source: ETALON/CLIO/control/read_plot_data.py @ 691

Last change on this file since 691 was 691, checked in by delerue, 7 years ago

CLIO control updated
File size: 19.9 KB
Line 
1<<<<<<< .mine
2# -*- coding: utf-8 -*-
3"""
4Created on Mon Feb  6 15:47:25 2017
5
6@author: delerue
7"""
8
9
10import numpy as np
11import matplotlib.pyplot as plt
12#from time import sleep
13from shutil import copyfile
14import os.path
15
16
17def read_plot_data(filename):
18    #Definitions
19    nchannels=32
20       
21    #electron_signal
22    electrons_channel=26
23    electrons_signal_scaling=0.05
24    electrons_threshold=-50
25    electrons_half_width=1
26
27    data_start=1
28    data_length=7035
29    electron_pretrig=5   
30#    electron_trig_stop=500
31    electron_trig_stop=20
32    electron_post_trig_integration_start=1
33    electron_post_trig_integration_stop=500
34
35    #position signal
36    position_channel=28
37
38    #channels mapping
39    #channels_mapping=[17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27]
40    data_mapping=[ 0,   111,   83,   76,   48, 
41                   55,   104,   69,   62,   0,
42                   97,   90,   0,   118,   0,
43                   0,  125,  0,  0,  0,
44                  0,  0, 0, 0, 0,
45                 0, 0,   0,   0,   0,
46                   0,   0 ]
47
48   
49    #code
50    angles_sorted=[]
51    idx_angles_sorted=[]
52    idx_data_mapping=np.zeros(len(data_mapping),dtype=np.int)
53   
54    for angle in np.sort(data_mapping):
55        if angle>0:
56            if len(angles_sorted)==0:
57                angles_sorted=[angle]
58                idx_angles_sorted=[data_mapping.index(angle)]
59            else:
60                angles_sorted.append(angle)
61                idx_angles_sorted.append(data_mapping.index(angle))
62            idx_data_mapping[data_mapping.index(angle)]=int(len(angles_sorted))
63   
64    key_values={}
65    if (len(os.path.dirname(filename))==0):
66        filename="./"+filename
67       
68    with open(filename,'r') as fid:
69        fileline=fid.readline()
70        while (len(fileline)>0)and(fileline[0]=='#'):               
71            entries=fileline.replace('#','').replace(' ','').replace('\n','').split('=')
72            key_values[entries[0]]=entries[1]
73            fileline=fid.readline()
74    fid.close()
75       
76    print(key_values)       
77       
78    alldata=np.loadtxt(filename, dtype='int32', comments='#', delimiter='  ', usecols=range(0,nchannels), converters={ _:lambda s:  int(s , 16)  for _ in range(0,nchannels) })
79   
80    #converting the data in the correct format
81    alldata=alldata%(2**16)
82    alldata=(2**15)-alldata
83    data_scaling_factor=(float(key_values['amplitude'])*5.)/(2.**15)
84    time_scaling_factor=(36./float(key_values['acquisition_rate']))*1.e-3
85
86    #Looking for electrons
87    electrons_found=False
88    if (min(alldata[:,electrons_channel])<electrons_threshold):
89        elec=alldata[:,electrons_channel]
90        pos_elec=elec.argmin()
91        while ((pos_elec>100)and(elec[pos_elec]<electrons_threshold)):
92            pos_elec=pos_elec-1
93        if ((elec[pos_elec+electrons_half_width]<electrons_threshold)or(elec[pos_elec-electrons_half_width]<electrons_threshold)):       
94            electrons_found=True
95            electron_data_start=pos_elec-electron_pretrig           
96            electron_data_stop=pos_elec+electron_trig_stop
97            print('electrons found')
98
99    #Mean position value   
100#    mean_position=np.mean(alldata[:,electrons_channel])
101#    print('Mean position: ', mean_position)
102#    filename_position=filename.replace('.txt','.pos')
103#    fid=open(filename_position,'w')
104#    fid.write("pos: "+str(round(mean_position,3)))
105#    fid.close()
106
107
108    #prepare the figures   
109    fig=plt.figure(1,figsize=(12, 8))
110    if electrons_found:
111        figzoom=plt.figure(2,figsize=(12, 8))
112        figsignal=plt.figure(3,figsize=(12, 8))
113        datasignal=np.zeros(len(angles_sorted))
114        filename_zoom_txt=filename.replace('.txt','.zoom_txt')
115        fidz=open(filename_zoom_txt,'w')
116        for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
