| 1 | <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
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| 2 | <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" dir="ltr" lang="en-US">
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| 3 | <head profile="http://purl.org/net/uriprofile/">
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| 5 | <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
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| 8 | <meta http-equiv="Content-Script-Type" content="text/javascript" />
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| 9 | <title>Tests Xgrid</title>
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| 11 | <meta name="author" content="Florence Jacq" />
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| 12 | <meta name="description" content="Florence Jacq" />
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| 13 | <meta name="keywords" content="Florence Jacq" />
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| 15 | <!--link rel="Shortcut Icon" type="image jpeg" href="./Qt_fichiers/Xgrid-icone.jpeg" /-->
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| 17 | </head>
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| 19 | <body> <br /> <h1><b>En Construction</b></h1> <!--ul>
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| 22 | <li><b>Présentation d'Autodock</b></li>
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| 23 | <p align ="justify" style="line-height:1.6">Autodock est un logiciel libre de docking<br />
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| 24 | Le docking consiste ici à calculer les énergies d'interaction entre une petite molécule, appelée ligand, et une protéine cible.<br /> Ce calcul est utilisé pour la recherche de médicaments.<br />Le ligand correspond à un médicament potentiel et la cible est le site actif d'une protéine facteur de la maladie.<br /></p>
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| 26 | <li><b>Test d'Autodock sur Xgrid</b><br /><br />
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| 27 | <ul>
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| 28 | <li>La version 4 d'autodock est utilisée pour ce test. Autodock4 calcule les différentes positions avec leurs énergies du ligand dans le site actif (receptor) de la cible (target).
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| 29 | <li>Repertoire de travail utilisé <a href="./Autodock4_test.zip" target="_blank">Autodock4_test.zip</a> contenant 3 sous-répertoires : <br /><br />
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| 30 | <ul>
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| 31 | <li><u>1) Data :</u> contient tous les paramÚtres nécessaires au docking :
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| 33 | <li>AD4_parameters : Energies utilisées par défaut pour chaque atome. (ModÚle utilisé)</li>
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| 34 | <li>1pgp.dpf : Valeurs des paramÚtres pour l'execution.</li>
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| 35 | <li>1pgp.gpf : ParamÚtres qui définissent la grille (g) dans le récepteur, la zone dans laquelle le ligand tourne.</li>
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| 36 | <li> *_rec : Fichiers récepteurs définissant le récepteur complet, le gpf définit la zone exacte (un carré) pour le docking.</li>
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| 37 | <li>*_lig : ParamÚtres du ligand.</li>
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| 38 | </ul>
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| 39 | Plus d'informations sur la cible utilisée pour le test sur le site Protein Data Bank : <a href ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1PGP">http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1PGP</a></li><br /><br />
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| 40 | <li><u>2)Results :</u> répertoire où sera stocké le résultat du docking. Fichier .dlg attendu</li><br /><br />
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| 41 | <li><u>3)Bin : </u>contient le binaire autodock 4</li><br /><br />
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| 42 | </ul>
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| 43 | <li> Soumission du binaire sur Xgrid : <i><b><font color ="#0000CC"> $ xgrid -h xgridsrv -job submit -in Autodock4_test autodock.sh</font></b></i></li>
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| 44 | <li>Récupération du résultat : <i><b><font color ="#0000CC">$ xgrid -h xgridsrv -job results -id 538 -out ./</font></b></i></li>
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| 45 | <li>Résultat : Production du fichier <i><a href ="./1pgp.dlg">1pgp.dlg</a></i> dans le répértoire crée results.
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| 46 | </ul>
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| 47 | <li>
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| 48 | </ul>
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| 49 | </ul>
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| 52 | <h1><b>Soumission d'un fichier sur Xgrid</b></h1>
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| 53 | <ul>
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| 54 | <li>Soumission du binaire <b>ls</b> sur Xgrid avec en entrée un fichier dont la taille varie</li>
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| 55 | <li>Résultats du test : <a href="./TestGrid.xls" target="_blank">Fichier statistiques .xls</a></li>
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| 56 | La limite du fichier en entrée est d'1Go.
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| 57 | </ul-->
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| 58 | <p align = "center"> <a href ="../Accueil.html"><b>HOME</b></a>
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| 59 | </body>
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| 60 | </html>
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