source: ETALON/CLIO/control/read_plot_data.py @ 639

Last change on this file since 639 was 639, checked in by delerue, 7 years ago

CLIO control updated
File size: 9.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2"""
3Created on Mon Feb  6 15:47:25 2017
4
5@author: delerue
6"""
7
8
9import numpy as np
10import matplotlib.pyplot as plt
11#from time import sleep
12from shutil import copyfile
13import os.path
14
15
16def read_plot_data(filename):
17    #Definitions
18    nchannels=32
19       
20    #electron_signal
21    electrons_channel=30
22    electrons_signal_scaling=0.05
23    electrons_threshold=-5000
24    electrons_half_width=5
25
26    data_start=1
27    data_length=9035
28    electron_pretrig=5   
29#    electron_trig_stop=500
30    electron_trig_stop=20
31    electron_post_trig_integration_start=1
32    electron_post_trig_integration_stop=5
33
34    #position signal
35    position_channel=28
36
37    #channels mapping
38    #channels_mapping=[17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27]
39    data_mapping=[ 0,   0,   0,   0,   0, 
40                   0,   0,   0,   0,   0,
41                   0,   0,   0,   0,   0,
42                   30,  40,  50,  60,  70,
43                  80,  90, 100, 110, 120,
44                 130, 140,   0,   0,   0,
45                   0,   0 ]
46
47   
48    #code
49    key_values={}
50    if (len(os.path.dirname(filename))==0):
51        filename="./"+filename
52       
53    with open(filename,'r') as fid:
54        fileline=fid.readline()
55        while fileline[0]=='#':               
56            entries=fileline.replace('#','').replace(' ','').replace('\n','').split('=')
57            key_values[entries[0]]=entries[1]
58            fileline=fid.readline()
59    fid.close()
60       
61    print(key_values)       
62       
63    alldata=np.loadtxt(filename, dtype='int32', comments='#', delimiter='  ', usecols=range(0,nchannels), converters={ _:lambda s:  int(s , 16)  for _ in range(0,nchannels) })
64   
65    #converting the data in the correct format
66    alldata=alldata%(2**16)
67    alldata=(2**15)-alldata
68    data_scaling_factor=(float(key_values['amplitude'])*5.)/(2.**15)
69    time_scaling_factor=(36./float(key_values['acquisition_rate']))*1.e-3
70
71    #Looking for electrons
72    electrons_found=False
73    if (min(alldata[:,electrons_channel])<electrons_threshold):
74        elec=alldata[:,electrons_channel]
75        pos_elec=elec.argmin()
76        while ((pos_elec>100)and(elec[pos_elec]<electrons_threshold)):
77            pos_elec=pos_elec-1
78        if ((elec[pos_elec+electrons_half_width]<electrons_threshold)or(elec[pos_elec-electrons_half_width]<electrons_threshold)):       
79            electrons_found=True
80            electron_data_start=pos_elec-electron_pretrig           
81            electron_data_stop=pos_elec+electron_trig_stop
82            print('electrons found')
83            print elec[pos_elec]
84            print pos_elec
85           
86       
87
88    #Mean position value   
89    mean_position=np.mean(alldata[:,electrons_channel])
90    print('Mean position: ', mean_position)
91    filename_position=filename.replace('.txt','.pos')
92    fid=open(filename_position,'w')
93    fid.write("pos: "+str(round(mean_position,3)))
94    fid.close()
95
96
97    #prepare the figures   
98    fig=plt.figure(1,figsize=(12, 8))
99    if electrons_found:
100        figzoom=plt.figure(2,figsize=(12, 8))
101        figsignal=plt.figure(3,figsize=(12, 8))
102        datasignal=np.zeros(11)
103        filename_zoom_txt=filename.replace('.txt','.zoom_txt')
104        fidz=open(filename_zoom_txt,'w')
105        for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
106            fidz.write(str(jdata*time_scaling_factor))
107            fidz.write(" ")
108        fidz.write("\n")
109
110
111    for idata in range(17,nchannels):
112        this_data_scaling_factor=data_scaling_factor*-1
113        txtline='r'
114        if idata%6==0:
115            txtline='b'
116        if idata%6==1:
117            txtline='g'
118        if idata%6==2:
119            txtline='k'
120        if idata%6==3:
121            txtline='c'
122        if idata%6==4:
123            txtline='m'
124        if idata%6==5:
125            txtline='y'
126        if idata==17:
127            txtline='r'
128        if idata==20:
129            txtline='r'
130        if idata==22:
131            txtline='r'
132        if idata==30:
133            txtline='bs'
134        linestyle='-'
135        if idata==electrons_channel:
136            this_data_scaling_factor=this_data_scaling_factor*electrons_signal_scaling
137
138        if ((idata!=position_channel)):
139            #        data_start=9022
140            #        data_length=9035
141            plt.figure(1)
142            plt.plot(np.arange(data_start,data_length)*time_scaling_factor,alldata[range(data_start,data_length),idata].astype(np.float)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
143            #    plt.show()