117            fidz.write(str(jdata*time_scaling_factor))
118            fidz.write(" ")
119        fidz.write("\n")
120
121
122    for idata in range(0,nchannels-1):
123        this_data_scaling_factor=data_scaling_factor*-1
124        txtline='r'
125        if idata%12==0:
126            txtline='b'
127        if data_mapping[idata] >0:
128            txtline='r'
129        else:
130            txtline='b'
131
132        linestyle='-'
133        if idata==electrons_channel:
134            txtline='k'
135            this_data_scaling_factor=this_data_scaling_factor*electrons_signal_scaling
136
137        if ((idata!=position_channel)and(idata!=22)and(idata!=21)):
138            #        data_start=9022
139            #        data_length=9035
140            plt.figure(1)
141            plt.plot(np.arange(data_start,data_length)*time_scaling_factor,alldata[range(data_start,data_length),idata].astype(np.float)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
142            #    plt.show()
143           
144            if (electrons_found):
145                plt.figure(2)
146                this_channel_baseline=0
147                baseline_offset=100
148                baseline_length=100
149                if (pos_elec>1000):
150                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])
151                    this_channel_baseline_rms=np.std(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])*-1
152                else:
153                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata])
154                    this_channel_baseline_rms=np.sqrt(np.std(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata]))*-1
155                   
156                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,(alldata[range(electron_data_start,electron_data_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
157                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,np.zeros(len(range(electron_data_start,electron_data_stop)))+(this_channel_baseline_rms*this_data_scaling_factor), txtline+":")
158                for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
159                    fidz.write('{:06.5e}'.format((alldata[jdata,idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor))
160                    fidz.write(" ")
161                fidz.write("\n")
162                   
163                if data_mapping[idata]>0:
164                    plt.figure(3)
165                    txtline=txtline+'^'                   
166#                    datasignal[idx_data_mapping[idata]-1]=np.mean(alldata[range(pos_elec+electron_post_trig_integration_start,pos_elec+electron_post_trig_integration_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor
167                    datasignal[idx_data_mapping[idata]-1]=np.mean(alldata[range(pos_elec+electron_post_trig_integration_start,pos_elec+electron_post_trig_integration_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor
168                    plt.plot(data_mapping[idata], -1*datasignal[idx_data_mapping[idata]-1], txtline+linestyle)
169           
170    plt.figure(1)
171    plt.title(key_values['date']+ ' ---  Motor value:  '+key_values['motor_value']+ ' ---  Current:  '+key_values['current_value'])
172    plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
173    plt.xlabel('Time [ms]')
174    plt.grid(True)
175    imagename=filename.replace('.txt','.png')
176    print(imagename)
177    fig.savefig(imagename)
178    plt.close(fig)
179    imagename_no_path=os.path.basename(imagename)
180    fid=open('list.html','a');
181    fid.write("<A HREF=")
182    fid.write(imagename_no_path)
183    fid.write("><IMG SRC=")
184    fid.write(imagename_no_path)
185    fid.write(" width=600>")
186    fid.write("</A><BR/>")
187    fid.write(imagename_no_path)
188    fid.write("<BR/><BR/>\n")
189    fid.close()
190    copyfile(imagename,os.path.dirname(imagename)+'/last.png')
191
192    if (electrons_found):
193        fidz.close()
194        plt.figure(2)
195        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Motor value:  '+key_values['motor_value']+ ' ---  Current:  '+key_values['current_value'])
196        plt.ylabel('Signal amplitude [V] - pedestal removed')
197        plt.xlabel('Time [ms]')
198        plt.grid(True)       
