Gestion des Données

Table of Contents

1. Utilisation du Replica Manager
2. Regarder les informations dans le LFC
3. Accéder depuis un job à des données stockées

Les services qui permettent la gestion des fichiers sont file catalog (LFC) et le storage element (SE). Le file catalog est une base de données qui contient l'association entre un identifiant et les locations des fichiers dans lagrille. Le SE fourni l'espace pour stocker les fichiers.

Utilisation du Replica Manager

Le service file catalog (ou replica catalog) dans EGEE utilise le LFC. Il existe quelques commandes spécifiques au LFC qui commencent par lfc-. Elles ne sont généralement pas utilisées directement mais via les commandes qui permettent de manipuler et gérer les fichiers sur la grille, notamment les commandes appelées lcg_utils qui commencent par lcg-. Comme les commandes de soumissions de job, les commandes lcg- utilisent la VO du proxy de l'utilisateur par défaut.

Note : lorsqu'on souhaite utiliser les commandes lfc-, il est nécessaire de définir la variable d'environnement LFC_HOST avec le nom du serveur LFC à utiliser. Les commandes lcg- au contraire localisent directement le serveur approprié pour la VO de l'utilisateur. Dans ce cas, la variable LFC_HOST permet de forcer l'utilisation d'un autre serveur LFC que le serveur par défaut de la VO.

Les principales commandes lcg_utils sont :

• lcg-cr (copy and register) : cette commande permet de copier un fichier local ou résidant sur un SE sur un autre SE. La destination est nécessairement un SE. Par défaut, il enregistre le nom du fichier dans le LFC. Le nom logique enregistré est généré par défaut. Pour imposer un autre nom logique que celui par défaut, il faut utiliser l'option -l. Le nom du fichier sur le SE est lui aussi généré s'il n'est pas spécifié explicitement, c'est-à-dire lorsque l'option -d ne spécifie que le nom du serveur.

• lcg-cp (copy) : proche d'une commande cp standard, il permet de copier un fichier entre une source et une destination. Source et destination peuvent être soit un fichier local, soit un fichier sur un SE avec toutes les combinaisons possibles.

Les commandes lcg_utils ont par défaut besoin d'accéder au BDII et ne peuvent utiliser que des ressources enregistrées dans le BDII. On peut aussi les utiliser sans BDII avec l'option --nobdii mais dans ce cas il faut fournir plus de paramètre sur les SE utilisés.

Toutes ces commandes ont une aide en ligne accessible accessible avec l'option --help ou via la commande man.

Exercices :

1. Visualisez les informations concernant les ressources SE disponibles pour la VO vo.lal.in2p3.fr, en utilisant la commande lcg-infosites.
   • Combien de 'storage elements' sont disponibles pour la VO vo.lal.in2p3.fr ?
   • Trouver la même information pour la VO dteam. Combien de SEs sont disponibles pour la VO dteam ?

1. Créez un fichier texte et copiez-le sur un SE à l'aide de la commande lcg-cr en définissant le nom logique à utiliser pour le fichier. Le format du nom logique doit être lfn:/grid/voname/filename, par exemple lfn:/grid/vo.lal.in2p3.fr/myname-tot.txt.
2. Vérifiez que le fichier copié est bien présent à l'aide de la commande lcg-lr.
   • lcg-lr <GUID> Si cela se passe bien, la commande affiche un URL avec un protocole “sfn”. On peut également remplacer le GUID par le nom logique (ou SURL).
   • lcg-lr lfn:/grid/vo.lal.in2p3.fr/myname-toto.txt Le même URL qu'avant doit s'afficher.

• On peut utiliser la commande lcg-lg pour trouver le GUID pour un nom logique ou SURL. Regardez l'usage de cette commande et vérifiez que le GUID est correct pour votre nom logique.
• Choisissez un SE dans la liste des SE disponibles, et faites une copie de votre fichier sur ce SE à l'aide de la commande lcg-rep. Vérifiez que le fichier a bien été dupliqué avec la commande lcg-lr.
  • lcg-lr <GUID>|<LFN>|<SURL>

• Récupérez localement le fichier ou son replica à l'aide de la commande lcg-cp.
  • lcg-cp <GUID>|<LFN>|<SURL> file:pwd/copie.txt Vérifiez que la copie.txt et le fichier original sont identiques.

• Supprimez ensuite le replica de ce fichier à l'aide de la commande lcg-del.
  • lcg-del <SURL> Vérifiez avec la commande lcg-lr que ce replica n'existe plus. Ajoutez l'option “-a” pour supprimer le fichier de tous les SE. L'entrée correspondante au GUID alors dans le RC (Replica Catalog)est détruite. Cette fonctionnalité n'existera plus dans les sorties futures. Ne le faites pas maintenant.

Regarder les informations dans le LFC

Les commandes client ne trouvent pas automatiquement le serveur LFC pour votre VO. Pour la VO vo.lal.in2p3.fr, il est nécessaire de définir la variable d'environnement LFC_HOST”.

• csh : setenv LFC_HOST grid14.lal.in2p3.fr pour le shell csh ou
• sh/bash : export LFC_HOST=grid14.lal.in2p3.fr pour le shell sh.

Normalement on ne change pas le contenu de ce catalogue manuellement. Si on supprime une entrée dans le catalogue, on peut laisser des fichiers qui seront introuvables dans la grille. Cependant, il peut être intéressant d'y regarder de temps en temps directement les informations et de créer des nouveaux répertoires.

• Pour trouver les fichiers dans /grid/vo.lal.in2p3.fr, faites :
  • lfc-ls -l /grid/vo.lal.in2p3.fr On peut voir les permissions, la taille, la date de modification, et le nom avec l'option “-l”. Vous allez trouver votre fichier dans la liste.

• Le LFC supporte les “Access Control Lists” (ACL). Pour regarder l'ACL pour un fichier ou un répertoire :
  • lfc-getacl /grid/vo.lal.in2p3.fr A chaque répertoire correspond deux ACLs : l'ACL pour le répertoire et une ACL par défaut. L'ACL par défaut est appliqué aux nouveaux fichiers du répertoire. Normalement les commandes lcg-* mettent les bonnes permissions dans les fichiers et répertoires. Le LFC utilise les ACLs mais malheureusement cette fonctionnalité n'est pas très utilisable car l'accès est toujours lié au compte unix. On ne peut donc pas encore utiliser les ACLs pour contrôler finement l'accès aux fichiers.

• On peut créer un nouvelle arborescence avec lfc-mkdir. On doit alors vérifier que le nouveau répertoire possède les bons droits. Créez un nouveau répertoire et copiez-y un fichier. Ensuite utilisez lcg-del avec l'option “-a” et lfc-rm pour nettoyer le LFC.

Accéder depuis un job à des données stockées

• Regardez les fichiers InputData.jdl et InputData.sh. Dans InputData.jdl il y a deux nouvelles lignes qui permettent d'exécuter les jobs sur un CE proche des fichiers de données :

  DataAccessProtocol ={ "gsiftp","rfio"};
  InputData = "lfn:<LFN>";
  

Note : Les protocoles sont les moyens par lesquels votre exécutable peut télécharger ce fichier. Tous les SEs supportent le protocole gsiftp. Les autres ne sont pas obligatoires.

• Modifiez le fichier InputData.jdl. Mettez le nom logique de votre fichier.

• Affichez la liste des sites sur lesquels le job peut être soumis. Pourquoi est-elle si réduite?

• Lancez ce job et vérifiez que le fichier est bien lu.