144           
145            if (electrons_found):
146                plt.figure(2)
147                this_channel_baseline=0
148                baseline_offset=100
149                baseline_length=100
150                if (pos_elec>1000):
151                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])
152                    this_channel_baseline_rms=np.std(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])*-1
153                else:
154                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata])
155                    this_channel_baseline_rms=np.sqrt(np.std(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata]))*-1
156                   
157                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,(alldata[range(electron_data_start,electron_data_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
158                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,np.zeros(len(range(electron_data_start,electron_data_stop)))+(this_channel_baseline_rms*this_data_scaling_factor), txtline+":")
159                for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
160                    fidz.write('{:06.5e}'.format((alldata[jdata,idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor))
161                    fidz.write(" ")
162                fidz.write("\n")
163                   
164                if data_mapping[idata]>0:
165                    plt.figure(3)
166                    txtline=txtline+'^'
167                    datasignal[(data_mapping[idata]/10)-4]=np.mean(alldata[range(pos_elec+electron_post_trig_integration_start,pos_elec+electron_post_trig_integration_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor
168                    plt.plot(data_mapping[idata], datasignal[(data_mapping[idata]/10)-4], txtline+linestyle)
169           
170    plt.figure(1)
171    plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
172    plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
173    plt.xlabel('Time [ms]')
174    plt.grid(True)
175    imagename=filename.replace('.txt','.png')
176    print(imagename)
177    fig.savefig(imagename)
178    plt.close(fig)
179    imagename_no_path=os.path.basename(imagename)
180    fid=open('list.html','a');
181    fid.write("<A HREF=")
182    fid.write(imagename_no_path)
183    fid.write("><IMG SRC=")
184    fid.write(imagename_no_path)
185    fid.write(" width=600>")
186    fid.write("</A><BR/>")
187    fid.write(imagename_no_path)
188    fid.write("<BR/><BR/>\n")
189    fid.close()
190    copyfile(imagename,os.path.dirname(imagename)+'/last.png')
191
192    if (electrons_found):
193        fidz.close()
194        plt.figure(2)
195        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
196        plt.ylabel('Signal amplitude [V] - pedestal removed')
197        plt.xlabel('Time [ms]')
198        plt.grid(True)       
199        imagenamezoom=filename.replace('.txt','_zoom.png')
200        figzoom.savefig(imagenamezoom)
201        plt.close(figzoom)
202        copyfile(imagenamezoom,os.path.dirname(imagename)+'/last_zoom.png')
203   
204        imagenamezoom_no_path=os.path.basename(imagenamezoom)
205        fid=open('zoom_list.html','a');
206        fid.write("<A HREF=")
207        fid.write(imagenamezoom_no_path)
208        fid.write("><IMG SRC=")
209        fid.write(imagenamezoom_no_path)
210        fid.write(" width=600>")
211        fid.write("</A><BR/>")
212        fid.write(imagenamezoom_no_path)
213        fid.write("<BR/><BR/>\n")
214        fid.close()
215       
216        plt.figure(3)
217        plt.plot(range(40,150,10),datasignal,'b--')
218        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
219        plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
220        plt.xlabel('Detector angle (degree)')
221        plt.grid(True)       
222        imagenamesignal=filename.replace('.txt','_signal.png')
223        figsignal.savefig(imagenamesignal)
224        plt.close(figsignal)
225        copyfile(imagenamesignal,os.path.dirname(imagename)+'/last_signal.png')
226
227        filenamesig=filename.replace('.txt','.sig')
228        fid=open(filenamesig,'w');
229        fid.write(str(datasignal))
230        fid.close()
231   
232        imagenamesignal_no_path=os.path.basename(imagenamesignal)
233        fid=open('signal_list.html','a');
234        fid.write("<A HREF=")
235        fid.write(imagenamesignal_no_path)
236        fid.write("><IMG SRC=")
237        fid.write(imagenamesignal_no_path)
238        fid.write(" width=600>")
239        fid.write("</A><BR/>")
240        fid.write(imagenamesignal_no_path)
241        fid.write("<BR/><BR/>\n")
242        fid.close()
243       
244    return;
245
246
247#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO/data_CLIO_2017-02-08_17-26-53.txt')
248#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-01-14.txt')
249#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-43-46.txt')
250#HWaddr 64:00:6a:3a:6f:1c
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.