199        imagenamezoom=filename.replace('.txt','_zoom.png')
200        figzoom.savefig(imagenamezoom)
201        plt.close(figzoom)
202        copyfile(imagenamezoom,os.path.dirname(imagename)+'/last_zoom.png')
203   
204        imagenamezoom_no_path=os.path.basename(imagenamezoom)
205        fid=open('zoom_list.html','a');
206        fid.write("<A HREF=")
207        fid.write(imagenamezoom_no_path)
208        fid.write("><IMG SRC=")
209        fid.write(imagenamezoom_no_path)
210        fid.write(" width=600>")
211        fid.write("</A><BR/>")
212        fid.write(imagenamezoom_no_path)
213        fid.write("<BR/><BR/>\n")
214        fid.close()
215       
216        plt.figure(3)
217        plt.plot(angles_sorted,-1*datasignal,'b--')
218        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Motor value:  '+key_values['motor_value']+ ' ---  Current:  '+key_values['current_value'])
219        plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
220        plt.xlabel('Detector angle (degree)')
221        plt.grid(True)       
222        imagenamesignal=filename.replace('.txt','_signal.png')
223        figsignal.savefig(imagenamesignal)
224        plt.close(figsignal)
225        copyfile(imagenamesignal,os.path.dirname(imagename)+'/last_signal.png')
226
227       
228        filenamesig=filename.replace('.txt','.sig')
229        fid=open(filenamesig,'w');       
230        for idata in range(0,len(datasignal)):
231            fid.write(str(angles_sorted[idata])+" "+str(datasignal[idata])+"\n")
232        fid.write("\n")
233        fid.close()
234
235        filenameval=filename.replace('.txt','.val')
236        fid=open(filenameval,'w');
237        for key in key_values:
238            fid.write(key+" = "+key_values[key]+" \n");
239        fid.close()
240   
241        imagenamesignal_no_path=os.path.basename(imagenamesignal)
242        fid=open('signal_list.html','a');
243        fid.write("<A HREF=")
244        fid.write(imagenamesignal_no_path)
245        fid.write("><IMG SRC=")
246        fid.write(imagenamesignal_no_path)
247        fid.write(" width=600>")
248        fid.write("</A><BR/>")
249        fid.write(imagenamesignal_no_path)
250        fid.write("<BR/><BR/>\n")
251        fid.close()
252       
253    return;
254
255
256#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO/data_CLIO_2017-02-08_17-26-53.txt')
257#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-01-14.txt')
258#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-43-46.txt')
259#HWaddr 64:00:6a:3a:6f:1c
260||||||| .r0
261=======
262# -*- coding: utf-8 -*-
263"""
264Created on Mon Feb  6 15:47:25 2017
265
266@author: delerue
267"""
268
269
270import numpy as np
271import matplotlib.pyplot as plt
272#from time import sleep
273from shutil import copyfile
274import os.path
275
276
277def read_plot_data(filename):
278    #Definitions
279    nchannels=32
280       
281    #electron_signal
282    electrons_channel=30
283    electrons_signal_scaling=0.05
284    electrons_threshold=-5000
285    electrons_half_width=5
286
287    data_start=1
288    data_length=9035
289    electron_pretrig=5   
290#    electron_trig_stop=500
291    electron_trig_stop=20
292    electron_post_trig_integration_start=1
293    electron_post_trig_integration_stop=5
294
295    #position signal
296    position_channel=28
297
298    #channels mapping
299    #channels_mapping=[17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27]
300    data_mapping=[ 0,   0,   0,   0,   0, 
301                   0,   0,   0,   0,   0,
302                   0,   0,   0,   0,   0,
303                   30,  40,  50,  60,  70,
304                  80,  90, 100, 110, 120,
305                 130, 140,   0,   0,   0,
306                   0,   0 ]
307
308   
309    #code
310    key_values={}
311    if (len(os.path.dirname(filename))==0):
312        filename="./"+filename
313       
314    with open(filename,'r') as fid:
315        fileline=fid.readline()
316        while fileline[0]=='#':               
317            entries=fileline.replace('#','').replace(' ','').replace('\n','').split('=')
318            key_values[entries[0]]=entries[1]
319            fileline=fid.readline()
320    fid.close()
321       
322    print(key_values)       
323       
