| 209 | void GetBinTabFCol(int_4* valeurs, int nentries, int NoCol) const;
|
|---|
| 210 | void GetBinTabFCol(char** valeurs,int nentries, int NoCol) const;
|
|---|
| 211 |
|
|---|
| 212 | /////////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 213 | // methods for managing any type of FITS extension
|
|---|
| 214 | ////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 215 |
|
|---|
| 216 | /*! \return true if the current header is beyond the maximum */
|
|---|
| 217 | inline bool IsFitsEOF() const {return (hdutype_ == FitsExtensionType_EOF);}
|
|---|
| 218 | /*! \return true if the current header is incorrect, following a cfitsio, movavs error */
|
|---|
| 219 | inline bool IsFitsERROR() const {return (hdutype_ == FitsExtensionType_ERROR);}
|
|---|
| 220 |
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|---|
| 221 | int NbColsFromFits() const;
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|---|
| 222 | int NentriesFromFits(int nocol) const;
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|---|
| 223 |
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|---|
| 224 |
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|---|
| 225 | void GetSingleColumn(r_8* map, int nentries) const;
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|---|
| 226 |
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|---|
| 227 | void GetSingleColumn(r_4* map, int nentries) const;
|
|---|
| 228 |
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|---|
| 229 | void GetSingleColumn(int_4* map, int nentries) const;
|
|---|
| 230 |
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|---|
| 231 |
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|---|
| 232 |
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|---|
| 233 |
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|---|
| 234 |
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|---|
| 235 | private :
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|---|
| 236 |
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|---|
| 237 | void InitNull();
|
|---|
| 238 | void getHeader();
|
|---|
| 239 | static void KeywordsIntoDVList(fitsfile* fileptr, DVList& dvl, int hdunum);
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|---|
| 240 | static void GetImageParameters (fitsfile* fileptr,FitsDataType& dataType,int& naxis,vector<int>& naxisn);
|
|---|
| 241 |
|
|---|
| 242 | FitsDataType imageDataType_; /**< fits-Image parameter (bitpix)*/
|
|---|
| 243 | int naxis_; /**< fits-Image parameter */
|
|---|
| 244 | vector<int> naxisn_; /**< fits-Image parameters : sizes of dimensions */
|
|---|
| 245 | int nbData_; /*< fits-Image parameter: number of data */
|
|---|
| 246 | int nrows_; /**< Bintable parameter */
|
|---|
| 247 | vector<int> repeat_; /**< Bintable parameter */
|
|---|
| 248 | int nbcols_; /**< Bintable parameter */
|
|---|
| 249 | vector<string> noms_; /**< Bintable parameter: column names */
|
|---|
| 250 | vector<FitsDataType> types_; /**< Bintable parameters: types of columns (D: double, E: float, I: integers, A: char*) */
|
|---|
| 251 | DVList dvl_; /**< DVList for transferring keywords */
|
|---|
| 252 | vector<int> taille_des_chaines_; /**< Bintable parameters: length of the char* variables */
|
|---|
| 253 |
|
|---|
| 254 | };
|
|---|
| 255 |
|
|---|
| 256 | //! Class for loading SOPHYA objects from FITS Format Files (uses cfitsio lib)
|
|---|
| 257 |
|
|---|
| 258 | class FitsOutFile : public FitsFile {
|
|---|
| 259 |
|
|---|
| 260 | public:
|
|---|
| 261 |
|
|---|
| 262 | FitsOutFile();
|
|---|
| 263 | FitsOutFile(string const & flnm, WriteMode wrm = unknown );
|
|---|
| 264 | FitsOutFile(const char * flnm, WriteMode wrm = unknown );
|
|---|
| 265 | ~FitsOutFile() { if (dvlToPrimary_ != NULL) delete dvlToPrimary_;};
|
|---|
| 266 | inline void InitNull() {dvlToPrimary_ = NULL;}
|
|---|
| 267 |