324    alldata=np.loadtxt(filename, dtype='int32', comments='#', delimiter='  ', usecols=range(0,nchannels), converters={ _:lambda s:  int(s , 16)  for _ in range(0,nchannels) })
325   
326    #converting the data in the correct format
327    alldata=alldata%(2**16)
328    alldata=(2**15)-alldata
329    data_scaling_factor=(float(key_values['amplitude'])*5.)/(2.**15)
330    time_scaling_factor=(36./float(key_values['acquisition_rate']))*1.e-3
331
332    #Looking for electrons
333    electrons_found=False
334    if (min(alldata[:,electrons_channel])<electrons_threshold):
335        elec=alldata[:,electrons_channel]
336        pos_elec=elec.argmin()
337        while ((pos_elec>100)and(elec[pos_elec]<electrons_threshold)):
338            pos_elec=pos_elec-1
339        if ((elec[pos_elec+electrons_half_width]<electrons_threshold)or(elec[pos_elec-electrons_half_width]<electrons_threshold)):       
340            electrons_found=True
341            electron_data_start=pos_elec-electron_pretrig           
342            electron_data_stop=pos_elec+electron_trig_stop
343            print('electrons found')
344            print elec[pos_elec]
345            print pos_elec
346           
347       
348
349    #Mean position value   
350    mean_position=np.mean(alldata[:,electrons_channel])
351    print('Mean position: ', mean_position)
352    filename_position=filename.replace('.txt','.pos')
353    fid=open(filename_position,'w')
354    fid.write("pos: "+str(round(mean_position,3)))
355    fid.close()
356
357
358    #prepare the figures   
359    fig=plt.figure(1,figsize=(12, 8))
360    if electrons_found:
361        figzoom=plt.figure(2,figsize=(12, 8))
362        figsignal=plt.figure(3,figsize=(12, 8))
363        datasignal=np.zeros(11)
364        filename_zoom_txt=filename.replace('.txt','.zoom_txt')
365        fidz=open(filename_zoom_txt,'w')
366        for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
367            fidz.write(str(jdata*time_scaling_factor))
368            fidz.write(" ")
369        fidz.write("\n")
370
371
372    for idata in range(17,nchannels):
373        this_data_scaling_factor=data_scaling_factor*-1
374        txtline='r'
375        if idata%6==0:
376            txtline='b'
377        if idata%6==1:
378            txtline='g'
379        if idata%6==2:
380            txtline='k'
381        if idata%6==3:
382            txtline='c'
383        if idata%6==4:
384            txtline='m'
385        if idata%6==5:
386            txtline='y'
387        if idata==17:
388            txtline='r'
389        if idata==20:
390            txtline='r'
391        if idata==22:
392            txtline='r'
393        if idata==30:
394            txtline='bs'
395        linestyle='-'
396        if idata==electrons_channel:
397            this_data_scaling_factor=this_data_scaling_factor*electrons_signal_scaling
398
399        if ((idata!=position_channel)):
400            #        data_start=9022
401            #        data_length=9035
402            plt.figure(1)
403            plt.plot(np.arange(data_start,data_length)*time_scaling_factor,alldata[range(data_start,data_length),idata].astype(np.float)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
404            #    plt.show()
405           
406            if (electrons_found):
407                plt.figure(2)
408                this_channel_baseline=0
409                baseline_offset=100
410                baseline_length=100
411                if (pos_elec>1000):
412                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])
413                    this_channel_baseline_rms=np.std(alldata[range(electron_data_start-baseline_offset-baseline_length,electron_data_stop-baseline_offset),idata])*-1
414                else:
415                    this_channel_baseline=np.mean(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata])
416                    this_channel_baseline_rms=np.sqrt(np.std(alldata[range(electron_data_start+baseline_offset,electron_data_stop+baseline_offset+baseline_length),idata]))*-1
417                   
418                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,(alldata[range(electron_data_start,electron_data_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor, txtline+linestyle)
419                plt.plot(np.arange(electron_data_start,electron_data_stop)*time_scaling_factor,np.zeros(len(range(electron_data_start,electron_data_stop)))+(this_channel_baseline_rms*this_data_scaling_factor), txtline+":")
420                for jdata in range(electron_data_start,electron_data_stop):
421                    fidz.write('{:06.5e}'.format((alldata[jdata,idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor))
422                    fidz.write(" ")
423                fidz.write("\n")
424                   
425                if data_mapping[idata]>0:
426                    plt.figure(3)
427                    txtline=txtline+'^'
428                    datasignal[(data_mapping[idata]/10)-4]=np.mean(alldata[range(pos_elec+electron_post_trig_integration_start,pos_elec+electron_post_trig_integration_stop),idata].astype(np.float)-this_channel_baseline)*this_data_scaling_factor
429                    plt.plot(data_mapping[idata], datasignal[(data_mapping[idata]/10)-4], txtline+linestyle)
430           
431    plt.figure(1)
432    plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
433    plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
434    plt.xlabel('Time [ms]')
435    plt.grid(True)
436    imagename=filename.replace('.txt','.png')
437    print(imagename)
438    fig.savefig(imagename)
439    plt.close(fig)
440    imagename_no_path=os.path.basename(imagename)
441    fid=open('list.html','a');
442    fid.write("<A HREF=")
443    fid.write(imagename_no_path)
444    fid.write("><IMG SRC=")
445    fid.write(imagename_no_path)
446    fid.write(" width=600>")
447    fid.write("</A><BR/>")
448    fid.write(imagename_no_path)
449    fid.write("<BR/><BR/>\n")
450    fid.close()
451    copyfile(imagename,os.path.dirname(imagename)+'/last.png')
452
453    if (electrons_found):
454        fidz.close()
455        plt.figure(2)
456        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
457        plt.ylabel('Signal amplitude [V] - pedestal removed')
458        plt.xlabel('Time [ms]')
459        plt.grid(True)       
460        imagenamezoom=filename.replace('.txt','_zoom.png')
461        figzoom.savefig(imagenamezoom)
462        plt.close(figzoom)
463        copyfile(imagenamezoom,os.path.dirname(imagename)+'/last_zoom.png')
464   
465        imagenamezoom_no_path=os.path.basename(imagenamezoom)
466        fid=open('zoom_list.html','a');
467        fid.write("<A HREF=")
468        fid.write(imagenamezoom_no_path)
469        fid.write("><IMG SRC=")
470        fid.write(imagenamezoom_no_path)
471        fid.write(" width=600>")
472        fid.write("</A><BR/>")
473        fid.write(imagenamezoom_no_path)
474        fid.write("<BR/><BR/>\n")
475        fid.close()
476       
477        plt.figure(3)
478        plt.plot(range(40,150,10),datasignal,'b--')
479        plt.title(key_values['date']+ ' ---  Position:  '+str(round(mean_position,2)))
480        plt.ylabel('Signal amplitude [V]')
481        plt.xlabel('Detector angle (degree)')
482        plt.grid(True)       
483        imagenamesignal=filename.replace('.txt','_signal.png')
484        figsignal.savefig(imagenamesignal)
485        plt.close(figsignal)
486        copyfile(imagenamesignal,os.path.dirname(imagename)+'/last_signal.png')
487
488        filenamesig=filename.replace('.txt','.sig')
489        fid=open(filenamesig,'w');
490        fid.write(str(datasignal))
491        fid.close()
492   
493        imagenamesignal_no_path=os.path.basename(imagenamesignal)
494        fid=open('signal_list.html','a');
495        fid.write("<A HREF=")
496        fid.write(imagenamesignal_no_path)
497        fid.write("><IMG SRC=")
498        fid.write(imagenamesignal_no_path)
499        fid.write(" width=600>")
500        fid.write("</A><BR/>")
501        fid.write(imagenamesignal_no_path)
502        fid.write("<BR/><BR/>\n")
503        fid.close()
504       
505    return;
506
507
508#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO/data_CLIO_2017-02-08_17-26-53.txt')
509#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-01-14.txt')
510#read_plot_data('/Users/delerue/Downloads/CLIO_tmp/20170227/data_CLIO_2017-02-27_12-43-46.txt')
511#HWaddr 64:00:6a:3a:6f:1c
512>>>>>>> .r690
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.