|
|---|
| 268 | //////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 269 | /////// methods for managing extensions ////////////////
|
|---|
| 270 | //////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 271 |
|
|---|
| 272 |
|
|---|
| 273 |
|
|---|
| 274 | /////////////////////////////////////////////////////////////
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|---|
| 275 | // methods for managing FITS IMAGE extension
|
|---|
| 276 | ///////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 277 |
|
|---|
| 278 |
|
|---|
| 279 | void makeHeaderImageOnFits(char type, int nbdim, int* naxisn, DVList* dvl) ;
|
|---|
| 280 | void PutImageToFits( int nbData, r_8* map) const;
|
|---|
| 281 | void PutImageToFits(int nbData, r_4* map ) const;
|
|---|
| 282 | void PutImageToFits(int nbData, int_4* map) const;
|
|---|
| 283 |
|
|---|
| 284 |
|
|---|
| 285 |
|
|---|
| 286 | //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 287 | // methods for managing FITS BINARY TABLE or ASCII TABLE extension
|
|---|
| 288 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 289 |
|
|---|
| 290 |
|
|---|
| 291 |
|
|---|
| 292 | void makeHeaderBntblOnFits ( string fieldType, vector<string> Noms, int nentries, int tfields, DVList* dvl, string extname, vector<int> taille_des_chaines) ;
|
|---|
| 293 | void appendInputHeader(FitsInFile& headerin, int hdunum);
|
|---|
| 294 | void writeAppendedHeaderOnFits();
|
|---|
| 295 | void PrintHeaderToBeAppended();
|
|---|
| 296 | void insertCommentLineOnHeader(string comment);
|
|---|
| 297 | void insertKeywordOnHeader(string keyname, double value, string comment);
|
|---|
| 298 | void insertKeywordOnHeader(string keyname, int value, string comment);
|
|---|
| 299 | void insertKeywordOnHeader(string keyname, string value, string comment);
|
|---|
| 300 | void PutColToFits(int nocol, int nentries, r_8* donnees) const;
|
|---|
| 301 | void PutColToFits(int nocol, int nentries, r_4* donnees) const;
|
|---|
| 302 | void PutColToFits(int nocol, int nentries, int_4* donnees) const;
|
|---|
| 303 | void PutColToFits(int nocol, int nentries, char** donnees) const;
|
|---|
| 304 | void PutBinTabLine(long NoLine, BnTblLine& ligne) const;
|
|---|
| 305 |
|
|---|
| 306 |
|
|---|
| 307 | /////////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 308 | // methods for managing any type of FITS extension
|
|---|
| 309 | ////////////////////////////////////////////////////////
|
|---|
| 310 |
|
|---|
| 311 |
|
|---|
| 312 | void DVListIntoPrimaryHeader(DVList& dvl) ;
|
|---|
| 313 |
|
|---|
| 314 |
|
|---|
| 315 |
|
|---|
| 316 | private :
|
|---|
| 317 |
|
|---|
| 318 | void openoutputfitsfile(const char * flnm, WriteMode wrm);
|
|---|
| 319 | void writeSignatureOnFits(int hdunum) const;
|
|---|
| 320 | void addKeywordsOfDVList( DVList& dvl) const;
|
|---|
| 321 | void addDVListOnPrimary();
|
|---|
| 322 |
|
|---|
| 323 | DVList* dvlToPrimary_; /**< for transferring keywords when creating primary header */
|
|---|
| 324 | list<FitsKeyword> mots_cles_;
|
|---|
| 325 |
|
|---|
| 326 | };
|
|---|
| 327 |
|
|---|
| 328 | struct BnTblLine
|
|---|
| 329 | {
|
|---|
| 330 | BnTblLine() {}
|
|---|
| 331 | void setFormat(int dc, int fc, int ic, int lc, int bc, int cc, vector<string> names);
|
|---|
| 332 | bool sameFormat(const BnTblLine& btl) const;
|
|---|
| 333 |
|
|---|
| 334 | void Print();
|
|---|
| 335 |
|
|---|
| 336 | vector<double> ddata_;
|
|---|
| 337 | vector<float> fdata_;
|
|---|
| 338 | vector<int> idata_;
|
|---|
| 339 | vector<string> cdata_;
|
|---|
| 340 | vector<string> ColName_;
|
|---|
| 341 | vector<long> ldata_;
|
|---|
| 342 | vector<unsigned char> bdata_;
|
|---|
| 343 |
|
|---|
| 344 | };
|
|---|
| 345 |
|
|---|
| 346 |
|
|---|
| 347 |
|
|---|
| 348 |
|
|---|
| 349 |
|
|---|
| 350 | } // Fin du namespace
|
|---|
| 351 |
|
|---|
| 352 | #endif
|
|---|